Master equation approach to protein folding
The dynamics of two 12-monomer heteropolymers on the square lattice is studied exactly within the master equation approach. The time evolution of the occupancy of the native state is determined. At low temperatures, the median folding time follows the Arrhenius law and is governed by the longest...
Збережено в:
| Дата: | 1999 |
|---|---|
| Автори: | , , |
| Мова: | English |
| Опубліковано: |
Інститут фізики конденсованих систем НАН України
1999
|
| Назва видання: | Condensed Matter Physics |
| Онлайн доступ: | http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/120399 |
| Теги: |
Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
|
| Назва журналу: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Цитувати: | Master equation approach to protein folding / M. Cieplak, M. Henkel, J.R. Banavar // Condensed Matter Physics. — 1999. — Т. 2, № 2(18). — С. 369-378. — Бібліогр.: 17 назв. — англ. |
Репозитарії
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| id |
irk-123456789-120399 |
|---|---|
| record_format |
dspace |
| spelling |
irk-123456789-1203992017-06-13T03:03:19Z Master equation approach to protein folding Cieplak, M. Henkel, M. Banavar, J.R. The dynamics of two 12-monomer heteropolymers on the square lattice is studied exactly within the master equation approach. The time evolution of the occupancy of the native state is determined. At low temperatures, the median folding time follows the Arrhenius law and is governed by the longest relaxation time. For both good and bad folders, significant kinetic traps appear in the folding funnel and the kinetics of the two kinds of folders are quite similar. What distinguishes between the good and bad folders are the differences in their thermodynamic stabilities. За допомогою методу керуючого рівняння точно проаналізована динаміка двох 12-мономерних гетерополімерів на квадратній гратці. Визначена часова еволюція зайнятості нативного стану. При низьких температурах середній час скручування підлягає закону Ареніуса і визначається найдовшим часом релаксації. Для білків, що добре скручуються, з’являються суттєві кінетичні пастки у наборі послідовних конформацій, у той час як для білків, що погано скручуються, пастки присутні також і в ділянках, що не відповідають нативній конформації. 1999 Master equation approach to protein folding / M. Cieplak, M. Henkel, J.R. Banavar // Condensed Matter Physics. — 1999. — Т. 2, № 2(18). — С. 369-378. — Бібліогр.: 17 назв. — англ. 1607-324X DOI:10.5488/CMP.2.2.369 PACS: 87.15.By, 87.10.+e http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/120399 en Condensed Matter Physics Інститут фізики конденсованих систем НАН України |
| institution |
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| collection |
DSpace DC |
| language |
English |
| description |
The dynamics of two 12-monomer heteropolymers on the square lattice is
studied exactly within the master equation approach. The time evolution
of the occupancy of the native state is determined. At low temperatures,
the median folding time follows the Arrhenius law and is governed by the
longest relaxation time. For both good and bad folders, significant kinetic
traps appear in the folding funnel and the kinetics of the two kinds of folders
are quite similar. What distinguishes between the good and bad folders are
the differences in their thermodynamic stabilities. |
| author |
Cieplak, M. Henkel, M. Banavar, J.R. |
| spellingShingle |
Cieplak, M. Henkel, M. Banavar, J.R. Master equation approach to protein folding Condensed Matter Physics |
| author_facet |
Cieplak, M. Henkel, M. Banavar, J.R. |
| author_sort |
Cieplak, M. |
| title |
Master equation approach to protein folding |
| title_short |
Master equation approach to protein folding |
| title_full |
Master equation approach to protein folding |
| title_fullStr |
Master equation approach to protein folding |
| title_full_unstemmed |
Master equation approach to protein folding |
| title_sort |
master equation approach to protein folding |
| publisher |
Інститут фізики конденсованих систем НАН України |
| publishDate |
1999 |
| url |
http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/120399 |
| citation_txt |
Master equation approach to protein folding / M. Cieplak, M. Henkel, J.R. Banavar // Condensed Matter Physics. — 1999. — Т. 2, № 2(18). — С. 369-378. — Бібліогр.: 17 назв. — англ. |
| series |
Condensed Matter Physics |
| work_keys_str_mv |
AT cieplakm masterequationapproachtoproteinfolding AT henkelm masterequationapproachtoproteinfolding AT banavarjr masterequationapproachtoproteinfolding |
| first_indexed |
2023-10-18T20:36:58Z |
| last_indexed |
2023-10-18T20:36:58Z |
| _version_ |
1796150663662534656 |