New technique of identifying the hierarchy of dynamic domains in proteins using a method of molecular dynamics simulations

New technique of identifying the hierarchy of dynamic domains in proteins using a method of molecular dynamics simulations

Despite a large number of existing domain identification techniques there is no universally accepted method, which identifies the hierarchy of dynamic domains using the data of molecular dynamics (MD) simulations. The aim of this work is to develop such technique. Methods. The dynamic domains are id...

Повний опис

Збережено в:

Бібліографічні деталі
Дата:	2010
Автор:	Yesylevskyy, S.O.
Формат:	Стаття
Мова:	English
Опубліковано:	Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 2010
Назва видання:	Вiopolymers and Cell
Теми:	Bioinformatics
Онлайн доступ:	http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/153878
Теги:	Додати тег Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
Назва журналу:	Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
Цитувати:	New technique of identifying the hierarchy of dynamic domains in proteins using a method of molecular dynamics simulations / S.O. Yesylevskyy // Вiopolymers and Cell. — 2010. — Т. 26, № 2. — С. 146-152. — Бібліогр.: 28 назв. — англ.

Репозитарії

Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine

Схожі ресурси

Identification of hierarchy of dynamic domains in proteins: comparison of HDWA and HCCP techniques
за авторством: Yesylevskyy, S.O.
Опубліковано: (2010)

The mechanisms of substrates interaction with the active site of Mycobacterium tuberculosis tyrosyl-tRNA synthetase studied by molecular dynamics simulations
за авторством: Mykuliak, V.V., та інші
Опубліковано: (2014)

Molecular docking and molecular dynamics simulation studies on Thermus thermophilus leucyl-tRNA synthetase complexed with different amino acids and pre-transfer editing substrates
за авторством: Rayevsky, A.V., та інші
Опубліковано: (2016)

Design of potentially active ligands for SH2 domains by molecular modeling methods
за авторством: Hurmach, V.V., та інші
Опубліковано: (2014)

Geometric filters for protein–ligand complexes based on phenomenological molecular models
за авторством: Sudakov, O.O., та інші
Опубліковано: (2013)

Comparative analysis of nuclear localization signal (NLS) prediction methods
за авторством: Lisitsyna, O.M., та інші
Опубліковано: (2017)

Mathematical modeling of folate-related processes in human placenta
за авторством: Dotsenko, V.A., та інші
Опубліковано: (2014)

Критерії оцінки результатів мікромасив-експерименту з дослідження транскриптому гепатоцитів щура під впливом інтерферону альфа
за авторством: Куклін, А.В., та інші
Опубліковано: (2013)

Computational analysis of microarray gene expression profiles of lung cancer
за авторством: Babichev, S.A., та інші
Опубліковано: (2016)

Bioinformatics analysis of cis-regulatory elements in Mbl1 and Mbl2 genes in Rattus norvegicus
за авторством: Bondarenko, V.S., та інші
Опубліковано: (2015)

A link between β-catenin and hypertrophy: evaluation and meta-analysis
за авторством: Palchevska, O.L., та інші
Опубліковано: (2016)

Creation of gene expression database on preeclampsia-affected human placenta
за авторством: Lykhenko, O., та інші
Опубліковано: (2017)

Similarity and dissimilarity of primary structures of some Streptomyces spp. genomes and the Streptomyces globisporus 1912-2 chromosomal DNA
за авторством: Polishchuk, L.V.
Опубліковано: (2017)

Objective clustering inductive technology of gene expression profiles based on sota clustering algorithm
за авторством: Babichev, S.A., та інші
Опубліковано: (2017)

Computational approaches for parameterization of aminoacyl-tRNA synthetase substrates
за авторством: Rayevsky, O.V., та інші
Опубліковано: (2018)

Біоінформатичний аналіз вторинної структури тринскриптів інтрона 1 гена whp1 кукурудзи
за авторством: Сліщук, Г.І., та інші
Опубліковано: (2012)

Cobaltand nickel-containing enzyme constructs from the sequences of methanogens
за авторством: Chellapandi P., та інші
Опубліковано: (2012)

PTI-1: novel way to oncogenicity
за авторством: Vislovukh, A.A., та інші
Опубліковано: (2012)

Flexible 3D structure of Bos taurus tyrosyl-tRNA synthetase suggests the existence of the hinge mechanism provided by conservative Gly353 at interdomain linker
за авторством: Pydiura, N.A., та інші
Опубліковано: (2012)

Conformational relaxations of human serum albumin studied by molecular dynamics simulations with pressure jumps
за авторством: Yesylevskyy, S.O., та інші
Опубліковано: (2012)

New optimized algorithms for molecular dynamics simulations
за авторством: Omelyan, I.P., та інші
Опубліковано: (2002)

Conformational relaxations of human serum albumin studied by molecular dynamics simulations with pressure jumps
за авторством: S. O. Yesylevskyy, та інші
Опубліковано: (2012)

Simulation of reverse micelles by molecular dynamics method
за авторством: A. V. Nevidimov, та інші
Опубліковано: (2011)

BBGKY Hierarchy and Dynamics of Correlations
за авторством: Polishchuk, D.O.
Опубліковано: (2010)

Atomic dynamics of alumina melt: A molecular dynamics simulation study
за авторством: Jahn, S., та інші
Опубліковано: (2008)

Clustering Monte Carlo simulations of the hierarchical protein folding on a simple lattice model
за авторством: Yesylevskyy, S.O., та інші
Опубліковано: (2004)

Molecular dynamics simulation of phase transitions in liquid carbon
за авторством: Byshkin, M.S., та інші
Опубліковано: (2007)

Interaction of carbon nanotubes and S2 molecules: molecular-dynamics simulation
за авторством: D. I. Kushel, та інші
Опубліковано: (2011)

Molecular Dynamics simulations of supercritical ammonia and metal-ammonia solutions
за авторством: Hannongbua, S., та інші
Опубліковано: (2000)

Novel morphologies for laterally decorated metaparticles: molecular dynamics simulation
за авторством: Slyusarchuk, A.Y., та інші
Опубліковано: (2014)

Computer realization of the deterministic method of identifying nonlinear integral models of dynamic objects
за авторством: V. A. Ivaniuk, та інші
Опубліковано: (2014)

The Method of Vibro- and gas-dynamic Moulding with identifying Parameters of seal forming blend
за авторством: P. V. Rusakov, та інші
Опубліковано: (2014)

Growth of graphene on 6H-SiC by molecular dynamics simulation
за авторством: Jakse, N., та інші
Опубліковано: (2011)

Hydration change on complexation of aromatic ligands with DNA: molecular dynamics simulations
за авторством: Kostjukov, V.V., та інші
Опубліковано: (2010)

A Study of Atomic Displacements Produced in Cascades in Irradiated α-Zr by Using Molecular Dynamics Simulations
за авторством: Ovcharenko, Yu.M., та інші
Опубліковано: (2016)

3D intense beam dynamics simulation by using moments method
за авторством: Kazarinov, N., та інші
Опубліковано: (2008)

Nonequilibrium molecular dynamics
за авторством: Hoover, Wm.G., та інші
Опубліковано: (2005)

On the composition dependence of thermodynamic, dynamic and dielectric properties of water-methanol model mixtures. Molecular dynamics simulation results
за авторством: Galicia-Andrés, E., та інші
Опубліковано: (2015)

Simulating an electrochemical interface using charge dynamics
за авторством: Guymon, C.G., та інші
Опубліковано: (2005)

Molecular dynamics simulations of the properties of water-methanol mixtures. Effects of force fields
за авторством: Cruz Sanchez, M, та інші
Опубліковано: (2019)