Раннє виявлення та групова ідентифікація штамів Mycobacterium tuberculosis за допомогою SNP-аналізу зі шпилькоподібними праймерами

Раннє виявлення та групова ідентифікація штамів Mycobacterium tuberculosis за допомогою SNP-аналізу зі шпилькоподібними праймерами

Мета. Провести диференційне виявлення у клінічному матеріалі штамів M. tuberculosis (МБТ), що належать до 1-ї або 2/3 принципових генотипових груп (ПГГ) M. tuberculosis, для прискорення діагностики туберкульозу і раннього визначення клінічно і епідеміологічно значущих штамів. Методи. SNP (single-nuc...

Повний опис

Збережено в:
Бібліографічні деталі
Видавець:Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
Дата:2013
Автори: Чередник, Ю.О., Анопрієнко, О.В., Горовенко, Н.Г., Фещенко, Ю.І.
Формат: Стаття
Мова:Ukrainian
Опубліковано: Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 2013
Назва видання:Вiopolymers and Cell
Теми:
Structure and Function of Biopolymers
Онлайн доступ:http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/153176
Теги: Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
Цитувати:Раннє виявлення та групова ідентифікація штамів Mycobacterium tuberculosis за допомогою SNP-аналізу зі шпилькоподібними праймерами / Ю.О. Чередник, О.В. Анопрієнко, Н.Г. Горовенко, Ю.І. Фещенко // Вiopolymers and Cell. — 2013. — Т. 29, №. 5. — С. 375-381. — Бібліогр.: 17 назв. — укр.

Репозиторії

Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
id irk-123456789-153176
record_format dspace
institution Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
collection DSpace DC
language Ukrainian
topic Structure and Function of Biopolymers
Structure and Function of Biopolymers
spellingShingle Structure and Function of Biopolymers
Structure and Function of Biopolymers
Чередник, Ю.О.
Анопрієнко, О.В.
Горовенко, Н.Г.
Фещенко, Ю.І.
Раннє виявлення та групова ідентифікація штамів Mycobacterium tuberculosis за допомогою SNP-аналізу зі шпилькоподібними праймерами
Вiopolymers and Cell
description Мета. Провести диференційне виявлення у клінічному матеріалі штамів M. tuberculosis (МБТ), що належать до 1-ї або 2/3 принципових генотипових груп (ПГГ) M. tuberculosis, для прискорення діагностики туберкульозу і раннього визначення клінічно і епідеміологічно значущих штамів. Методи. SNP (single-nucleotide polymorphism)-аналіз на основі полімеразної ланцюгової реакції (ПЛР) зі шпилькоподібними праймерами до групоспецифічного SNP katG463 та статистичний аналіз клініко-епідеміологічних показників застосовано для дослідження клінічних зразків мокротиння хворих на туберкульоз легень м. Києва. Результати. За допомогою ПЛР-системи диференційного групоспецифічного пошуку МБТ з використанням шпилькоподібних праймерів до SNP katG463 M. tuberculosis знайдено в 47,8 % клінічних зразків, з яких 57,6 % становлять штами ПГГ-1 і 42,4 % – ПГГ-2/3. Встановлено асоціацію між приналежністю до ПГГ-1 і резистентністю до ізоніазиду (OR [95 % CI], 5,417 [1,196–24,522], P = 0,0283) та до будь- якого з препаратів першого ряду (рифампіцин/ізоніазид) (OR [95 % CI], 7,00 [1,493–32,82], P = 0,014). Висновки. SNP-аналіз зі шпилькоподібними SNP-специфічними праймерами до локусу katG463 групової приналежності штамів МБТ дозволяє ефективно виявляти у клінічному матеріалі епідеміологічно значущі штами M. tuberculosis ПГГ-1.
format Article
author Чередник, Ю.О.
Анопрієнко, О.В.
Горовенко, Н.Г.
Фещенко, Ю.І.
author_facet Чередник, Ю.О.
Анопрієнко, О.В.
Горовенко, Н.Г.
Фещенко, Ю.І.
author_sort Чередник, Ю.О.
title Раннє виявлення та групова ідентифікація штамів Mycobacterium tuberculosis за допомогою SNP-аналізу зі шпилькоподібними праймерами
title_short Раннє виявлення та групова ідентифікація штамів Mycobacterium tuberculosis за допомогою SNP-аналізу зі шпилькоподібними праймерами
title_full Раннє виявлення та групова ідентифікація штамів Mycobacterium tuberculosis за допомогою SNP-аналізу зі шпилькоподібними праймерами
title_fullStr Раннє виявлення та групова ідентифікація штамів Mycobacterium tuberculosis за допомогою SNP-аналізу зі шпилькоподібними праймерами
title_full_unstemmed Раннє виявлення та групова ідентифікація штамів Mycobacterium tuberculosis за допомогою SNP-аналізу зі шпилькоподібними праймерами
title_sort раннє виявлення та групова ідентифікація штамів mycobacterium tuberculosis за допомогою snp-аналізу зі шпилькоподібними праймерами
publisher Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
publishDate 2013
topic_facet Structure and Function of Biopolymers
url http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/153176
citation_txt Раннє виявлення та групова ідентифікація штамів Mycobacterium tuberculosis за допомогою SNP-аналізу зі шпилькоподібними праймерами / Ю.О. Чередник, О.В. Анопрієнко, Н.Г. Горовенко, Ю.І. Фещенко // Вiopolymers and Cell. — 2013. — Т. 29, №. 5. — С. 375-381. — Бібліогр.: 17 назв. — укр.
series Вiopolymers and Cell
work_keys_str_mv AT čerednikûo rannêviâvlennâtagrupovaídentifíkacíâštamívmycobacteriumtuberculosiszadopomogoûsnpanalízuzíšpilʹkopodíbnimiprajmerami
AT anopríênkoov rannêviâvlennâtagrupovaídentifíkacíâštamívmycobacteriumtuberculosiszadopomogoûsnpanalízuzíšpilʹkopodíbnimiprajmerami
AT gorovenkong rannêviâvlennâtagrupovaídentifíkacíâštamívmycobacteriumtuberculosiszadopomogoûsnpanalízuzíšpilʹkopodíbnimiprajmerami
AT feŝenkoûí rannêviâvlennâtagrupovaídentifíkacíâštamívmycobacteriumtuberculosiszadopomogoûsnpanalízuzíšpilʹkopodíbnimiprajmerami
first_indexed 2023-05-20T17:41:11Z
last_indexed 2023-05-20T17:41:11Z
_version_ 1796153858076966912
spelling irk-123456789-1531762019-06-14T01:29:26Z Раннє виявлення та групова ідентифікація штамів Mycobacterium tuberculosis за допомогою SNP-аналізу зі шпилькоподібними праймерами Чередник, Ю.О. Анопрієнко, О.В. Горовенко, Н.Г. Фещенко, Ю.І. Structure and Function of Biopolymers Мета. Провести диференційне виявлення у клінічному матеріалі штамів M. tuberculosis (МБТ), що належать до 1-ї або 2/3 принципових генотипових груп (ПГГ) M. tuberculosis, для прискорення діагностики туберкульозу і раннього визначення клінічно і епідеміологічно значущих штамів. Методи. SNP (single-nucleotide polymorphism)-аналіз на основі полімеразної ланцюгової реакції (ПЛР) зі шпилькоподібними праймерами до групоспецифічного SNP katG463 та статистичний аналіз клініко-епідеміологічних показників застосовано для дослідження клінічних зразків мокротиння хворих на туберкульоз легень м. Києва. Результати. За допомогою ПЛР-системи диференційного групоспецифічного пошуку МБТ з використанням шпилькоподібних праймерів до SNP katG463 M. tuberculosis знайдено в 47,8 % клінічних зразків, з яких 57,6 % становлять штами ПГГ-1 і 42,4 % – ПГГ-2/3. Встановлено асоціацію між приналежністю до ПГГ-1 і резистентністю до ізоніазиду (OR [95 % CI], 5,417 [1,196–24,522], P = 0,0283) та до будь- якого з препаратів першого ряду (рифампіцин/ізоніазид) (OR [95 % CI], 7,00 [1,493–32,82], P = 0,014). Висновки. SNP-аналіз зі шпилькоподібними SNP-специфічними праймерами до локусу katG463 групової приналежності штамів МБТ дозволяє ефективно виявляти у клінічному матеріалі епідеміологічно значущі штами M. tuberculosis ПГГ-1. Цель. Провести дифференциальное выявление в клиническом материале штаммов M. tuberculosis (МБТ), относящихся к 1-й или 2/3 принципиальным генотипическим группам M. tuberculosis, для сокращения сроков диагностики туберкулеза и раннего выявления наиболее клинически и эпидемиологически значимых штаммов. Методы. SNP (single-nucleotide polymorphism)-анализ на основе полимеразной цепной реакции (ПЦР) со шпилечными праймерами к группоспецифическому SNP katG463 и статистический анализ клинико-эпидемиологических показателей применены для исследования клинических образцов мокрот больных туберкулезом легких г. Киева. Результаты. С помощью ПЦР-системы дифференциального группоспецифического выявления МБТ с использованием шпилечных праймеров к SNP katG463 M. tuberculosis обнаружена в 47,8 % клинических образцов, из которых 57,6 % составляют штаммы ПГГ-1 и 42,4 % – ПГГ-2/3. Установлена ассоциация между принадлежностью к ПГГ-1 и резистентностью к изониазиду (OR [95 % CI], 5,417 [1,196–24,522] P = 0,0283) и к любому из препаратов первого ряда (рифампицин/изониазид) (OR [95 % CI], 7,00 [1,493–32.82] P = 0,014). Выводы. SNP-анализ со шпилечными SNP-специфическими праймерами к локусу katG463 групповой принадлежности штаммов МБТ позволяет эффективно выявлять в клиническом материале эпидемиологически значимые штаммы M. tuberculosis ПГГ-1. Aim. Based on the method of single-nucleotide polymorphism (SNP) determination with hairpin primers to perform a differential identification in clinical material of M. tuberculosis (Mtb) strains, which belong to the 1st or 2/3 principal genotypic groups (PGG), with the aim of shortening the terms of tuberculosis diagnosing and early detection of most clinically and epidemiologically-significant strains. Methods. PCR with the SNP-specific hairpin primers to group-specific SNP katG463, and statistical analysis of clinical/epidemiological categories of the patients were used for study of sputum clinical samples from patients with pulmonary tuberculosis living in Kyiv. Results. PCR system of differential group-specific detection of Mtb in clinical samples using hairpin primers to SNP katG463 effectively detected Mtb in 47.8 % of samples of which 57.6 % were strains of the PGG-1 and 42.4 % – PGG-2/3. The association between belonging to the PGG-1 and resistance to iso- niazid (OR [95 % CI], 5.417 [1.196–24.522] P = 0.0283) and to any of the first-line drugs (rifampicin/isoniazid) (OR [95 % CI], 7.00 [1.493– 32.82] P = 0.014) was revealed. Conclusions. SNP-analysis with hairpin SNP-specific primers to locus katG463 of Mtb strains group membership in clinical material allows effective detection of epidemiologically-important PGG-1 strains. 2013 Article Раннє виявлення та групова ідентифікація штамів Mycobacterium tuberculosis за допомогою SNP-аналізу зі шпилькоподібними праймерами / Ю.О. Чередник, О.В. Анопрієнко, Н.Г. Горовенко, Ю.І. Фещенко // Вiopolymers and Cell. — 2013. — Т. 29, №. 5. — С. 375-381. — Бібліогр.: 17 назв. — укр. 0233-7657 DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.00082C http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/153176 57.083.18:579.61:579.873.21:616.24-008.8.-078 uk Вiopolymers and Cell Інститут молекулярної біології і генетики НАН України

Схожі ресурси