Природа ассоциации нуклеотидных оснований в воде: моделирование гидратации пиримидиновых оснований и их молекулярных ассоциатов методом Монте-Карло

• Видавець: Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
• Дата: 1985
• Автори: Данилов, В.И., Толох, И.С.
• Формат: Стаття
• Мова: Russian
• Опубліковано: Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 1985
• Назва видання: Биополимеры и клетка
• Теми: Структура и функции биополимеров
• Онлайн доступ: http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/152200
• Цитувати: Природа ассоциации нуклеотидных оснований в воде: моделирование гидратации пиримидиновых оснований и их молекулярных ассоциатов методом Монте-Карло / В.И. Данилов, И.С. Толох // Биополимеры и клетка. — 1985. — Т. 1, № 2. — С. 59-69. — Бібліогр.: 20 назв. — рос.

Представлены результаты моделирования гидратации молекул урацила и тимина, их стопкообразных димеров и водородно-связанных пар оснований методом Монте-Карло. Расчеты выполнены в кластерном приближении с использованием полуэмпирических атом-атомных потенциальных функций (размер кластера составляет 200 молекул воды). Показано, что стэкинг-взаимодействия молекул урацила и тимина в воде в основном возникают в результате увеличения взаимодействия вода – вода при переходе от мономеров к димеру. Обнаружено, что в воде стопкообразные ассоциаты оснований энергетически более предпочтительны, чем пары оснований. Эта предпочтительность в основном обусловлена энергетически более выгодной структурой воды вокруг стопки. Моделирование гидратации различных стопкообразных димеров тимина показало, что энергетически наиболее выгодным из них является тот, у которого метильные группы сближены.