Production, purification of the recombinant analog of Y-box-binding protein and its interaction with poly(ADP-ribose), RNA, single- and double-stranded DNAs

Production, purification of the recombinant analog of Y-box-binding protein and its interaction with poly(ADP-ribose), RNA, single- and double-stranded DNAs

Aim. Production and purification of the recombinant histidine-tagged Y-box- binding protein and study of its interaction with DNA and poly(ADP-ribose). Methods. Ligation-independent cloning, PCR, Sanger sequencing, protein chromatography, polyacrylamide gel electrophoresis, and electrophoresis mobil...

Повний опис

Збережено в:
Бібліографічні деталі
Дата:2017
Автори: Alemasova, E.E., Naumenko, K.N., Pestryakov, P.E., Lavrik, O.I.
Формат: Стаття
Мова:English
Опубліковано: Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 2017
Назва видання:Вiopolymers and Cell
Теми:
Molecular and Cell Biotechnologies
Онлайн доступ:http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/152976
Теги: Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
Назва журналу:Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
Цитувати:Production, purification of the recombinant analog of Y-box-binding protein and its interaction with poly(ADP-ribose), RNA, single- and double-stranded DNAs / E.E. Alemasova, K.N. Naumenko, P.E. Pestryakov, O.I. Lavrik // Вiopolymers and Cell. — 2017. — Т. 33, № 3. — С. 214-220. — Бібліогр.: 8 назв. — англ.

Репозитарії

Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
id irk-123456789-152976
record_format dspace
spelling irk-123456789-1529762019-06-14T01:28:44Z Production, purification of the recombinant analog of Y-box-binding protein and its interaction with poly(ADP-ribose), RNA, single- and double-stranded DNAs Alemasova, E.E. Naumenko, K.N. Pestryakov, P.E. Lavrik, O.I. Molecular and Cell Biotechnologies Aim. Production and purification of the recombinant histidine-tagged Y-box- binding protein and study of its interaction with DNA and poly(ADP-ribose). Methods. Ligation-independent cloning, PCR, Sanger sequencing, protein chromatography, polyacrylamide gel electrophoresis, and electrophoresis mobility shift assay. Results. cDNA coding for the YB-1 protein has a previously undocumented two single nucleotide polymorphisms. The expression construct for production of the his-tagged YB-1 protein was designed to simplify the purification procedure and an appropriate protocol for protein purification was developed. Using electrophoresis mobility shift assay, we have shown that poly(ADP-ribose) competes with a double- and single-stranded DNA and RNA for binding to purified recombinant his-tagged YB-1. Conclusions. In the present work we developed and optimized the procedure of the recombinant YB-1 protein production and purification from bacterial cells. We found that poly(ADP-ribose) at high concentration is able to recruit YB-1 protein from the YB-1-DNA and YB-1-RNA complexes, suggesting a possible YB-1 involvement in DNA repair. Мета. Отримання рекомбінантного гістидин-міченого Y-бокс-зв’язуючий білрк 1 і дослідження його взаємодії з ДНК, РНК та полі (АДФ-рибозою). Методи. Безлігазне клонування, ПЛР, секвенування по Сенгеру, хроматогра-фія, електрофорез в поліакриламідному гелі та метод затримки в гелі. Результати. кДНК YB-1 містить дві раніше недокументовані поодинокі нуклеотидні заміни. Сконструйовано вектор для експресії гистидин-міченого білка YB-1 і розроблена відповідна методика очищення білка. Методом затримки в гелі показано, що полі (АДФ-рибоза) конкурує з одно- і дволанцюговою ДНК, а також РНК, за зв›язування ре-комбінантного гістидин-міченого білка YB-1. Висновки. У цій роботі ми розробили та оптимізували процедуру отримання рекомбінантного білка YB-1 з бактеріальних клітин. Ми встановили, що полі (АДФ-рибоза) у високій концентрації здатна витісняти білок YB-1 з його комплексів з ДНК і РНК, що вказує на можливість участі YB-1 в репарації ДНК. Цель. Получение рекомбинантного гистидин-меченого Y-бокс-связывающего белка 1 и исследование его взаимо-действий с ДНК, РНК и поли(АДФ-рибозой). Методы. Безлигазное клонирование, ПЦР, секвенирование по Сэнге-ру, хроматография, электрофорез в полиакриламидном геле и метод задержки в геле. Результаты. кДНК YB-1 со-держит две ранее недокументированные одиночные нуклеотидные замены. Сконструирован вектор для экспрес-сии гистидин-меченого белка YB-1 и разработана соответствующая методика очистки белка. Методом задержки в геле показано, что поли(АДФ-рибоза) конкурирует с одно- и двухцепочечными ДНК, а также РНК, за связывание рекомбинантного гистидин-меченого белка YB-1. Выводы. В настоящей работе мы разработали и оптимизировали процедуру получения рекомбинантного белка YB-1 из бактериальных клеток. Мы установили, что поли(АДФ-рибоза) в высокой концентрации способна вытеснять белок YB-1 из его комплексов с ДНК и РНК, что указывает на возможность участия YB-1 в репарации ДНК. 2017 Article Production, purification of the recombinant analog of Y-box-binding protein and its interaction with poly(ADP-ribose), RNA, single- and double-stranded DNAs / E.E. Alemasova, K.N. Naumenko, P.E. Pestryakov, O.I. Lavrik // Вiopolymers and Cell. — 2017. — Т. 33, № 3. — С. 214-220. — Бібліогр.: 8 назв. — англ. 0233-7657 DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.000954 http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/152976 577.112.083 en Вiopolymers and Cell Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
institution Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
collection DSpace DC
language English
topic Molecular and Cell Biotechnologies
Molecular and Cell Biotechnologies
spellingShingle Molecular and Cell Biotechnologies
Molecular and Cell Biotechnologies
Alemasova, E.E.
Naumenko, K.N.
Pestryakov, P.E.
Lavrik, O.I.
Production, purification of the recombinant analog of Y-box-binding protein and its interaction with poly(ADP-ribose), RNA, single- and double-stranded DNAs
Вiopolymers and Cell
description Aim. Production and purification of the recombinant histidine-tagged Y-box- binding protein and study of its interaction with DNA and poly(ADP-ribose). Methods. Ligation-independent cloning, PCR, Sanger sequencing, protein chromatography, polyacrylamide gel electrophoresis, and electrophoresis mobility shift assay. Results. cDNA coding for the YB-1 protein has a previously undocumented two single nucleotide polymorphisms. The expression construct for production of the his-tagged YB-1 protein was designed to simplify the purification procedure and an appropriate protocol for protein purification was developed. Using electrophoresis mobility shift assay, we have shown that poly(ADP-ribose) competes with a double- and single-stranded DNA and RNA for binding to purified recombinant his-tagged YB-1. Conclusions. In the present work we developed and optimized the procedure of the recombinant YB-1 protein production and purification from bacterial cells. We found that poly(ADP-ribose) at high concentration is able to recruit YB-1 protein from the YB-1-DNA and YB-1-RNA complexes, suggesting a possible YB-1 involvement in DNA repair.
format Article
author Alemasova, E.E.
Naumenko, K.N.
Pestryakov, P.E.
Lavrik, O.I.
author_facet Alemasova, E.E.
Naumenko, K.N.
Pestryakov, P.E.
Lavrik, O.I.
author_sort Alemasova, E.E.
title Production, purification of the recombinant analog of Y-box-binding protein and its interaction with poly(ADP-ribose), RNA, single- and double-stranded DNAs
title_short Production, purification of the recombinant analog of Y-box-binding protein and its interaction with poly(ADP-ribose), RNA, single- and double-stranded DNAs
title_full Production, purification of the recombinant analog of Y-box-binding protein and its interaction with poly(ADP-ribose), RNA, single- and double-stranded DNAs
title_fullStr Production, purification of the recombinant analog of Y-box-binding protein and its interaction with poly(ADP-ribose), RNA, single- and double-stranded DNAs
title_full_unstemmed Production, purification of the recombinant analog of Y-box-binding protein and its interaction with poly(ADP-ribose), RNA, single- and double-stranded DNAs
title_sort production, purification of the recombinant analog of y-box-binding protein and its interaction with poly(adp-ribose), rna, single- and double-stranded dnas
publisher Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
publishDate 2017
topic_facet Molecular and Cell Biotechnologies
url http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/152976
citation_txt Production, purification of the recombinant analog of Y-box-binding protein and its interaction with poly(ADP-ribose), RNA, single- and double-stranded DNAs / E.E. Alemasova, K.N. Naumenko, P.E. Pestryakov, O.I. Lavrik // Вiopolymers and Cell. — 2017. — Т. 33, № 3. — С. 214-220. — Бібліогр.: 8 назв. — англ.
series Вiopolymers and Cell
work_keys_str_mv AT alemasovaee productionpurificationoftherecombinantanalogofyboxbindingproteinanditsinteractionwithpolyadpribosernasingleanddoublestrandeddnas
AT naumenkokn productionpurificationoftherecombinantanalogofyboxbindingproteinanditsinteractionwithpolyadpribosernasingleanddoublestrandeddnas
AT pestryakovpe productionpurificationoftherecombinantanalogofyboxbindingproteinanditsinteractionwithpolyadpribosernasingleanddoublestrandeddnas
AT lavrikoi productionpurificationoftherecombinantanalogofyboxbindingproteinanditsinteractionwithpolyadpribosernasingleanddoublestrandeddnas
first_indexed 2023-05-20T17:40:25Z
last_indexed 2023-05-20T17:40:25Z
_version_ 1796153836216254464

Схожі ресурси