Thermodynamic analysis of DNA complexes with methylene blue, ethidium bromide and Hoechst 33258

Thermodynamic analysis of DNA complexes with methylene blue, ethidium bromide and Hoechst 33258

Aim. To investigate the thermodynamic characteristics of complexes of calf thymus double-stranded DNA with methylene blue (MB), ethidium bromide (EtBr) and Hoechst 33258 (H33258). Methods. The binding of MB with double-stranded DNA was observed by UV-melting method. Results. Several types of MB bind...

Повний опис

Збережено в:
Бібліографічні деталі
Видавець:Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
Дата:2013
Автори: Vardevanyan, P.O., Antonyan, A.P., Hambardzumyan, L.A., Shahinyan, M.A., Karapetian, A.T.
Формат: Стаття
Мова:English
Опубліковано: Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 2013
Назва видання:Вiopolymers and Cell
Теми:
Molecular Biophysics
Онлайн доступ:http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/153697
Теги: Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
Цитувати:Thermodynamic analysis of DNA complexes with methylene blue, ethidium bromide and Hoechst 33258 / P.O. Vardevanyan, A.P. Antonyan, L.A. Hambardzumyan, M.A. Shahinyan, A.T. Karapetian // Вiopolymers and Cell. — 2013. — Т. 29, №. 6. — С. 515-520. — Бібліогр.: 35 назв. — англ.

Репозиторії

Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
id irk-123456789-153697
record_format dspace
spelling irk-123456789-1536972019-06-15T01:31:38Z Thermodynamic analysis of DNA complexes with methylene blue, ethidium bromide and Hoechst 33258 Vardevanyan, P.O. Antonyan, A.P. Hambardzumyan, L.A. Shahinyan, M.A. Karapetian, A.T. Molecular Biophysics Aim. To investigate the thermodynamic characteristics of complexes of calf thymus double-stranded DNA with methylene blue (MB), ethidium bromide (EtBr) and Hoechst 33258 (H33258). Methods. The binding of MB with double-stranded DNA was observed by UV-melting method. Results. Several types of MB binding to DNA-intercalating, semi-intercalating and electrostatic with DNA phosphate backbone, have been revealed at low concentrations of Na+ (2 mM). At high concentrations of cations and low ratios of rb = [ligand]/[DNA] ( 0.05), the molecules of ligand semi-intercalate into the space between adjacent bases. At higher concentrations of ligand the main mode becomes electrostatic binding of MB to DNA phosphate groups. Conclusions. The comparison of thermodynamic characteristics of DNA-MB complexes with those of EtBr and H33258 indicates that there is more than one mode of binding ligands to DNA: besides nonspecific, external electrostatic binding with phosphate groups, intercalation and semi-intercalation modes of interaction coexist. Мета. Дослідити термодинамічні характеристики комплексів дволанцюгової ДНК тимусу теляти з метиленовим синім (МС), бромистим етидієм (БЕ) і Hoechst 33258 (H33258). Методи. Зв’язування МС з дволанцюговою ДНК вивчали методом УФ-плавлення. Результати. Визначено декілька типів зв’язування МС з ДНК: iинтеркаляцiйний, напiвiнтеркаляцiйний і електростатичний з фосфатним остовом ДНК за низьких концентрацій Na+ (2 мМ). За великих концентрацій катіонів і низьких співвідношеннях rb = [ліганд]/[ДНК] ( 0,05) молекули ліганда напівiнтеркалюють у простір між сусідніми основами. За вищих концентрацій ліганда переважаючим способом є електростатичне зв’язування МС з фосфатними групами ДНК. Висновки. Порівняння термодинамічних параметрів комплексів ДНК–МС з такими для БЕ і H33258 виявило більш ніж один спосiб зв’язування лігандів з ДНК. Встановлено, що, окрім неспецифічного, зовнішнього електростатичного зв’язування з фосфатними групами, існують iнтеркаляцiйний і напiвiинтеркаляцiйний типи взаємодії. Цель. Изучить термодинамические характеристики комплексов двухцепочечной ДНК тимуса теленка с метиленовым синим (МС), бромистым этидием (БЭ) и Hoechst 33258 (H33258). Методы. Связывание МС с двухцепочечной ДНК исследовали методом УФ- плавления. Результаты. Обнаружено несколько типов связывания МС с ДНК: интеркаляционный, полуинтеркаляционный и электростатический с фосфатным остовом ДНК при низких концентрациях Na+ (2 мМ). При больших концентрациях катионов и низких соотношениях rb = [лиганд]/[ДНК] ( 0,05) молекулы лиганда полуинтеркалируют в пространство между соседними основаниями. При более высоких концентрациях лиганда основным способом становится электростатическое связывание МС с фосфатными группами ДНК. Выводы. Сравнение термодинамических параметров комплексов ДНК–МС с таковыми для БЭ и H33258 указывает на наличие более чем одного способа связывания лигандов с ДНК. Установлено, что, кроме неспецифического, внешнего электростатического связывания с фосфатными группами, существуют интеркаляционный и полуинтеркаляционный типы взаимодействия. 2013 Article Thermodynamic analysis of DNA complexes with methylene blue, ethidium bromide and Hoechst 33258 / P.O. Vardevanyan, A.P. Antonyan, L.A. Hambardzumyan, M.A. Shahinyan, A.T. Karapetian // Вiopolymers and Cell. — 2013. — Т. 29, №. 6. — С. 515-520. — Бібліогр.: 35 назв. — англ. 0233-7657 DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.000843 http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/153697 577.3 en Вiopolymers and Cell Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
institution Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
collection DSpace DC
language English
topic Molecular Biophysics
Molecular Biophysics
spellingShingle Molecular Biophysics
Molecular Biophysics
Vardevanyan, P.O.
Antonyan, A.P.
Hambardzumyan, L.A.
Shahinyan, M.A.
Karapetian, A.T.
Thermodynamic analysis of DNA complexes with methylene blue, ethidium bromide and Hoechst 33258
Вiopolymers and Cell
description Aim. To investigate the thermodynamic characteristics of complexes of calf thymus double-stranded DNA with methylene blue (MB), ethidium bromide (EtBr) and Hoechst 33258 (H33258). Methods. The binding of MB with double-stranded DNA was observed by UV-melting method. Results. Several types of MB binding to DNA-intercalating, semi-intercalating and electrostatic with DNA phosphate backbone, have been revealed at low concentrations of Na+ (2 mM). At high concentrations of cations and low ratios of rb = [ligand]/[DNA] ( 0.05), the molecules of ligand semi-intercalate into the space between adjacent bases. At higher concentrations of ligand the main mode becomes electrostatic binding of MB to DNA phosphate groups. Conclusions. The comparison of thermodynamic characteristics of DNA-MB complexes with those of EtBr and H33258 indicates that there is more than one mode of binding ligands to DNA: besides nonspecific, external electrostatic binding with phosphate groups, intercalation and semi-intercalation modes of interaction coexist.
format Article
author Vardevanyan, P.O.
Antonyan, A.P.
Hambardzumyan, L.A.
Shahinyan, M.A.
Karapetian, A.T.
author_facet Vardevanyan, P.O.
Antonyan, A.P.
Hambardzumyan, L.A.
Shahinyan, M.A.
Karapetian, A.T.
author_sort Vardevanyan, P.O.
title Thermodynamic analysis of DNA complexes with methylene blue, ethidium bromide and Hoechst 33258
title_short Thermodynamic analysis of DNA complexes with methylene blue, ethidium bromide and Hoechst 33258
title_full Thermodynamic analysis of DNA complexes with methylene blue, ethidium bromide and Hoechst 33258
title_fullStr Thermodynamic analysis of DNA complexes with methylene blue, ethidium bromide and Hoechst 33258
title_full_unstemmed Thermodynamic analysis of DNA complexes with methylene blue, ethidium bromide and Hoechst 33258
title_sort thermodynamic analysis of dna complexes with methylene blue, ethidium bromide and hoechst 33258
publisher Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
publishDate 2013
topic_facet Molecular Biophysics
url http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/153697
citation_txt Thermodynamic analysis of DNA complexes with methylene blue, ethidium bromide and Hoechst 33258 / P.O. Vardevanyan, A.P. Antonyan, L.A. Hambardzumyan, M.A. Shahinyan, A.T. Karapetian // Вiopolymers and Cell. — 2013. — Т. 29, №. 6. — С. 515-520. — Бібліогр.: 35 назв. — англ.
series Вiopolymers and Cell
work_keys_str_mv AT vardevanyanpo thermodynamicanalysisofdnacomplexeswithmethyleneblueethidiumbromideandhoechst33258
AT antonyanap thermodynamicanalysisofdnacomplexeswithmethyleneblueethidiumbromideandhoechst33258
AT hambardzumyanla thermodynamicanalysisofdnacomplexeswithmethyleneblueethidiumbromideandhoechst33258
AT shahinyanma thermodynamicanalysisofdnacomplexeswithmethyleneblueethidiumbromideandhoechst33258
AT karapetianat thermodynamicanalysisofdnacomplexeswithmethyleneblueethidiumbromideandhoechst33258
first_indexed 2023-05-20T17:42:37Z
last_indexed 2023-05-20T17:42:37Z
_version_ 1796153912473944064

Схожі ресурси