Practical approach to quantification of mRNA abundance using RT-qPCR, normalization of experimental data and MIQE

Practical approach to quantification of mRNA abundance using RT-qPCR, normalization of experimental data and MIQE

Reverse transcription and quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR) has become the most common method for characterizing expression patterns of individual mRNAs due to a large dynamic range of linear quantification, high speed, sensitivity, resolution and cost-effectiveness. However, the comp...

Повний опис

Збережено в:
Бібліографічні деталі
Дата:2016
Автори: Obolenskaya, M.Yu., Kuklin, A.V., Rodrigez, R.R., Martsenyuk, O.P., Korneyeva, K.L., Docenko, V.A., Draguschenko, O.O.
Формат: Стаття
Мова:English
Опубліковано: Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 2016
Назва видання:Вiopolymers and Cell
Теми:
Reviews
Онлайн доступ:http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/152828
Теги: Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
Назва журналу:Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
Цитувати:Practical approach to quantification of mRNA abundance using RT-qPCR, normalization of experimental data and MIQE / M.Yu. Obolenskaya, A.V. Kuklin, R.R. Rodrigez, O.P. Martsenyuk, K.L. Korneyeva, V.A. Docenko, O.O. Draguschenko // Вiopolymers and Cell. — 2016. — Т. 32, № 3. — С. 161-172. — Бібліогр.: 46 назв. — англ.

Репозитарії

Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
id irk-123456789-152828
record_format dspace
institution Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
collection DSpace DC
language English
topic Reviews
Reviews
spellingShingle Reviews
Reviews
Obolenskaya, M.Yu.
Kuklin, A.V.
Rodrigez, R.R.
Martsenyuk, O.P.
Korneyeva, K.L.
Docenko, V.A.
Draguschenko, O.O.
Practical approach to quantification of mRNA abundance using RT-qPCR, normalization of experimental data and MIQE
Вiopolymers and Cell
description Reverse transcription and quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR) has become the most common method for characterizing expression patterns of individual mRNAs due to a large dynamic range of linear quantification, high speed, sensitivity, resolution and cost-effectiveness. However, the complexity of the protocol, variability of reagents, an inconsistent quality of biological samples, and the absence of standardized methods of data quantification may produce inconsistent results. In an effort to to standardize ithe procedure and assure high reliability of data, the minimum information for publication of quantitative real-time PCR experiments (MIQE) guidelines was defined and further extended by Prof. Bustin and colleagues (2004). These guidelines have been followed by the development of an XML-based real-time PCR data markup language (RDML) and a RDML data base for consistent reporting of RT-qPCR data created by the RDML consortium. Here we follow the RT-qPCR procedure step by step in compliance with MIQE requirements, local facilities and resources and our own experience in application of RT-qPCR methodology.
format Article
author Obolenskaya, M.Yu.
Kuklin, A.V.
Rodrigez, R.R.
Martsenyuk, O.P.
Korneyeva, K.L.
Docenko, V.A.
Draguschenko, O.O.
author_facet Obolenskaya, M.Yu.
Kuklin, A.V.
Rodrigez, R.R.
Martsenyuk, O.P.
Korneyeva, K.L.
Docenko, V.A.
Draguschenko, O.O.
author_sort Obolenskaya, M.Yu.
title Practical approach to quantification of mRNA abundance using RT-qPCR, normalization of experimental data and MIQE
title_short Practical approach to quantification of mRNA abundance using RT-qPCR, normalization of experimental data and MIQE
title_full Practical approach to quantification of mRNA abundance using RT-qPCR, normalization of experimental data and MIQE
title_fullStr Practical approach to quantification of mRNA abundance using RT-qPCR, normalization of experimental data and MIQE
title_full_unstemmed Practical approach to quantification of mRNA abundance using RT-qPCR, normalization of experimental data and MIQE
title_sort practical approach to quantification of mrna abundance using rt-qpcr, normalization of experimental data and miqe
publisher Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
publishDate 2016
topic_facet Reviews
url http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/152828
citation_txt Practical approach to quantification of mRNA abundance using RT-qPCR, normalization of experimental data and MIQE / M.Yu. Obolenskaya, A.V. Kuklin, R.R. Rodrigez, O.P. Martsenyuk, K.L. Korneyeva, V.A. Docenko, O.O. Draguschenko // Вiopolymers and Cell. — 2016. — Т. 32, № 3. — С. 161-172. — Бібліогр.: 46 назв. — англ.
series Вiopolymers and Cell
work_keys_str_mv AT obolenskayamyu practicalapproachtoquantificationofmrnaabundanceusingrtqpcrnormalizationofexperimentaldataandmiqe
AT kuklinav practicalapproachtoquantificationofmrnaabundanceusingrtqpcrnormalizationofexperimentaldataandmiqe
AT rodrigezrr practicalapproachtoquantificationofmrnaabundanceusingrtqpcrnormalizationofexperimentaldataandmiqe
AT martsenyukop practicalapproachtoquantificationofmrnaabundanceusingrtqpcrnormalizationofexperimentaldataandmiqe
AT korneyevakl practicalapproachtoquantificationofmrnaabundanceusingrtqpcrnormalizationofexperimentaldataandmiqe
AT docenkova practicalapproachtoquantificationofmrnaabundanceusingrtqpcrnormalizationofexperimentaldataandmiqe
AT draguschenkooo practicalapproachtoquantificationofmrnaabundanceusingrtqpcrnormalizationofexperimentaldataandmiqe
first_indexed 2023-05-20T17:40:01Z
last_indexed 2023-05-20T17:40:01Z
_version_ 1796153815287726080
spelling irk-123456789-1528282019-06-14T01:26:01Z Practical approach to quantification of mRNA abundance using RT-qPCR, normalization of experimental data and MIQE Obolenskaya, M.Yu. Kuklin, A.V. Rodrigez, R.R. Martsenyuk, O.P. Korneyeva, K.L. Docenko, V.A. Draguschenko, O.O. Reviews Reverse transcription and quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR) has become the most common method for characterizing expression patterns of individual mRNAs due to a large dynamic range of linear quantification, high speed, sensitivity, resolution and cost-effectiveness. However, the complexity of the protocol, variability of reagents, an inconsistent quality of biological samples, and the absence of standardized methods of data quantification may produce inconsistent results. In an effort to to standardize ithe procedure and assure high reliability of data, the minimum information for publication of quantitative real-time PCR experiments (MIQE) guidelines was defined and further extended by Prof. Bustin and colleagues (2004). These guidelines have been followed by the development of an XML-based real-time PCR data markup language (RDML) and a RDML data base for consistent reporting of RT-qPCR data created by the RDML consortium. Here we follow the RT-qPCR procedure step by step in compliance with MIQE requirements, local facilities and resources and our own experience in application of RT-qPCR methodology. Реакція зворотної транскрипції і ланцюгової полімеризації в реальному часі (ЗТ-кПЛР) стала найбільш уживаним методом для характеристики профілів експресії індивідуальних мРНК через можливості оцінки концентрацій в широкому діапазоні, відносної швидкості реакції, чутливості, роздільності і відносно невеликої вартості. Однак, багатоступеневий характер реакції, різні реактиви, різна якість біологічних зразків і відсутність стандартних приписів для проведення реакції приховують небезпеку отримати викривлені результати. Для стандартизації кожного з етапів методу і підвищення надійності результатів проф. С. Бустіним із співробітниками [2004] була розроблена методична інструкція, що містила мінімальну інформацію, яка необхідна для публікації результатів, отриманих за допомогою ЗТ-кПЛР. Крім того, RDML консорціумом на основі XML ( розширювана мова розмічання) створені спеціальна мова RDML і база даних RDML для збору і аналізу результатів ЗТ-кПЛР экспериментів. В цій статті ми описуємо весь процес ЗТ-кПЛР по етапах згідно вимог методичної інструкції MIQE і нашим власним досвідом у застосуванні цього методу. Реакция обратной транскрипции и количественной цепной полимеризации (ОТ-кПЦР) стала наиболее используемым методом для характеристики профиля экспрессии индивидуальных мРНК благодаря широкому диапазону измеряемых концентраций, малой затратности по времени исполнения, чувствительности, разрешающей способности и относительно небольшой стоимости. Однако, многоступенчатый характер реакции, разнообразие используемых реактивов, разное качество биологических образцов и отсутствие стандартных подходов для количественной оценки результатов таит опасность получить искаженные результаты. Для максимальной стандартизации каждого из этапов реакции и повышения надежности результатов проф. С. Бустиным с сотрудниками [2004] была разработана методическая инструкция с указанием минимальной информации (MIQE), необходимой для публикации данных, которые были получены с помощью ОТ-кПЦР. Кроме того, RDML консорциумом на основе XML (расширяемый язык разметки) разработан специальный язык RDML и создана база данных RDML для сбора и анализа результатов ОТ-кПЦР экспериментов. В этой статье мы описываем поэтапно весь процесс ОТ-кПЦР в соответствии с требованиями методической инструкции MIQE и нашим опытом в области применения этого метода. 2016 Article Practical approach to quantification of mRNA abundance using RT-qPCR, normalization of experimental data and MIQE / M.Yu. Obolenskaya, A.V. Kuklin, R.R. Rodrigez, O.P. Martsenyuk, K.L. Korneyeva, V.A. Docenko, O.O. Draguschenko // Вiopolymers and Cell. — 2016. — Т. 32, № 3. — С. 161-172. — Бібліогр.: 46 назв. — англ. 0233-7657 DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.00091A http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/152828 577.214.6 en Вiopolymers and Cell Інститут молекулярної біології і генетики НАН України

Схожі ресурси