Development of gene expression panels to determine prostate cancer

Development of gene expression panels to determine prostate cancer

The aim of this investigation is to prove a modified algorithm for statistical approaches to develop gene expression panels for the detection of prostate tumors. According to Classification and Regression tree models and RE differences between adenocarcinoma (T) and adenoma (A) groups, we have cho...

Повний опис

Збережено в:
Бібліографічні деталі
Дата:2019
Автори: Gerashchenko, G.V., Rynditch, A.V., Kashuba, V.I.
Формат: Стаття
Мова:English
Опубліковано: Видавничий дім "Академперіодика" НАН України 2019
Назва видання:Доповіді НАН України
Теми:
Біологія
Онлайн доступ:http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/150475
Теги: Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
Назва журналу:Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
Цитувати:Development of gene expression panels to determine prostate cancer / G.V. Gerashchenko, A.V. Rynditch, V.I. Kashuba // Доповіді Національної академії наук України. — 2019. — № 1. — С. 100-106. — Бібліогр.: 15 назв. — англ.

Репозитарії

Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
id irk-123456789-150475
record_format dspace
institution Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
collection DSpace DC
language English
topic Біологія
Біологія
spellingShingle Біологія
Біологія
Gerashchenko, G.V.
Rynditch, A.V.
Kashuba, V.I.
Development of gene expression panels to determine prostate cancer
Доповіді НАН України
description The aim of this investigation is to prove a modified algorithm for statistical approaches to develop gene expression panels for the detection of prostate tumors. According to Classification and Regression tree models and RE differences between adenocarcinoma (T) and adenoma (A) groups, we have chosen 31 transcripts for MDR analysis. Among them, there were 15 transcripts of (epithelial-mesenchymal transition (EMT) and prostate-cancer associated (PrCa-associated) genes and 16 transcripts of cancer-associated fibroblasts (CAF), tumor-associated macrophages (TAM), immune-associated genes (IAG)), which have shown some datasets with high statistical parameters. The highest diagnostic levels are manifested by expression panels developed from all 5 gene groups: PCA3, HOTAIR, ESR1, IL1R1 (Se = 0.97, Sp = 0.85, Ac = 0.93, OR = 204); CDH2, KRT18, PCA3, HOTAIR, ESR1, IL1R1 (Se = 1.0, Sp = 0.8, Ac = 0.93, OR > 500). We propose an improved algorithm for the gene expression data analysis to develop diagnostic panels with good and excellent diagnostic levels for the prostate tumor stratification in a group of patients from the Ukrainian population. Our data require a more detailed analysis and a larger cohort of patients with prostate tumor.
format Article
author Gerashchenko, G.V.
Rynditch, A.V.
Kashuba, V.I.
author_facet Gerashchenko, G.V.
Rynditch, A.V.
Kashuba, V.I.
author_sort Gerashchenko, G.V.
title Development of gene expression panels to determine prostate cancer
title_short Development of gene expression panels to determine prostate cancer
title_full Development of gene expression panels to determine prostate cancer
title_fullStr Development of gene expression panels to determine prostate cancer
title_full_unstemmed Development of gene expression panels to determine prostate cancer
title_sort development of gene expression panels to determine prostate cancer
publisher Видавничий дім "Академперіодика" НАН України
publishDate 2019
topic_facet Біологія
url http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/150475
citation_txt Development of gene expression panels to determine prostate cancer / G.V. Gerashchenko, A.V. Rynditch, V.I. Kashuba // Доповіді Національної академії наук України. — 2019. — № 1. — С. 100-106. — Бібліогр.: 15 назв. — англ.
series Доповіді НАН України
work_keys_str_mv AT gerashchenkogv developmentofgeneexpressionpanelstodetermineprostatecancer
AT rynditchav developmentofgeneexpressionpanelstodetermineprostatecancer
AT kashubavi developmentofgeneexpressionpanelstodetermineprostatecancer
first_indexed 2023-05-20T17:35:12Z
last_indexed 2023-05-20T17:35:12Z
_version_ 1796153631976718336
spelling irk-123456789-1504752019-04-08T01:25:35Z Development of gene expression panels to determine prostate cancer Gerashchenko, G.V. Rynditch, A.V. Kashuba, V.I. Біологія The aim of this investigation is to prove a modified algorithm for statistical approaches to develop gene expression panels for the detection of prostate tumors. According to Classification and Regression tree models and RE differences between adenocarcinoma (T) and adenoma (A) groups, we have chosen 31 transcripts for MDR analysis. Among them, there were 15 transcripts of (epithelial-mesenchymal transition (EMT) and prostate-cancer associated (PrCa-associated) genes and 16 transcripts of cancer-associated fibroblasts (CAF), tumor-associated macrophages (TAM), immune-associated genes (IAG)), which have shown some datasets with high statistical parameters. The highest diagnostic levels are manifested by expression panels developed from all 5 gene groups: PCA3, HOTAIR, ESR1, IL1R1 (Se = 0.97, Sp = 0.85, Ac = 0.93, OR = 204); CDH2, KRT18, PCA3, HOTAIR, ESR1, IL1R1 (Se = 1.0, Sp = 0.8, Ac = 0.93, OR > 500). We propose an improved algorithm for the gene expression data analysis to develop diagnostic panels with good and excellent diagnostic levels for the prostate tumor stratification in a group of patients from the Ukrainian population. Our data require a more detailed analysis and a larger cohort of patients with prostate tumor. Досліджено адаптацію модифікованого алгоритму статистичного підходу для розробки експресійних панелей для детекції раку передміхурової залози. За даними моделей класифікації та регресії й статистично значущими відмінностями відносної експресії між групами аденокарцином та аденом, серед досліджуваних генів відібрано 31 транскрипт для MDR аналізу. Серед них 15 транскриптів з груп генів епітеліальномезенхімального переходу та генів, асоційованих з раком передміхурової залози, і 16 транскриптів з груп генів пухлиноасоційованих фібробластів, пухлиноасоційованих макрофагів та імуноасоційованих генів. З цих груп отримано ряд панелей з високими статистичними показниками. Найвищі показники діагностичних рівнів мали експресійні панелі, які розроблені з усіх п’яти груп генів: PCA3, HOTAIR, ESR1, IL1R1 (Se = 0,97, Sp = 0,85, Ac = 0,93, OR = 204); CDH2, KRT18, PCA3, HOTAIR, ESR1, IL1R1 (Se = 1,0, Sp = 0,8, Ac = 0,93, OR > 500). Запропоновано модифікований алгоритм для аналізу даних експресії генів, який може бути використаний для розробки діагностичних панелей з добрим та високим діагностичними рівнями для стратифікації раку передміхурової залози на групі пацієнтів з української популяції. Одержані дані потребують подальшого аналізу на більшій вибірці пацієнтів з раком передміхурової залози. Исследована адаптация модифицированного алгоритма статистического подхода для разработки экспрессионных панелей для детекции рака простаты. Согласно данным моделей классификации и регрессии, а также статистически значимым отличиям относительной экспрессии между группами аденокарцином и аденом, среди исследуемых генов отобрано 31 транскрипт для MDR анализа. Среди них 15 транскриптов из групп генов эпителиально-мезенхимального перехода и генов, ассоциированных с раком простаты, и 16 транскриптов из групп генов опухолеассоциированных фибробластов, опухолеассоциированных макрофагов и иммуноассоциированных генов. Из этих групп было получено ряд панелей с высокими статистическими показателями. Самые высокие показатели диагностических уровней имели экспрессионные панели, полученные со всех пяти групп генов: PCA3, HOTAIR, ESR1, IL1R1 (Se = 0,97, Sp = 0,85, Ac = 0,93, OR = 204); CDH2, KRT18, PCA3, HOTAIR, ESR1, IL1R1 (Se = 1,0, Sp = 0,8, Ac = 0,93, OR > 500). Предложен модифицированный алгоритм для анализа данных экспрессии генов, который может быть использован для разработки диагностических панелей с хорошим и высоким диагностическими уровнями для стратификации рака простаты на группе пациентов из украинской популяции. Полученные данные требуют более детального анализа на большей выборке пациентов с раком простаты. 2019 Article Development of gene expression panels to determine prostate cancer / G.V. Gerashchenko, A.V. Rynditch, V.I. Kashuba // Доповіді Національної академії наук України. — 2019. — № 1. — С. 100-106. — Бібліогр.: 15 назв. — англ. 1025-6415 DOI: doi.org/10.15407/dopovidi2019.01.100 http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/150475 577.218+616.65 en Доповіді НАН України Видавничий дім "Академперіодика" НАН України

Схожі ресурси