Критерії оцінки результатів мікромасив-експерименту з дослідження транскриптому гепатоцитів щура під впливом інтерферону альфа

• Дата: 2013
• Автори: Куклін, А.В., Токовенко, Б.Т., Оболенська, М.Ю.
• Формат: Стаття
• Мова: Ukrainian
• Опубліковано: Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 2013
• Назва видання: Вiopolymers and Cell
• Теми: Bioinformatics
• Онлайн доступ: http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/153698
• Назва журналу: Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
• Цитувати: Критерії оцінки результатів мікромасив-експерименту з дослідження транскриптому гепатоцитів щура під впливом інтерферону альфа / А.В. Куклін, Б.Т. Токовенко, М.Ю. Оболенська // Вiopolymers and Cell. — 2013. — Т. 29, № 6. — С. 521-526. — Бібліогр.: 15 назв. — укр.

Транскриптом первинних гепатоцитів щура, культивованих з інтерфероном альфа (ІФН) впродовж трьох і шести годин, досліджували із залученням олігонуклеотидних мікромасивів. Мета. Проведення поетапного аналізу результатів мікромасив-експерименту і визначення відповідності або невідповідності критеріїв оцінки результатів загальноприйнятим значенням. Методи. Аналіз здійснювали на файлах, отриманих після сканування мікромасивів Affymetrix, із використанням статистичного середовища R, пакетів функцій Bioconductor «affy», «simpleaffy», «affyPLM» і програми BRB Array Tools із застосуванням парного Т-тесту. Результати. Усі мікромасиви пройшли контроль якості, нормалізовані і порівнянні між собою. За результатом Т-тесту знайдено 28 і 124 диференційно експресованих гени відповідно після трьох і шести годин культивування клітин з ІФН. Висновки. Одержані дані відповідають узвичаєним критеріям якості і придатні для подальшого встановлення їхнього біологічного значення. Використані в роботі R-коди можна застосовувати при обробці результатів мікромасив-експериментів.