New technique of identifying the hierarchy of dynamic domains in proteins using a method of molecular dynamics simulations

New technique of identifying the hierarchy of dynamic domains in proteins using a method of molecular dynamics simulations

Despite a large number of existing domain identification techniques there is no universally accepted method, which identifies the hierarchy of dynamic domains using the data of molecular dynamics (MD) simulations. The aim of this work is to develop such technique. Methods. The dynamic domains are id...

Повний опис

Збережено в:
Бібліографічні деталі
Дата:2010
Автор: Yesylevskyy, S.O.
Формат: Стаття
Мова:English
Опубліковано: Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 2010
Назва видання:Вiopolymers and Cell
Теми:
Bioinformatics
Онлайн доступ:http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/153878
Теги: Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
Назва журналу:Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
Цитувати:New technique of identifying the hierarchy of dynamic domains in proteins using a method of molecular dynamics simulations / S.O. Yesylevskyy // Вiopolymers and Cell. — 2010. — Т. 26, № 2. — С. 146-152. — Бібліогр.: 28 назв. — англ.

Репозитарії

Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
id irk-123456789-153878
record_format dspace
spelling irk-123456789-1538782019-07-06T20:28:49Z New technique of identifying the hierarchy of dynamic domains in proteins using a method of molecular dynamics simulations Yesylevskyy, S.O. Bioinformatics Despite a large number of existing domain identification techniques there is no universally accepted method, which identifies the hierarchy of dynamic domains using the data of molecular dynamics (MD) simulations. The aim of this work is to develop such technique. Methods. The dynamic domains are identified by eliminating systematic motions from MD trajectories recursively in a model-free manner. Results. The technique called the Hierarchical Domain-Wise Alignment (HDWA) to identify hierarchically organized dynamic domains in proteins using the MD trajectories has been developed. Conclusion. A new method of domain identification in proteins is proposed. Незважаючи на велику кількість існуючих підходів до ідентифікації доменів у білках, на сьогодні немає єдиного загальновизнаного методу, який міг би визначати ієрархію динамічних доменів на основі даних молекулярної динаміки. Метою роботи є створення такого методу. Методи. Домени визначають рекурсивним елімінуванням систематичних рухів у траєкторіях молекулярної динаміки. Результати. Розроблено новий метод визначення ієрархії доменів на основі даних молекулярної динаміки, який отримав назву ієрархічного доменного вирівнювання (HDWA). Несмотря на большое количесто существующих подходов к определению доменов в белках, на сегодня нет единого общепризнанного метода, с помощью которого можно было бы идентифицировать иерархию динамических доменов на основе данных молекулярной динамики. Целью работы является разработка такого метода. Методы. Домены определяют рекурсивным элиминированием систематических движений в траекториях молекулярной динамики. Результаты. Создан новый метод определения иерархии доменов на основе данных молекулярной динамики, получивший название иерархического доменного выравнивания (HDWA). 2010 Article New technique of identifying the hierarchy of dynamic domains in proteins using a method of molecular dynamics simulations / S.O. Yesylevskyy // Вiopolymers and Cell. — 2010. — Т. 26, № 2. — С. 146-152. — Бібліогр.: 28 назв. — англ. 0233-7657 DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.000151 http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/153878 577.322 en Вiopolymers and Cell Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
institution Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
collection DSpace DC
language English
topic Bioinformatics
Bioinformatics
spellingShingle Bioinformatics
Bioinformatics
Yesylevskyy, S.O.
New technique of identifying the hierarchy of dynamic domains in proteins using a method of molecular dynamics simulations
Вiopolymers and Cell
description Despite a large number of existing domain identification techniques there is no universally accepted method, which identifies the hierarchy of dynamic domains using the data of molecular dynamics (MD) simulations. The aim of this work is to develop such technique. Methods. The dynamic domains are identified by eliminating systematic motions from MD trajectories recursively in a model-free manner. Results. The technique called the Hierarchical Domain-Wise Alignment (HDWA) to identify hierarchically organized dynamic domains in proteins using the MD trajectories has been developed. Conclusion. A new method of domain identification in proteins is proposed.
format Article
author Yesylevskyy, S.O.
author_facet Yesylevskyy, S.O.
author_sort Yesylevskyy, S.O.
title New technique of identifying the hierarchy of dynamic domains in proteins using a method of molecular dynamics simulations
title_short New technique of identifying the hierarchy of dynamic domains in proteins using a method of molecular dynamics simulations
title_full New technique of identifying the hierarchy of dynamic domains in proteins using a method of molecular dynamics simulations
title_fullStr New technique of identifying the hierarchy of dynamic domains in proteins using a method of molecular dynamics simulations
title_full_unstemmed New technique of identifying the hierarchy of dynamic domains in proteins using a method of molecular dynamics simulations
title_sort new technique of identifying the hierarchy of dynamic domains in proteins using a method of molecular dynamics simulations
publisher Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
publishDate 2010
topic_facet Bioinformatics
url http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/153878
citation_txt New technique of identifying the hierarchy of dynamic domains in proteins using a method of molecular dynamics simulations / S.O. Yesylevskyy // Вiopolymers and Cell. — 2010. — Т. 26, № 2. — С. 146-152. — Бібліогр.: 28 назв. — англ.
series Вiopolymers and Cell
work_keys_str_mv AT yesylevskyyso newtechniqueofidentifyingthehierarchyofdynamicdomainsinproteinsusingamethodofmoleculardynamicssimulations
first_indexed 2023-05-20T17:41:53Z
last_indexed 2023-05-20T17:41:53Z
_version_ 1796153883756593152

Схожі ресурси