Природа ассоциации нуклеотидных оснований в воде: моделирование гидратации пиримидиновых оснований и их молекулярных ассоциатов методом Монте-Карло

Представлены результаты моделирования гидратации молекул урацила и тимина, их стопкообразных димеров и водородно-связанных пар оснований методом Монте-Карло. Расчеты выполнены в кластерном приближении с использованием полуэмпирических атом-атомных потенциальных функций (размер кластера составляет 20...

Повний опис

Збережено в:

Бібліографічні деталі
Дата:	1985
Автори:	Данилов, В.И., Толох, И.С.
Формат:	Стаття
Мова:	Russian
Опубліковано:	Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 1985
Назва видання:	Биополимеры и клетка
Теми:	Структура и функции биополимеров
Онлайн доступ:	http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/152200
Теги:	Додати тег Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
Назва журналу:	Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
Цитувати:	Природа ассоциации нуклеотидных оснований в воде: моделирование гидратации пиримидиновых оснований и их молекулярных ассоциатов методом Монте-Карло / В.И. Данилов, И.С. Толох // Биополимеры и клетка. — 1985. — Т. 1, № 2. — С. 59-69. — Бібліогр.: 20 назв. — рос.

Репозиторії

Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine

id	irk-123456789-152200
record_format	dspace
spelling	irk-123456789-1522002019-06-09T01:25:21Z Природа ассоциации нуклеотидных оснований в воде: моделирование гидратации пиримидиновых оснований и их молекулярных ассоциатов методом Монте-Карло Данилов, В.И. Толох, И.С. Структура и функции биополимеров Представлены результаты моделирования гидратации молекул урацила и тимина, их стопкообразных димеров и водородно-связанных пар оснований методом Монте-Карло. Расчеты выполнены в кластерном приближении с использованием полуэмпирических атом-атомных потенциальных функций (размер кластера составляет 200 молекул воды). Показано, что стэкинг-взаимодействия молекул урацила и тимина в воде в основном возникают в результате увеличения взаимодействия вода – вода при переходе от мономеров к димеру. Обнаружено, что в воде стопкообразные ассоциаты оснований энергетически более предпочтительны, чем пары оснований. Эта предпочтительность в основном обусловлена энергетически более выгодной структурой воды вокруг стопки. Моделирование гидратации различных стопкообразных димеров тимина показало, что энергетически наиболее выгодным из них является тот, у которого метильные группы сближены. Представлено результати моделювання гідратації молекул урацилу і тиміну, їхніх димерів і воднево-зв’язаних пар основ методом Монте-Карло. Розрахунки виконано в кластерному наближенні з використанням напівемпіричних атомно-атомних потенційних функцій (розмір кластера становить 200 молекул води). Показано, що стекінг-взаємодії молекул урацилу і тиміну у воді в основному виникають в результаті посилення взаємодії вода?вода при переході від мономерів до димеру. Виявлено, що у воді купкоподібні асоціати основ енергетично кращі, ніж пари основ. Ця перевага в основному обумовлена енергетично вигіднішою структурою води навколо купки. Моделювання гідратації різних купкоподібних димерів тиміну показало, що енергетично найвигіднішим з них є той, у якого метильні групи зближені. Results of the Monte Carlo simulation of the hydration of uracil and thymine molecules, their stacked and hydrogen-bonded base pairs are presented. Simulations have been performed in a cluster approximation. The semiempirical atom-atom potential functions have been used (cluster consisting of 200 water molecules). It is shown that the stacking interactions of uracil and thymine molecules in water arise mainly due to the increase in the water-water interaction during the transition from monomers to dimer. It is found that stacked base associates are more preferable than base pairs in water. This preference is mainly due to the energetically more favourable structure of water around the slack. The simulation of the hydration of different stacked thymine dimers has shown that the most favourable of them is the one for which base methyl groups are close to each other. 1985 Article Природа ассоциации нуклеотидных оснований в воде: моделирование гидратации пиримидиновых оснований и их молекулярных ассоциатов методом Монте-Карло / В.И. Данилов, И.С. Толох // Биополимеры и клетка. — 1985. — Т. 1, № 2. — С. 59-69. — Бібліогр.: 20 назв. — рос. 0233-7657 DOI:http://dx.doi.org/10.7124/bc.000015 http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/152200 577.2:577.323.425:577.323.427 ru Биополимеры и клетка Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
institution	Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
collection	DSpace DC
language	Russian
topic	Структура и функции биополимеров Структура и функции биополимеров
spellingShingle	Структура и функции биополимеров Структура и функции биополимеров Данилов, В.И. Толох, И.С. Природа ассоциации нуклеотидных оснований в воде: моделирование гидратации пиримидиновых оснований и их молекулярных ассоциатов методом Монте-Карло Биополимеры и клетка
description	Представлены результаты моделирования гидратации молекул урацила и тимина, их стопкообразных димеров и водородно-связанных пар оснований методом Монте-Карло. Расчеты выполнены в кластерном приближении с использованием полуэмпирических атом-атомных потенциальных функций (размер кластера составляет 200 молекул воды). Показано, что стэкинг-взаимодействия молекул урацила и тимина в воде в основном возникают в результате увеличения взаимодействия вода – вода при переходе от мономеров к димеру. Обнаружено, что в воде стопкообразные ассоциаты оснований энергетически более предпочтительны, чем пары оснований. Эта предпочтительность в основном обусловлена энергетически более выгодной структурой воды вокруг стопки. Моделирование гидратации различных стопкообразных димеров тимина показало, что энергетически наиболее выгодным из них является тот, у которого метильные группы сближены.
format	Article
author	Данилов, В.И. Толох, И.С.
author_facet	Данилов, В.И. Толох, И.С.
author_sort	Данилов, В.И.
title	Природа ассоциации нуклеотидных оснований в воде: моделирование гидратации пиримидиновых оснований и их молекулярных ассоциатов методом Монте-Карло
title_short	Природа ассоциации нуклеотидных оснований в воде: моделирование гидратации пиримидиновых оснований и их молекулярных ассоциатов методом Монте-Карло
title_full	Природа ассоциации нуклеотидных оснований в воде: моделирование гидратации пиримидиновых оснований и их молекулярных ассоциатов методом Монте-Карло
title_fullStr	Природа ассоциации нуклеотидных оснований в воде: моделирование гидратации пиримидиновых оснований и их молекулярных ассоциатов методом Монте-Карло
title_full_unstemmed	Природа ассоциации нуклеотидных оснований в воде: моделирование гидратации пиримидиновых оснований и их молекулярных ассоциатов методом Монте-Карло
title_sort	природа ассоциации нуклеотидных оснований в воде: моделирование гидратации пиримидиновых оснований и их молекулярных ассоциатов методом монте-карло
publisher	Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
publishDate	1985
topic_facet	Структура и функции биополимеров
url	http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/152200
citation_txt	Природа ассоциации нуклеотидных оснований в воде: моделирование гидратации пиримидиновых оснований и их молекулярных ассоциатов методом Монте-Карло / В.И. Данилов, И.С. Толох // Биополимеры и клетка. — 1985. — Т. 1, № 2. — С. 59-69. — Бібліогр.: 20 назв. — рос.
series	Биополимеры и клетка
work_keys_str_mv	AT danilovvi prirodaassociaciinukleotidnyhosnovanijvvodemodelirovaniegidrataciipirimidinovyhosnovanijiihmolekulârnyhassociatovmetodommontekarlo AT tolohis prirodaassociaciinukleotidnyhosnovanijvvodemodelirovaniegidrataciipirimidinovyhosnovanijiihmolekulârnyhassociatovmetodommontekarlo
first_indexed	2023-05-20T17:37:43Z
last_indexed	2023-05-20T17:37:43Z
_version_	1796153725445734400

Природа ассоциации нуклеотидных оснований в воде: моделирование гидратации пиримидиновых оснований и их молекулярных ассоциатов методом Монте-Карло

Репозиторії

Схожі ресурси