Phylogenetic analysis of influenza A viruses (H3N2) circulating in Zhytomyr region during 2013–2014 epidemic season

Phylogenetic analysis of influenza A viruses (H3N2) circulating in Zhytomyr region during 2013–2014 epidemic season

Aim. To perform phylogenetic analysis of the hemagglutinin (HA) and neuraminidase (NA) genes of influenza A(H3N2) viruses circulating in the Zhytomyr region during 2013–2014 epidemic season. To make comparison of the HA and NA genes sequences of the Zhytomyr region isolates with the HA and NA genes...

Повний опис

Збережено в:
Бібліографічні деталі
Дата:2015
Автори: Boyalska, O.G., Kyrychuk, I.M., Budzanivska, I.G., Mironenko, A.P., Radchenko, L.V., Smutko, O.Yu.
Формат: Стаття
Мова:English
Опубліковано: Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 2015
Назва видання:Вiopolymers and Cell
Теми:
Viruses and Cell
Онлайн доступ:http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/152475
Теги: Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
Назва журналу:Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
Цитувати:Phylogenetic analysis of influenza A viruses (H3N2) circulating in Zhytomyr region during 2013–2014 epidemic season / O.G. Boyalska, I.M. Kyrychuk, I.G. Budzanivska, A.P. Mironenko, L.V. Radchenko, O.Yu. Smutko // Вiopolymers and Cell. — 2015. — Т. 31, № 3. — С. 226-232. — Бібліогр.: 15 назв. — англ.

Репозитарії

Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
id irk-123456789-152475
record_format dspace
institution Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
collection DSpace DC
language English
topic Viruses and Cell
Viruses and Cell
spellingShingle Viruses and Cell
Viruses and Cell
Boyalska, O.G.
Kyrychuk, I.M.
Budzanivska, I.G.
Mironenko, A.P.
Radchenko, L.V.
Smutko, O.Yu.
Phylogenetic analysis of influenza A viruses (H3N2) circulating in Zhytomyr region during 2013–2014 epidemic season
Вiopolymers and Cell
description Aim. To perform phylogenetic analysis of the hemagglutinin (HA) and neuraminidase (NA) genes of influenza A(H3N2) viruses circulating in the Zhytomyr region during 2013–2014 epidemic season. To make comparison of the HA and NA genes sequences of the Zhytomyr region isolates with the HA and NA genes sequences of influenza viruses circulating in the world. Methods. Laboratory diagnosis was conducted by real-time polymerase chain reaction (RT-PCR). In this study the sequencing and phylogenetic analysis were carried out. Results. For the first time the genes of influenza A(H3N2) viruses isolated in the Zhytomyr region during 2013–2014 epidemic season, coding hemagglutinin and neuraminidase were compared with their orthologs. According to the results of this comparison the phylogenetic tree was constructed. Additionally, the amino acid substitutions of the influenza viruses circulating in Ukraine and worldwide were analyzed. Conclusions. The nucleotide sequences of the influenza A(H3N2) viruses genes HA and NA isolated in the Zhytomyr region were identified. Based on the nucleotide sequences of HA and NA we constructed the influenza virus phylogenetic tree demonstrating that the virus isolated in the Zhytomyr region was closely related to the Ukrainian isolate from Kharkov and in the world to the isolates from Germany, Romania, Italy.
format Article
author Boyalska, O.G.
Kyrychuk, I.M.
Budzanivska, I.G.
Mironenko, A.P.
Radchenko, L.V.
Smutko, O.Yu.
author_facet Boyalska, O.G.
Kyrychuk, I.M.
Budzanivska, I.G.
Mironenko, A.P.
Radchenko, L.V.
Smutko, O.Yu.
author_sort Boyalska, O.G.
title Phylogenetic analysis of influenza A viruses (H3N2) circulating in Zhytomyr region during 2013–2014 epidemic season
title_short Phylogenetic analysis of influenza A viruses (H3N2) circulating in Zhytomyr region during 2013–2014 epidemic season
title_full Phylogenetic analysis of influenza A viruses (H3N2) circulating in Zhytomyr region during 2013–2014 epidemic season
title_fullStr Phylogenetic analysis of influenza A viruses (H3N2) circulating in Zhytomyr region during 2013–2014 epidemic season
title_full_unstemmed Phylogenetic analysis of influenza A viruses (H3N2) circulating in Zhytomyr region during 2013–2014 epidemic season
title_sort phylogenetic analysis of influenza a viruses (h3n2) circulating in zhytomyr region during 2013–2014 epidemic season
publisher Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
publishDate 2015
topic_facet Viruses and Cell
url http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/152475
citation_txt Phylogenetic analysis of influenza A viruses (H3N2) circulating in Zhytomyr region during 2013–2014 epidemic season / O.G. Boyalska, I.M. Kyrychuk, I.G. Budzanivska, A.P. Mironenko, L.V. Radchenko, O.Yu. Smutko // Вiopolymers and Cell. — 2015. — Т. 31, № 3. — С. 226-232. — Бібліогр.: 15 назв. — англ.
series Вiopolymers and Cell
work_keys_str_mv AT boyalskaog phylogeneticanalysisofinfluenzaavirusesh3n2circulatinginzhytomyrregionduring20132014epidemicseason
AT kyrychukim phylogeneticanalysisofinfluenzaavirusesh3n2circulatinginzhytomyrregionduring20132014epidemicseason
AT budzanivskaig phylogeneticanalysisofinfluenzaavirusesh3n2circulatinginzhytomyrregionduring20132014epidemicseason
AT mironenkoap phylogeneticanalysisofinfluenzaavirusesh3n2circulatinginzhytomyrregionduring20132014epidemicseason
AT radchenkolv phylogeneticanalysisofinfluenzaavirusesh3n2circulatinginzhytomyrregionduring20132014epidemicseason
AT smutkooyu phylogeneticanalysisofinfluenzaavirusesh3n2circulatinginzhytomyrregionduring20132014epidemicseason
first_indexed 2023-05-20T17:38:51Z
last_indexed 2023-05-20T17:38:51Z
_version_ 1796153763099049984
spelling irk-123456789-1524752019-06-12T01:26:35Z Phylogenetic analysis of influenza A viruses (H3N2) circulating in Zhytomyr region during 2013–2014 epidemic season Boyalska, O.G. Kyrychuk, I.M. Budzanivska, I.G. Mironenko, A.P. Radchenko, L.V. Smutko, O.Yu. Viruses and Cell Aim. To perform phylogenetic analysis of the hemagglutinin (HA) and neuraminidase (NA) genes of influenza A(H3N2) viruses circulating in the Zhytomyr region during 2013–2014 epidemic season. To make comparison of the HA and NA genes sequences of the Zhytomyr region isolates with the HA and NA genes sequences of influenza viruses circulating in the world. Methods. Laboratory diagnosis was conducted by real-time polymerase chain reaction (RT-PCR). In this study the sequencing and phylogenetic analysis were carried out. Results. For the first time the genes of influenza A(H3N2) viruses isolated in the Zhytomyr region during 2013–2014 epidemic season, coding hemagglutinin and neuraminidase were compared with their orthologs. According to the results of this comparison the phylogenetic tree was constructed. Additionally, the amino acid substitutions of the influenza viruses circulating in Ukraine and worldwide were analyzed. Conclusions. The nucleotide sequences of the influenza A(H3N2) viruses genes HA and NA isolated in the Zhytomyr region were identified. Based on the nucleotide sequences of HA and NA we constructed the influenza virus phylogenetic tree demonstrating that the virus isolated in the Zhytomyr region was closely related to the Ukrainian isolate from Kharkov and in the world to the isolates from Germany, Romania, Italy. Мета. Зробити філогенетичний аналіз генів гемаглютиніну (HA) і нейрамінідази (NA) вірусів грипу А(H3N2), що були поширені в Житомирській області під час епідемічного сезону 2013–2014рр. і порівняти їх з тими, що циркулювали в світі. Методи. Лабораторну діагностику здійснювали за допомогою ПЛР у реальному часі (real-time RT-PCR). Було проведено секвенування та філогенетичний аналіз. Результати. В епідемічному сезоні 2013–2014 рр. вперше було зроблено секвенування генів НА та NA вірусів грипу А(H3N2), виділених з клінічного матеріалу хворих з Житомирської області та в подальшому увійшли до бази даних вірусів грипу з усього світу (GISAID). Висновки. Житомирські ізоляти розташувались поряд з українським ізолятом з Харкова, а серед світових поряд з ізолятами з Німеччини, Румунії, Італії. В послідовностях генів гемаглютиніну було виявлено заміщення I214T. Виділені нами ізоляти в епідемічному сезоні 2013–2014рр. мали високу генетичну спорідненість (99 %) до вірусів, що знаходяться в групі на філогенетичному дереві, тому що мають синонімічне заміщення. Житомирські ізоляти розташувались у домінуючій групі в світі 3С групи 3 генетичного кластеру A/Vic­toria/208 і були подібними до вакцинного штаму A/Texas/ 50/2012. В послідовностях генів нейрамінідази суттєвих заміщень виявлено не було. Житомирські ізоляти, як і багато українських та світових ізолятів виявились подібними до референс-штаму A/AthensGR/112/2012, ніж до більш нових референс-вірусів. Цель. Провести филогенетический анализ генов гемагглютинина (HA) и нейраминидазы (NA) вирусов гриппа А(H3N2), которые циркулировали в Житомирской области во время эпидемического сезона 2013–2014гг. и сравнить их с таковыми со всего мира. Методы. Лабораторную диагностику проводили с помощью ПЦР в реальном времени (real-time RT-PCR). Было проведено секвенирование и филогенетический анализ. Результаты. В эпидемическом сезоне 2013–2014гг. впервые было сделано секвинирование генов НА та NA вирусов гриппа А(H3N2), виделенных из клинического материала больных в Житомирськой области и в дальнейшем вошли в базу данных вирусов гриппа со всего мира (GISAID). Выводы. Житомирские изоляты разместились рядом с украинским изолятом из Харькова, а среди мировых рядом с изолятами из Германии, Румынии, Италии. В последовательностях генов гемагглютинина было выявлено замещение I214T. Выделенные нами изоляты в эпидемическом сезоне 2013–2014гг. имели высокое генетическое сходство (99 %) к вирусам, которые находяться в группе на филогенетическом дереве, так как имеют синонимическое замещение. Житомирские изоляты разместились в доминирующей субгруппе в мире 3С группы 3 генетического кластера A/ Victoria/208. В последовательностях генов нейраминидазы существенных мутаций не выявлено. Житомирские изоляты, как много украинских и мирових изолятов оказались подобными к референс-штамму A/AthensGR/112/2012, чем к более новым референс-вирусам. 2015 Article Phylogenetic analysis of influenza A viruses (H3N2) circulating in Zhytomyr region during 2013–2014 epidemic season / O.G. Boyalska, I.M. Kyrychuk, I.G. Budzanivska, A.P. Mironenko, L.V. Radchenko, O.Yu. Smutko // Вiopolymers and Cell. — 2015. — Т. 31, № 3. — С. 226-232. — Бібліогр.: 15 назв. — англ. 0233-7657 DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.0008E4 http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/152475 575.22 + 578.53 en Вiopolymers and Cell Інститут молекулярної біології і генетики НАН України

Схожі ресурси