Genetic and epigenetic changes of GPX1 and GPX3 in human clear-cell renal cell carcinoma

Genetic and epigenetic changes of GPX1 and GPX3 in human clear-cell renal cell carcinoma

Aim. To find putative diagnostic and prognostic markers of cancerogenesis. Methods. Analysis of microarray and SAGE data, quantitative PCR (Q-PCR), bisulfite sequencing, methylation-specific PCR. Results. Bioinformatic analysis of microarray and SAGE database revealed that genes, encoding the glutat...

Повний опис

Збережено в:
Бібліографічні деталі
Дата:2013
Автори: Rudenko, E.E., Gerashchenko, G.V., Lapska, Y.V., Bogatyrova, O.O., Vozianov, S.O., Zgonnyk, Y.M., Kashuba, V.I.
Формат: Стаття
Мова:English
Опубліковано: Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 2013
Назва видання:Вiopolymers and Cell
Теми:
Genomics, Transcriptomics and Proteomics
Онлайн доступ:http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/153217
Теги: Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
Назва журналу:Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
Цитувати:Genetic and epigenetic changes of GPX1 and GPX3 in human clear-cell renal cell carcinoma / E.E. Rudenko, G.V. Gerashchenko, Y.V. Lapska, O.O. Bogatyrova, S.O. Vozianov, Y.M. Zgonnyk, V.I. Kashuba // Вiopolymers and Cell. — 2013. — Т. 29, №. 5. — С. 395-401. — Бібліогр.: 26 назв. — англ.

Репозитарії

Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
id irk-123456789-153217
record_format dspace
spelling irk-123456789-1532172019-06-16T01:25:47Z Genetic and epigenetic changes of GPX1 and GPX3 in human clear-cell renal cell carcinoma Rudenko, E.E. Gerashchenko, G.V. Lapska, Y.V. Bogatyrova, O.O. Vozianov, S.O. Zgonnyk, Y.M. Kashuba, V.I. Genomics, Transcriptomics and Proteomics Aim. To find putative diagnostic and prognostic markers of cancerogenesis. Methods. Analysis of microarray and SAGE data, quantitative PCR (Q-PCR), bisulfite sequencing, methylation-specific PCR. Results. Bioinformatic analysis of microarray and SAGE database revealed that genes, encoding the glutathione peroxidase 1 and 3 (GPX1 and GPX3) were expressed at low levels in renal cancers. The relative gene expression of GPX1 and GPX3 that was widely inactivated in clear-cell renal cell carcinoma (ccRCC) was confirmed by Q-PCR. No correlation between expression levels and promoter methylation was found. It was found, however, that an allele with five ALA repeats in the N-terminal region of GPX1 is the most frequent polymorphic variant in ccRCC patients. Conclusions. Our data support the hypothesis that GPX1 and GPX3 are involved in tumorigenesis of ccRCC and could be putative TSGs (tumor suppressor genes) in renal cancer. Мета. Знайти можливі діагностичні і прогностичні маркери канцерогенезу. Методи. Аналіз даних SAGE і мікрочіпів, кількісна ПЛР (Q-PCR), бісульфітне секвенування, метилспецифічна ПЛР. Результати. Біоінформатичним аналізом баз даних SAGE і мікрочіпів виявлено, що гени, які кодують глутатіонпероксидазу 1 і 3 (GPX1 і GPX3), мають низький рівень експресії у тканинах раку нирок. Дані Q-PCR щодо відносної експресії генів GPX1 і GPX3 підтвердили, що зазначені гени часто інактивовані у світлоклітинній карциномі нирки (ccRCC). Кореляції між рівнем експресії і метилюванням промотoру у жодному разі не знайдено. Проте встановлено, що алель з п’ятьма ALA-повторами в N-кінцевій ділянці GPX1 є найчастіше повторюваним поліморфним варіантом у пацієнтів з ccRCC. Висновки. Наші дані підтверджують гіпотезу, що гени GPX1 і GPX3 залучені до процесу канцерогенезу ccRCC і можуть бути кандидатами на роль генів – супресорів пухлин (TSGs, tumor suppressor genes) при раку нирок. Цель. Найти предполагаемые диагностические и прогностические маркеры канцерогенеза. Методы. Анализ данных SAGE и микрочипов, количественная ПЦР (Q-PCR), бисульфитное секвенирование, метилспецифическая ПЦР. Результаты. Биоинформатическим анализом баз данных SAGE и микрочипов выявлено, что гены, кодирующие глютатионпероксидазу 1 и 3 (GPX1 и GPX3), имеют низкий уровень экспрессии в тканях рака почек. Данные Q- PCR по относительной экспрессии генов GPX1 и GPX3 подтвердили, что эти гены часто инактивированы в светлоклеточной карциноме почки (ccRCC). Корреляции между уровнем экспрессии и метилированием промотoра ни в одном случае не найдено. Однако обнаружено, что аллель с пятью ALA-повторами в N-концевом участке GPX1 является наиболее часто повторяемым полиморфным вариантом у пациентов с ccRCC. Выводы. Наши результаты подтверждают гипотезу, что гены GPX1 и GPX3 вовлечены в процесс канцерогенеза ccRCC и могут быть кандидатами на роль генов – супрессоров опухолей (TSGs, tumor suppressor genes) при раке почек. 2013 Article Genetic and epigenetic changes of GPX1 and GPX3 in human clear-cell renal cell carcinoma / E.E. Rudenko, G.V. Gerashchenko, Y.V. Lapska, O.O. Bogatyrova, S.O. Vozianov, Y.M. Zgonnyk, V.I. Kashuba // Вiopolymers and Cell. — 2013. — Т. 29, №. 5. — С. 395-401. — Бібліогр.: 26 назв. — англ. 0233-7657 DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.00082F http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/153217 577.218; 616.006.6 en Вiopolymers and Cell Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
institution Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
collection DSpace DC
language English
topic Genomics, Transcriptomics and Proteomics
Genomics, Transcriptomics and Proteomics
spellingShingle Genomics, Transcriptomics and Proteomics
Genomics, Transcriptomics and Proteomics
Rudenko, E.E.
Gerashchenko, G.V.
Lapska, Y.V.
Bogatyrova, O.O.
Vozianov, S.O.
Zgonnyk, Y.M.
Kashuba, V.I.
Genetic and epigenetic changes of GPX1 and GPX3 in human clear-cell renal cell carcinoma
Вiopolymers and Cell
description Aim. To find putative diagnostic and prognostic markers of cancerogenesis. Methods. Analysis of microarray and SAGE data, quantitative PCR (Q-PCR), bisulfite sequencing, methylation-specific PCR. Results. Bioinformatic analysis of microarray and SAGE database revealed that genes, encoding the glutathione peroxidase 1 and 3 (GPX1 and GPX3) were expressed at low levels in renal cancers. The relative gene expression of GPX1 and GPX3 that was widely inactivated in clear-cell renal cell carcinoma (ccRCC) was confirmed by Q-PCR. No correlation between expression levels and promoter methylation was found. It was found, however, that an allele with five ALA repeats in the N-terminal region of GPX1 is the most frequent polymorphic variant in ccRCC patients. Conclusions. Our data support the hypothesis that GPX1 and GPX3 are involved in tumorigenesis of ccRCC and could be putative TSGs (tumor suppressor genes) in renal cancer.
format Article
author Rudenko, E.E.
Gerashchenko, G.V.
Lapska, Y.V.
Bogatyrova, O.O.
Vozianov, S.O.
Zgonnyk, Y.M.
Kashuba, V.I.
author_facet Rudenko, E.E.
Gerashchenko, G.V.
Lapska, Y.V.
Bogatyrova, O.O.
Vozianov, S.O.
Zgonnyk, Y.M.
Kashuba, V.I.
author_sort Rudenko, E.E.
title Genetic and epigenetic changes of GPX1 and GPX3 in human clear-cell renal cell carcinoma
title_short Genetic and epigenetic changes of GPX1 and GPX3 in human clear-cell renal cell carcinoma
title_full Genetic and epigenetic changes of GPX1 and GPX3 in human clear-cell renal cell carcinoma
title_fullStr Genetic and epigenetic changes of GPX1 and GPX3 in human clear-cell renal cell carcinoma
title_full_unstemmed Genetic and epigenetic changes of GPX1 and GPX3 in human clear-cell renal cell carcinoma
title_sort genetic and epigenetic changes of gpx1 and gpx3 in human clear-cell renal cell carcinoma
publisher Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
publishDate 2013
topic_facet Genomics, Transcriptomics and Proteomics
url http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/153217
citation_txt Genetic and epigenetic changes of GPX1 and GPX3 in human clear-cell renal cell carcinoma / E.E. Rudenko, G.V. Gerashchenko, Y.V. Lapska, O.O. Bogatyrova, S.O. Vozianov, Y.M. Zgonnyk, V.I. Kashuba // Вiopolymers and Cell. — 2013. — Т. 29, №. 5. — С. 395-401. — Бібліогр.: 26 назв. — англ.
series Вiopolymers and Cell
work_keys_str_mv AT rudenkoee geneticandepigeneticchangesofgpx1andgpx3inhumanclearcellrenalcellcarcinoma
AT gerashchenkogv geneticandepigeneticchangesofgpx1andgpx3inhumanclearcellrenalcellcarcinoma
AT lapskayv geneticandepigeneticchangesofgpx1andgpx3inhumanclearcellrenalcellcarcinoma
AT bogatyrovaoo geneticandepigeneticchangesofgpx1andgpx3inhumanclearcellrenalcellcarcinoma
AT vozianovso geneticandepigeneticchangesofgpx1andgpx3inhumanclearcellrenalcellcarcinoma
AT zgonnykym geneticandepigeneticchangesofgpx1andgpx3inhumanclearcellrenalcellcarcinoma
AT kashubavi geneticandepigeneticchangesofgpx1andgpx3inhumanclearcellrenalcellcarcinoma
first_indexed 2023-05-20T17:41:12Z
last_indexed 2023-05-20T17:41:12Z
_version_ 1796153858931556352

Схожі ресурси