Молекулярний докінг похідних 1,3-оксазолу в активному центрі тубуліну
Досліджено in silico вплив похідних 1,3-оксазолу на колхіцинзв'язуючий сайт (КЗС) β-тубуліну, проведено молекулярний докінг похідних 1,3-оксазолу в КЗС β-тубуліну та наведено результати аналізу ліганд-рецепторних комплексів. Створено адекватну модель КЗС Б-субодиниці β-тубуліну, яку перевірено...
Збережено в:
| Дата: | 2017 |
|---|---|
| Автори: | , , , |
| Формат: | Стаття |
| Мова: | Ukrainian |
| Опубліковано: |
Видавничий дім "Академперіодика" НАН України
2017
|
| Назва видання: | Доповіді НАН України |
| Теми: | |
| Онлайн доступ: | http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/126342 |
| Теги: |
Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
|
| Назва журналу: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Цитувати: | Молекулярний докінг похідних 1,3-оксазолу в активному центрі тубуліну / І.В. Семенюта, В.Ю. Танчук, Є.О. Лобко, Л.О. Метелиця // Доповіді Національної академії наук України. — 2017. — № 1. — С. 103-108. — Бібліогр.: 13 назв. — укр. |
Репозитарії
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| id |
irk-123456789-126342 |
|---|---|
| record_format |
dspace |
| spelling |
irk-123456789-1263422017-11-21T03:02:44Z Молекулярний докінг похідних 1,3-оксазолу в активному центрі тубуліну Семенюта, І.В. Танчук, В.Ю. Лобко, Є.О. Метелиця, Л.О. Біохімія Досліджено in silico вплив похідних 1,3-оксазолу на колхіцинзв'язуючий сайт (КЗС) β-тубуліну, проведено молекулярний докінг похідних 1,3-оксазолу в КЗС β-тубуліну та наведено результати аналізу ліганд-рецепторних комплексів. Створено адекватну модель КЗС Б-субодиниці β-тубуліну, яку перевірено редокінгом колхіцину в КЗС і отримано стабільний ліганд-білковий комплекс (Езв = –8,1 ккал/моль, RMSD = 1,2042 Å). Методом молекулярного докінгу обгрунтовано високу цитотоксичну активність сполук 1, 3 та 4, які утворюють стійкі ліганд-білкові комплекси (Езв = –7,7, –5,5, –6,2, –5,8 ккал/моль). Показано, що ці сполуки зв'язуються з амінокислотними залишками КЗС, подібно до колхіцину, за допомогою водневих зв'язків та π—σ зв'язків. Отримані результати дають підставу рекомендувати сполуки 1, 3 і 4 для подальшого вивчення як перспективних антимітотичних агентів. Исследовано in silico влияние производных 1,3-оксазола на колхицинсвязывающий сайт (КСС) β-тубулина, проведён молекулярный докинг производных 1,3-оксазола в КСС β-тубулина и приведены результаты анализа лиганд-рецепторных комплексов. Создана адекватная модель КСС Б-субъединицы β-тубулина, которая проверена редокингом колхицина в КСС и получен стабильный лиганд-белковый комплекс (Есв = −8,1 ккал/моль, RMSD = 1,2042 Å). Методом молекулярного докинга обоснована высокая цитотоксическая активность соединений 1, 3 и 4, которые образуют устойчивые лиганд-белковые комплексы (Есв = −7,7, −5,5, −6,2, −5,8 ккал/моль). Показано, что эти соединения связываются с аминокислотными остатками КСС, подобно колхицину, с помощью водородных связей и π−σ связей. Полученные результаты позволяют рекомендовать соединения 1, 3 и 4 для дальнейшего изучения в качестве перспективных антимитотических агентов. The effect of 1,3-oxazole in the colchicine binding site (CBS) of β-tubulin is studied in silico, the molecular docking of 1,3-oxazole in the CBS of β-tubulin is performed, and the results of the analysis of ligand-receptor complexes are shown. An adequate model of the CBS of B-subunit of β-tubulin is created. The model is checked by the redocking of colchicine into the CBS, and the stable ligand-protein complex (Еbind = −8 kcal/mol, RMSD = = 1.2042 Å) is obtained. The high cytotoxic activity of compounds 1, 3, and 4, which form a stable ligand-protein complexes (Еbind = −7.7, −5.5, −6.2, −5.8 kcal/mol), is justified by the molecular docking. It is shown that these compounds bind to amino acid residues of CBS via hydrogen bonds and π−σ bonds, like colchicine. Compounds 1, 3, and 4 can be recommended for the further study as promising antimitotic agents. 2017 Article Молекулярний докінг похідних 1,3-оксазолу в активному центрі тубуліну / І.В. Семенюта, В.Ю. Танчук, Є.О. Лобко, Л.О. Метелиця // Доповіді Національної академії наук України. — 2017. — № 1. — С. 103-108. — Бібліогр.: 13 назв. — укр. 1025-6415 DOI: doi.org/10.15407/dopovidi2017.01.103 http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/126342 615.277 : 004.94 uk Доповіді НАН України Видавничий дім "Академперіодика" НАН України |
| institution |
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| collection |
DSpace DC |
| language |
Ukrainian |
| topic |
Біохімія Біохімія |
| spellingShingle |
Біохімія Біохімія Семенюта, І.В. Танчук, В.Ю. Лобко, Є.О. Метелиця, Л.О. Молекулярний докінг похідних 1,3-оксазолу в активному центрі тубуліну Доповіді НАН України |
| description |
Досліджено in silico вплив похідних 1,3-оксазолу на колхіцинзв'язуючий сайт (КЗС) β-тубуліну, проведено
молекулярний докінг похідних 1,3-оксазолу в КЗС β-тубуліну та наведено результати аналізу ліганд-рецепторних комплексів. Створено адекватну модель КЗС Б-субодиниці β-тубуліну, яку перевірено редокінгом
колхіцину в КЗС і отримано стабільний ліганд-білковий комплекс (Езв = –8,1 ккал/моль, RMSD = 1,2042 Å).
Методом молекулярного докінгу обгрунтовано високу цитотоксичну активність сполук 1, 3 та 4, які утворюють стійкі ліганд-білкові комплекси (Езв = –7,7, –5,5, –6,2, –5,8 ккал/моль). Показано, що ці сполуки
зв'язуються з амінокислотними залишками КЗС, подібно до колхіцину, за допомогою водневих зв'язків та
π—σ зв'язків. Отримані результати дають підставу рекомендувати сполуки 1, 3 і 4 для подальшого вивчення як перспективних антимітотичних агентів. |
| format |
Article |
| author |
Семенюта, І.В. Танчук, В.Ю. Лобко, Є.О. Метелиця, Л.О. |
| author_facet |
Семенюта, І.В. Танчук, В.Ю. Лобко, Є.О. Метелиця, Л.О. |
| author_sort |
Семенюта, І.В. |
| title |
Молекулярний докінг похідних 1,3-оксазолу в активному центрі тубуліну |
| title_short |
Молекулярний докінг похідних 1,3-оксазолу в активному центрі тубуліну |
| title_full |
Молекулярний докінг похідних 1,3-оксазолу в активному центрі тубуліну |
| title_fullStr |
Молекулярний докінг похідних 1,3-оксазолу в активному центрі тубуліну |
| title_full_unstemmed |
Молекулярний докінг похідних 1,3-оксазолу в активному центрі тубуліну |
| title_sort |
молекулярний докінг похідних 1,3-оксазолу в активному центрі тубуліну |
| publisher |
Видавничий дім "Академперіодика" НАН України |
| publishDate |
2017 |
| topic_facet |
Біохімія |
| url |
http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/126342 |
| citation_txt |
Молекулярний докінг похідних 1,3-оксазолу в активному центрі тубуліну / І.В. Семенюта, В.Ю. Танчук, Є.О. Лобко, Л.О. Метелиця // Доповіді Національної академії наук України. — 2017. — № 1. — С. 103-108. — Бібліогр.: 13 назв. — укр. |
| series |
Доповіді НАН України |
| work_keys_str_mv |
AT semenûtaív molekulârnijdokíngpohídnih13oksazoluvaktivnomucentrítubulínu AT tančukvû molekulârnijdokíngpohídnih13oksazoluvaktivnomucentrítubulínu AT lobkoêo molekulârnijdokíngpohídnih13oksazoluvaktivnomucentrítubulínu AT metelicâlo molekulârnijdokíngpohídnih13oksazoluvaktivnomucentrítubulínu |
| first_indexed |
2023-10-18T20:50:36Z |
| last_indexed |
2023-10-18T20:50:36Z |
| _version_ |
1796151252200980480 |