Development of MLPA approach for SNP detection in MTHFR, F5 and F2 genes
Single nucleotide polymorphism (SNP) is an important and valuable form of DNA variation among individuals. Various methods for SNP genotyping have been developed, but a few are suitable for the flexible and low-cost applications. Aim. To design probes and develop diagnostic methods for the analysis...
Збережено в:
| Дата: | 2015 |
|---|---|
| Автори: | , , , , |
| Формат: | Стаття |
| Мова: | English |
| Опубліковано: |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
2015
|
| Назва видання: | Вiopolymers and Cell |
| Теми: | |
| Онлайн доступ: | http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/152560 |
| Теги: |
Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
|
| Назва журналу: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Цитувати: | Development of MLPA approach for SNP detection in MTHFR, F5 and F2 genes / S.A. Kravchenko, S.Yu. Chernushyn, A.M. Kucherenko, O.O. Soloviov, L.A. Livshits // Вiopolymers and Cell. — 2015. — Т. 31, № 4. — С. 309-315. — Бібліогр.: 20 назв. — англ. |
Репозитарії
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| id |
irk-123456789-152560 |
|---|---|
| record_format |
dspace |
| spelling |
irk-123456789-1525602019-06-13T01:25:33Z Development of MLPA approach for SNP detection in MTHFR, F5 and F2 genes Kravchenko, S.A. Chernushyn, S.Yu. Kucherenko, A.M. Soloviov, O.O. Livshits, L.A. Methods Single nucleotide polymorphism (SNP) is an important and valuable form of DNA variation among individuals. Various methods for SNP genotyping have been developed, but a few are suitable for the flexible and low-cost applications. Aim. To design probes and develop diagnostic methods for the analysis of polymorphic variants of the genes MTHFR, F5, F2 using the multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA). Methods. Hybridization and ligation approaches. Results. The specific LPO and RPO probes and primers were designed, the composition and concentration of key components of the mixture for the MLPA reaction, as well as the temperature conditions were selcted. Conclusions. The developed methods are ideally suited for the small-scale SNP genotyping, routinely performed in the medium-sized research laboratories, and can be used for the creation of different test systems for DNA markers. Однонуклеотидні поліморфізми є важливою та вагомою формою генетичної варіабельності ДНК серед індивідів. Наразі розроблено велику кількість методів для генотипування даних поліморфізмів, але кількість універсальних та недорогих обмежена. Мета. Дизайн олігонукленидних зондів та розробка діагностичних методик для аналізу поліморфних варіантів генів MTHFR, F5, F2 з використанням мультиплексної лігазної реакції. Методи. Гібридизація, лігазна реакція. Результати. Розроблено дизайн специфічних LPO та RPO олігонуклеотидних зондів та праймерів, підібрано склад та концентрації ключових компонентів реакційної суміші для MLPA реакції, а також оптимальні температурно-часові режими. Розроблені методики апробовані на зразках ДНК з різними алельними варіантами досліджуваних поліморфізмів з використанням референсних зразків ДНК. Висновки. Розроблені методики ідеально підходять для генотипування вибіркових SNP, яке, зазвичай, проводиться в невеликих науково-дослідних лабораторіях, а також можуть бути використані створення різних тест-систем ДНК-маркерів. Однонуклеотидные полиморфизмы являются важной и весомой формой генетического разнообразия ДНК среди индивидов. В настоящее время разработано большое число методов для генотипирования этих полиморфизмов, но среди них мало универсальных и недорогих. Цель. Дизайн олигонуклеотидных зондов и разработка диагностических методик для анализа полиморфных вариантов генов MTHFR, F5, F2 с использованием мультиплексной лигазной реакции. Методы. Гибридизация, лигазная реакция. Результаты. Разработан дизайн специфических LPO и RPO олигонуклеотидных зондов и праймеров, подобран состав и концентрации ключевых компонентов реакционной смеси для MLPA реакции, а также оптимальные температурно-временные режимы. Разработанные методики апробированы на образцах ДНК с различными аллельными вариантами изучаемых полиморфизмов с использованием референсных образцов ДНК. Выводы. Разработанные методики идеально подходят для генотипирования выборочных SNP, которое обычно проводится в небольших научно-исследовательских лабораториях, а также могут быть использованы создания различных тест-систем ДНК-маркеров. 2015 Article Development of MLPA approach for SNP detection in MTHFR, F5 and F2 genes / S.A. Kravchenko, S.Yu. Chernushyn, A.M. Kucherenko, O.O. Soloviov, L.A. Livshits // Вiopolymers and Cell. — 2015. — Т. 31, № 4. — С. 309-315. — Бібліогр.: 20 назв. — англ. 0233-7657 DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.0008F0 http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/152560 575.22 + 57.088.5 en Вiopolymers and Cell Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
| institution |
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| collection |
DSpace DC |
| language |
English |
| topic |
Methods Methods |
| spellingShingle |
Methods Methods Kravchenko, S.A. Chernushyn, S.Yu. Kucherenko, A.M. Soloviov, O.O. Livshits, L.A. Development of MLPA approach for SNP detection in MTHFR, F5 and F2 genes Вiopolymers and Cell |
| description |
Single nucleotide polymorphism (SNP) is an important and valuable form of DNA variation among individuals. Various methods for SNP genotyping have been developed, but a few are suitable for the flexible and low-cost applications. Aim. To design probes and develop diagnostic methods for the analysis of polymorphic variants of the genes MTHFR, F5, F2 using the multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA). Methods. Hybridization and ligation approaches. Results. The specific LPO and RPO probes and primers were designed, the composition and concentration of key components of the mixture for the MLPA reaction, as well as the temperature conditions were selcted. Conclusions. The developed methods are ideally suited for the small-scale SNP genotyping, routinely performed in the medium-sized research laboratories, and can be used for the creation of different test systems for DNA markers. |
| format |
Article |
| author |
Kravchenko, S.A. Chernushyn, S.Yu. Kucherenko, A.M. Soloviov, O.O. Livshits, L.A. |
| author_facet |
Kravchenko, S.A. Chernushyn, S.Yu. Kucherenko, A.M. Soloviov, O.O. Livshits, L.A. |
| author_sort |
Kravchenko, S.A. |
| title |
Development of MLPA approach for SNP detection in MTHFR, F5 and F2 genes |
| title_short |
Development of MLPA approach for SNP detection in MTHFR, F5 and F2 genes |
| title_full |
Development of MLPA approach for SNP detection in MTHFR, F5 and F2 genes |
| title_fullStr |
Development of MLPA approach for SNP detection in MTHFR, F5 and F2 genes |
| title_full_unstemmed |
Development of MLPA approach for SNP detection in MTHFR, F5 and F2 genes |
| title_sort |
development of mlpa approach for snp detection in mthfr, f5 and f2 genes |
| publisher |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
| publishDate |
2015 |
| topic_facet |
Methods |
| url |
http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/152560 |
| citation_txt |
Development of MLPA approach for SNP detection in MTHFR, F5 and F2 genes / S.A. Kravchenko, S.Yu. Chernushyn, A.M. Kucherenko, O.O. Soloviov, L.A. Livshits // Вiopolymers and Cell. — 2015. — Т. 31, № 4. — С. 309-315. — Бібліогр.: 20 назв. — англ. |
| series |
Вiopolymers and Cell |
| work_keys_str_mv |
AT kravchenkosa developmentofmlpaapproachforsnpdetectioninmthfrf5andf2genes AT chernushynsyu developmentofmlpaapproachforsnpdetectioninmthfrf5andf2genes AT kucherenkoam developmentofmlpaapproachforsnpdetectioninmthfrf5andf2genes AT soloviovoo developmentofmlpaapproachforsnpdetectioninmthfrf5andf2genes AT livshitsla developmentofmlpaapproachforsnpdetectioninmthfrf5andf2genes |
| first_indexed |
2023-05-20T17:39:10Z |
| last_indexed |
2023-05-20T17:39:10Z |
| _version_ |
1796153782091907072 |