Критерії оцінки результатів мікромасив-експерименту з дослідження транскриптому гепатоцитів щура під впливом інтерферону альфа

Транскриптом первинних гепатоцитів щура, культивованих з інтерфероном альфа (ІФН) впродовж трьох і шести годин, досліджували із залученням олігонуклеотидних мікромасивів. Мета. Проведення поетапного аналізу результатів мікромасив-експерименту і визначення відповідності або невідповідності критеріїв...

Повний опис

Збережено в:
Бібліографічні деталі
Дата:2013
Автори: Куклін, А.В., Токовенко, Б.Т., Оболенська, М.Ю.
Формат: Стаття
Мова:Ukrainian
Опубліковано: Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 2013
Назва видання:Вiopolymers and Cell
Теми:
Онлайн доступ:http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/153698
Теги: Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
Назва журналу:Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
Цитувати:Критерії оцінки результатів мікромасив-експерименту з дослідження транскриптому гепатоцитів щура під впливом інтерферону альфа / А.В. Куклін, Б.Т. Токовенко, М.Ю. Оболенська // Вiopolymers and Cell. — 2013. — Т. 29, № 6. — С. 521-526. — Бібліогр.: 15 назв. — укр.

Репозитарії

Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
id irk-123456789-153698
record_format dspace
spelling irk-123456789-1536982019-06-15T01:31:41Z Критерії оцінки результатів мікромасив-експерименту з дослідження транскриптому гепатоцитів щура під впливом інтерферону альфа Куклін, А.В. Токовенко, Б.Т. Оболенська, М.Ю. Bioinformatics Транскриптом первинних гепатоцитів щура, культивованих з інтерфероном альфа (ІФН) впродовж трьох і шести годин, досліджували із залученням олігонуклеотидних мікромасивів. Мета. Проведення поетапного аналізу результатів мікромасив-експерименту і визначення відповідності або невідповідності критеріїв оцінки результатів загальноприйнятим значенням. Методи. Аналіз здійснювали на файлах, отриманих після сканування мікромасивів Affymetrix, із використанням статистичного середовища R, пакетів функцій Bioconductor «affy», «simpleaffy», «affyPLM» і програми BRB Array Tools із застосуванням парного Т-тесту. Результати. Усі мікромасиви пройшли контроль якості, нормалізовані і порівнянні між собою. За результатом Т-тесту знайдено 28 і 124 диференційно експресованих гени відповідно після трьох і шести годин культивування клітин з ІФН. Висновки. Одержані дані відповідають узвичаєним критеріям якості і придатні для подальшого встановлення їхнього біологічного значення. Використані в роботі R-коди можна застосовувати при обробці результатів мікромасив-експериментів. Транскриптом первичных гепатоцитов крысы, культивированных с интерферона альфа (ИФН) в течение трех и шести часов, исследовали с привлечением олигонуклеотидных микромассивов. Цель. Поэтапный анализ результатов микромассив-эксперимента и определение соответствия или несоответствия критериев оценки результатов общепринятым значениям. Методы. Анализ осуществляли на файлах, полученных после сканирования микромассивов, с использованием статистической среды R, пакетов функций Bioconductor «affy», «simpleaffy», «affyPLM» и программы BRB Array Tools с применением парного Т-теста. Результаты. Все микромассивы прошли контроль качества, нормализованы и сравнимы между собой. По результатам Т-теста найдены 28 и 124 дифференциально экспрессированых гена соответственно после трех и шести часов культивирования клеток с ИФН. Выводы. Полученные данные отвечают общепринятым критериям качества и пригодны для дальнейшего определения их биологического значения. Использованные в работе R-коды можно применять для обработки результатов микромассив-экспериментов. The changes induced in transcriptome of rat hepatocytes treated with interferon alpha (IFN) during three and six hours were analyzed by DNA microarray. Aim. To conduct a stepwise analysis of the results of microarray experiment and to determine whether they meet/fail to the conventional requirements. Methods. The files obtained after scanning microarrays were subjected to the analysis in statistical environment R by Bioconductor’s packages «affy», «simpleaffy», «affyPLM» and BRB Array Tools software for paired T-test. Results. All microarrays had quality metrics lying within recommended ranges, passed quality control, were normalized and are comparable with each other. The T-test revealed 28 and 124 differentially expressed genes after three and six hours of cells cultivation with IFNα , respectively. Conclusions. The obtained data meet the conventional criteria of quality and are applicable for further evaluation of their biological significance. The R-codes used in this study can be used for the analysis of the microarrays data. 2013 Article Критерії оцінки результатів мікромасив-експерименту з дослідження транскриптому гепатоцитів щура під впливом інтерферону альфа / А.В. Куклін, Б.Т. Токовенко, М.Ю. Оболенська // Вiopolymers and Cell. — 2013. — Т. 29, № 6. — С. 521-526. — Бібліогр.: 15 назв. — укр. 0233-7657 DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.000844 http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/153698 577.218 uk Вiopolymers and Cell Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
institution Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
collection DSpace DC
language Ukrainian
topic Bioinformatics
Bioinformatics
spellingShingle Bioinformatics
Bioinformatics
Куклін, А.В.
Токовенко, Б.Т.
Оболенська, М.Ю.
Критерії оцінки результатів мікромасив-експерименту з дослідження транскриптому гепатоцитів щура під впливом інтерферону альфа
Вiopolymers and Cell
description Транскриптом первинних гепатоцитів щура, культивованих з інтерфероном альфа (ІФН) впродовж трьох і шести годин, досліджували із залученням олігонуклеотидних мікромасивів. Мета. Проведення поетапного аналізу результатів мікромасив-експерименту і визначення відповідності або невідповідності критеріїв оцінки результатів загальноприйнятим значенням. Методи. Аналіз здійснювали на файлах, отриманих після сканування мікромасивів Affymetrix, із використанням статистичного середовища R, пакетів функцій Bioconductor «affy», «simpleaffy», «affyPLM» і програми BRB Array Tools із застосуванням парного Т-тесту. Результати. Усі мікромасиви пройшли контроль якості, нормалізовані і порівнянні між собою. За результатом Т-тесту знайдено 28 і 124 диференційно експресованих гени відповідно після трьох і шести годин культивування клітин з ІФН. Висновки. Одержані дані відповідають узвичаєним критеріям якості і придатні для подальшого встановлення їхнього біологічного значення. Використані в роботі R-коди можна застосовувати при обробці результатів мікромасив-експериментів.
format Article
author Куклін, А.В.
Токовенко, Б.Т.
Оболенська, М.Ю.
author_facet Куклін, А.В.
Токовенко, Б.Т.
Оболенська, М.Ю.
author_sort Куклін, А.В.
title Критерії оцінки результатів мікромасив-експерименту з дослідження транскриптому гепатоцитів щура під впливом інтерферону альфа
title_short Критерії оцінки результатів мікромасив-експерименту з дослідження транскриптому гепатоцитів щура під впливом інтерферону альфа
title_full Критерії оцінки результатів мікромасив-експерименту з дослідження транскриптому гепатоцитів щура під впливом інтерферону альфа
title_fullStr Критерії оцінки результатів мікромасив-експерименту з дослідження транскриптому гепатоцитів щура під впливом інтерферону альфа
title_full_unstemmed Критерії оцінки результатів мікромасив-експерименту з дослідження транскриптому гепатоцитів щура під впливом інтерферону альфа
title_sort критерії оцінки результатів мікромасив-експерименту з дослідження транскриптому гепатоцитів щура під впливом інтерферону альфа
publisher Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
publishDate 2013
topic_facet Bioinformatics
url http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/153698
citation_txt Критерії оцінки результатів мікромасив-експерименту з дослідження транскриптому гепатоцитів щура під впливом інтерферону альфа / А.В. Куклін, Б.Т. Токовенко, М.Ю. Оболенська // Вiopolymers and Cell. — 2013. — Т. 29, № 6. — С. 521-526. — Бібліогр.: 15 назв. — укр.
series Вiopolymers and Cell
work_keys_str_mv AT kuklínav kriterííocínkirezulʹtatívmíkromasiveksperimentuzdoslídžennâtranskriptomugepatocitívŝurapídvplivomínterferonualʹfa
AT tokovenkobt kriterííocínkirezulʹtatívmíkromasiveksperimentuzdoslídžennâtranskriptomugepatocitívŝurapídvplivomínterferonualʹfa
AT obolensʹkamû kriterííocínkirezulʹtatívmíkromasiveksperimentuzdoslídžennâtranskriptomugepatocitívŝurapídvplivomínterferonualʹfa
first_indexed 2023-05-20T17:42:37Z
last_indexed 2023-05-20T17:42:37Z
_version_ 1796153912591384576