Genetic and epigenetic alterations of human chromosome 3, investigated by NotI-microarrays in seven types of epithelial cancers

Genetic and epigenetic alterations of human chromosome 3, investigated by NotI-microarrays in seven types of epithelial cancers

Aim. To identify common and specific genetic/epigenetic changes of human chromosome 3, using the data of NotI-microarrays in seven types of epithelial cancers. Methods. We used descriptive statistics for the comparative analysis of NotI-microarray data from seven types of epithelial cancers. Results...

Повний опис

Збережено в:
Бібліографічні деталі
Дата:2018
Автори: Gerashchenko, G.V., Gordiyuk, V.V., Kashuba, V.I.
Формат: Стаття
Мова:English
Опубліковано: 2018
Назва видання:Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
Теми:
Genomics, Transcriptomics and Proteomics
Онлайн доступ:http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/154277
Теги: Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
Назва журналу:Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
Цитувати:Genetic and epigenetic alterations of human chromosome 3, investigated by NotI-microarrays in seven types of epithelial cancers / G.V. Gerashchenko, V.V. Gordiyuk, V.I. Kashuba // Вiopolymers and Cell. — 2018. — Т. 34, № 4. — С. 303-312. — Бібліогр.: 37 назв. — англ.

Репозитарії

Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
id irk-123456789-154277
record_format dspace
institution Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
collection DSpace DC
language English
topic Genomics, Transcriptomics and Proteomics
Genomics, Transcriptomics and Proteomics
spellingShingle Genomics, Transcriptomics and Proteomics
Genomics, Transcriptomics and Proteomics
Gerashchenko, G.V.
Gordiyuk, V.V.
Kashuba, V.I.
Genetic and epigenetic alterations of human chromosome 3, investigated by NotI-microarrays in seven types of epithelial cancers
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
description Aim. To identify common and specific genetic/epigenetic changes of human chromosome 3, using the data of NotI-microarrays in seven types of epithelial cancers. Methods. We used descriptive statistics for the comparative analysis of NotI-microarray data from seven types of epithelial cancers. Results. The analysis of the NotI-microarrays showed significant changes (deletion or methylation) in 74 genes/loci in seven different epithelial cancers, namely colorectal, ovarian, renal, lung, breast, cervical and prostate. Five genes from the 3p14-3p24 region (FOXP1, LRRC3B, NKiRAS1, RBSP3, ZIC4) were altered in all cancer types. For fifteen genes, deletion/methylation was found in a majority of tumors. For example, ITGA9, GORASP1, IQSEC1, CGGBP1, NBEAL2 and VHL are localized in the 3p12-3p26 region; PPP2R3A, FGF12, ALDH1L1, GATA2 and PLCL2 are localized the 3q13-3q28 region. Twenty-two genes out of 74 studied showed alterations specific for a single type of tumor. The largest number, 13 genes/loci was found in the prostate cancer. This suggests specific mechanisms of prostate cancer development. Conclusions. NotI-microarrays for human chromosome 3 allowed to identify several common genetic/epigenetic alterations and also tumor-specific changes in seven types of epithelial cancer.
format Article
author Gerashchenko, G.V.
Gordiyuk, V.V.
Kashuba, V.I.
author_facet Gerashchenko, G.V.
Gordiyuk, V.V.
Kashuba, V.I.
author_sort Gerashchenko, G.V.
title Genetic and epigenetic alterations of human chromosome 3, investigated by NotI-microarrays in seven types of epithelial cancers
title_short Genetic and epigenetic alterations of human chromosome 3, investigated by NotI-microarrays in seven types of epithelial cancers
title_full Genetic and epigenetic alterations of human chromosome 3, investigated by NotI-microarrays in seven types of epithelial cancers
title_fullStr Genetic and epigenetic alterations of human chromosome 3, investigated by NotI-microarrays in seven types of epithelial cancers
title_full_unstemmed Genetic and epigenetic alterations of human chromosome 3, investigated by NotI-microarrays in seven types of epithelial cancers
title_sort genetic and epigenetic alterations of human chromosome 3, investigated by noti-microarrays in seven types of epithelial cancers
publishDate 2018
topic_facet Genomics, Transcriptomics and Proteomics
url http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/154277
citation_txt Genetic and epigenetic alterations of human chromosome 3, investigated by NotI-microarrays in seven types of epithelial cancers / G.V. Gerashchenko, V.V. Gordiyuk, V.I. Kashuba // Вiopolymers and Cell. — 2018. — Т. 34, № 4. — С. 303-312. — Бібліогр.: 37 назв. — англ.
series Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
work_keys_str_mv AT gerashchenkogv geneticandepigeneticalterationsofhumanchromosome3investigatedbynotimicroarraysinseventypesofepithelialcancers
AT gordiyukvv geneticandepigeneticalterationsofhumanchromosome3investigatedbynotimicroarraysinseventypesofepithelialcancers
AT kashubavi geneticandepigeneticalterationsofhumanchromosome3investigatedbynotimicroarraysinseventypesofepithelialcancers
first_indexed 2023-05-20T17:44:05Z
last_indexed 2023-05-20T17:44:05Z
_version_ 1796153973588099072
spelling irk-123456789-1542772019-07-07T12:23:21Z Genetic and epigenetic alterations of human chromosome 3, investigated by NotI-microarrays in seven types of epithelial cancers Gerashchenko, G.V. Gordiyuk, V.V. Kashuba, V.I. Genomics, Transcriptomics and Proteomics Aim. To identify common and specific genetic/epigenetic changes of human chromosome 3, using the data of NotI-microarrays in seven types of epithelial cancers. Methods. We used descriptive statistics for the comparative analysis of NotI-microarray data from seven types of epithelial cancers. Results. The analysis of the NotI-microarrays showed significant changes (deletion or methylation) in 74 genes/loci in seven different epithelial cancers, namely colorectal, ovarian, renal, lung, breast, cervical and prostate. Five genes from the 3p14-3p24 region (FOXP1, LRRC3B, NKiRAS1, RBSP3, ZIC4) were altered in all cancer types. For fifteen genes, deletion/methylation was found in a majority of tumors. For example, ITGA9, GORASP1, IQSEC1, CGGBP1, NBEAL2 and VHL are localized in the 3p12-3p26 region; PPP2R3A, FGF12, ALDH1L1, GATA2 and PLCL2 are localized the 3q13-3q28 region. Twenty-two genes out of 74 studied showed alterations specific for a single type of tumor. The largest number, 13 genes/loci was found in the prostate cancer. This suggests specific mechanisms of prostate cancer development. Conclusions. NotI-microarrays for human chromosome 3 allowed to identify several common genetic/epigenetic alterations and also tumor-specific changes in seven types of epithelial cancer. Мета. Знайти загальні та специфічні генетичні / епігенетичні зміни хромосоми людини 3, за допомогою NotI-мікропанелей у епітеліальних новоутвореннях семи різних локалізацій. Методи. Було використано методи дескриптивної статистики для порівняльного аналізу даних NotI-мікропанелей у семи локалізаціях злоякісних пухлин. Результати. Порівняльний аналіз даних NotI-мікропанелей показав значні зміни / метилування 74 генів / локусів у семи локалізаціях раку (товстої кишки, яєчників, нирок, легенів, молочних залоз, шийки матки, передміхурової залози). П’ять генів мають зміни у всіх 7 типах раку (FOXP1, LRRC3B, NKiRAS1, RBSP3, ZIC4). Вони були в основному з 3p14-3p24 регіону. П’ятнадцять генів мають делецію / метилювання в 6 та 5 локалізаціях раку. Серед них гени/локуси розташовані приблизно у 3p12-3p26 регіоні (ITGA9, GORASP1, IQSEC1, CGGBP1, NBEAL2, VHL), 3q13-3q28 регіоні (PPP2R3A, FGF12, ALDH1L1, GATA2, PLCL2). Двадцять два гени з 74 мають зміни тільки в одній локалізації раку. Переважна кількість їх (13 генів / локусів) зустрічається для раку передміхурової залози. Це може свідчити про специфічні механізми канцерогенезу передміхурової залози, які відрізняються від інших локалізацій. Висновки. Аналіз та узагальнення даних NotI- мікропанелей хромосоми 3 людини показали, як кілька загальних змін раку серед семи локалізацій раку, так і деякі специфічні пухлинні зміни, які могли б характеризувати особливі канцерогенезу певного виду пухлин. Цель. Установить общие и специфичные для опухолей генетические / эпигенетические изменения хромосомы 3 человека с помощью NotI-микропанелей в эпителиальных новобразованиях при семи различных локализациях. Методы. Были использованы методы дескриптивной статистики для сравнительного анализа данных NotI-микропанелей в семи локализациях злокачественых опухолей. Результаты. Анализ NotI-микропанелей показал значительные изменения делеции / метилирования 74 генов / локусов в семи локализациях рака (толстой кишки, яичника, почек, легких, груди, шейки матки, предстательной железы). Пять генов имеют изменения во всех 7 типах рака (FOXP1, LRRC3B, NKiRAS1, RBSP3, ZIC4). Они были в основном из региона 3p14-3p24. Пятнадцать генов имеют делецию / метилирование в 6 и 5 локализациях рака. Среди них есть в регионе 3p12-3p26 (ITGA9, GORASP1, IQSEC1, CGGBP1, NBEAL2, VHL), в пределах 3q13-3q28 региона (PPP2R3A, FGF12, ALDH1L1, GATA2, PLCL2). Двадцать два гена из 74 имеют изменения только в одной локализации рака. Преобладающее число из них (13 генов / локусов) обнаружено для рака предстательной железы. Это может указывать на конкретные механизмы канцерогенеза предстательной железы, которые отличаются от других локализаций. Выводы. Анализ и обобщение данных NotI-микропанели хромосомы человека 3 показало, что несколько распространенных изменений рака среди семи локализаций рака, как несколько изменений в опухоли, которые могут характеризовать его особые канцерогенные признаки.Ключевые слова: NotI-микропанели, рак толстой кишки, рак яичников, рак почки, рак легких, рак шейки матки, рак молочной железы, рак предстательной железы, гены-супрессоры роста опухолей, метилирование, делеция, хромосома 3 человека. 2018 Article Genetic and epigenetic alterations of human chromosome 3, investigated by NotI-microarrays in seven types of epithelial cancers / G.V. Gerashchenko, V.V. Gordiyuk, V.I. Kashuba // Вiopolymers and Cell. — 2018. — Т. 34, № 4. — С. 303-312. — Бібліогр.: 37 назв. — англ. 0233-7657 DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.000983 http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/154277 577.218+616.65 en Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Вiopolymers and Cell

Схожі ресурси