Потенційні температурно-чутливі рибоперемикачі в геномі сальмонел

• Дата: 2013
• Автори: Лиманська, О.Ю., Муртазаєва, Л.О., Лиманський, О.П.
• Формат: Стаття
• Мова: Ukrainian
• Опубліковано: Інститут клітинної біології та генетичної інженерії НАН України 2013
• Назва видання: Цитология и генетика
• Теми: Оригинальные работы
• Онлайн доступ: http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/126590
• Назва журналу: Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
• Цитувати: Потенційні температурно-чутливі рибоперемикачі в геномі сальмонел / О.Ю. Лиманська, Л.О. Муртазаєва, О.П. Лиманський // Цитология и генетика. — 2013. — Т. 47, № 5. — С. 12-21. — Бібліогр.: 36 назв. — укр.

На цей час відомо низку температурно-чутливих елементів – РНК-термометрів, що відрізняються структурно та функціонально, – які контролюють розмаїття біологічних процесів бактерій, включаючи вірулентність. Відомі РНК-термометри є структурами, що являють собою або одну протяжну шпилькову структуру, або декілька шпильок, які можуть бути як досконалими, так і недосконалими. На основі комп’ютерного та термодинамічного аналізів повністю секвенованих геномів 25 ізолятів Salmonella enterica встановлено алгоритм та критерії пошуку потенційних РНК-термометрів, що дозволить в подальшому провести пошук потенційних РНК-термометрів в геномі інших соціально значимих патогенів. Для S. enterica на додаток до відомого 4U-РНК-термометра визначено чотири шпилькові структури, які можуть бути новими РНК-термометрами. Вони відповідають необхідним та достатнім умовам утворення РНК-термометрів та є висококонсервативними неканонічними структурами, оскільки присутні в геномі всіх досліджених ізолятів S. enterica. Проаналізовано температурно-чутливий мотив в плазміді pXO1 збудника сибірки Bacillus anthracis, а досконалі шпильки, що утворюють хрестоподібну структуру в суперспіральній плазміді pUC8, візуалізовано за допомогою атомно-силової мікроскопії.