Исследование комплексообразования бромистого этидия с одноцепочечным некомплементарным дезокситетрануклеотидом 5'-d(CpGpApA) в водном растворе методом ¹Н-ЯМР спектроскопии

• Дата: 1996
• Автори: Веселков, А. Н., Веселков, А.Н., Барановский, С.Ф., Дымант, Л.Н., Петренко, Н.В., Осетров, С.Г., Такер, А., Дэвис, Д.
• Формат: Стаття
• Мова: Russian
• Опубліковано: Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 1996
• Назва видання: Биополимеры и клетка
• Онлайн доступ: http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/154199
• Назва журналу: Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
• Цитувати: Исследование комплексообразования бромистого этидия с одноцепочечным некомплементарным дезокситетрануклеотидом 5'-d(CpGpApA) в водном растворе методом ¹Н-ЯМР спектроскопии / А.Н. Веселков, С.Ф. Барановский, Л.Н. Дымант, Н.В. Петренко, С.Г. Осетров, А. Такер, Д. Дэвис // Биополимеры и клетка. — 1996. — Т. 12, № 6. — С. 36-49. — Бібліогр.: 24 назв. — рос.

Методом одно- и двухмерной ¹Н-ЯМР спектроскопии (500 и 600 МГц) изучено комплексообразование в водно-солевом растворе красителя бромистого этидия (3,8-диамино-6-фенил-5-этил-фенантридин) с одноцепочечным некомплементарным дезокситетрануклеотидом 5' -d( CpGpApA). Измерены концентрационные зависимости химических сдвигов протонов взаимодействующих молекул при различных температурах (T1 = 298 K и Т2= 308 K). Исследования самоассоциации тетрануклеотида показали малую вероятность образования дуплексов в растворе. В связи с этим в растворе основную роль играют комплексы красителя с одиночной нитью тетрануклеотида, что дает возможность проанализировать специфику взаимодействия ароматического лиганда с одноцепочечной ДНК. Рассмотрены различные схемы комплексообразования, определены равновесные константы и предельные значения химических сдвигов протонов бромистого этидия в комплексах. Сделан анализ относительного содержания комплексов различного типа и выявлены особенности динамического равновесия в зависимости от соотношения концентраций красителя и тетрануклеотида. На основе полученных данных сделан вывод о существовании сиквенс-специфичности связывания бромистого этидия с одноцепочечной нуклеотидной последовательностью. По расчетным значениям индуцированных химических сдвигов протонов красителя построены наиболее вероятные структуры комплексов 1:1 бромистого этидия с одиночной нитью дезокситетрануклеотида, соответствующие двум возможным типам встраивания красителя между основаниями цитозина и гуанина – с диаметрально противоположных сторон фенантридинового хромофора.