DNA loop organization in glioblastoma T98G cells at their different functional states

The loop domain organization of chromatin, which plays an important role in transcription regulation, may depend on the cell functional state. Aim. To investigate DNA loop reorganization upon functional transitions in the glioblastoma T98G cells. Methods. Single cell gel electrophoresis (a comet ass...

Повний опис

Збережено в:

Бібліографічні деталі
Дата:	2018
Автори:	Afanasieva, K.S., Semenova, A.Y., Lukash, L.L., Sivolob, A.V.
Формат:	Стаття
Мова:	English
Опубліковано:	Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 2018
Назва видання:	Вiopolymers and Cell
Теми:	Structure and Function of Biopolymers
Онлайн доступ:	http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/154372
Теги:	Додати тег Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
Назва журналу:	Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
Цитувати:	DNA loop organization in glioblastoma T98G cells at their different functional states / K.S. Afanasieva, A.Y. Semenova, L.L. Lukash, A.V. Sivolob // Вiopolymers and Cell. — 2018. — Т. 34, № 6. — С. 426-434. — Бібліогр.: 22 назв. — англ.

Репозиторії

Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine

id	irk-123456789-154372
record_format	dspace
spelling	irk-123456789-1543722019-07-07T12:43:34Z DNA loop organization in glioblastoma T98G cells at their different functional states Afanasieva, K.S. Semenova, A.Y. Lukash, L.L. Sivolob, A.V. Structure and Function of Biopolymers The loop domain organization of chromatin, which plays an important role in transcription regulation, may depend on the cell functional state. Aim. To investigate DNA loop reorganization upon functional transitions in the glioblastoma T98G cells. Methods. Single cell gel electrophoresis (a comet assay) was used to analyze the kinetics of the DNA loop migration from the nucleoids obtained from the lysed cells. Results. The cells arrested in the G1 phase of the cell cycle were characterized by a relatively low amount of DNA in the comet tails due to a low content of DNA in the loops which may be resolved by the comet assay (up to ~300 kb). After cell reactivation, the contour length of the loops essentially increased in parallel with a decrease in the linear loop density along the genome. Conclusions. An increase in the loop size and a respective decrease in the loop density may be a general feature of activated cells as we earlier observed similar effects upon activation of human lymphocytes. Організація петельних доменів хроматину, яка відіграє важливу роль у регуляції транскрипції, напевно може залежати від функціонального стану клітини. Мета. Дослідити можливу реорганізацію петель ДНК при функціональних переходах у гліобластомних клітинах T98G. Методи. Ми застосовували метод електрофорезу ДНК ізольованих клітин (кометний електрофорез) для аналізу кінетики міграції петель ДНК з нуклеоїдів, отриманих з лізованих клітин. Результати. Клітини, заарештовані на фазі G1 клітинного циклу, характеризуються порівняно низьким вмістом ДНК у хвостах комет внаслідок низького вмісту ДНК у складі петель, що знаходяться у межах роздільної здатності кометного електрофорезу (до ~300 кб). Після реактивації клітин контурна довжина петель суттєво зростає, паралельно зі зниженням лінійної щільності петель уздовж геному. Висновки. Оскільки подібні ефекти спостерігались нами раніше для активованих лімфоцитів, ми робимо висновок, що зростання розміру петель та відповідне зниження їхньої лінійної щільності може бути загальною характеристикою активованих клітин. Организация петельных доменов хроматина, играющая важную роль в регуляции транскрипции, предположительно может зависеть от функционального состояния клетки. Цель. Исследовать возможной реорганизации петель ДНК при функциональных переходах в глиобластомных клетках T98G. Методы. Мы использовали электрофорез ДНК изолированных клеток (кометный электрофорез) для анализа кинетики миграции петель ДНК из нуклеоидов, полученных из лизированных клеток. Результаты. Клетки, арестованные на фазе G1 клеточного цикла, характеризуются сравнительно низким содержанием ДНК в хвостах комет из-за низкого содержания ДНК в составе петель, которые находятся в пределах разрешающей способности кометного электрофореза (до ~300 кб). После реактивации клеток контурная длина петель существенно возрастает, параллельно со снижением линейной плотности петель вдоль генома. Выводы. Поскольку аналогичные эффекты наблюдались нами ранее для активированных лимфоцитов, мы заключили, что возрастание размера петель и соответствующее снижение их линейной плотности может быть общей характеристикой активированных клеток. 2018 Article DNA loop organization in glioblastoma T98G cells at their different functional states / K.S. Afanasieva, A.Y. Semenova, L.L. Lukash, A.V. Sivolob // Вiopolymers and Cell. — 2018. — Т. 34, № 6. — С. 426-434. — Бібліогр.: 22 назв. — англ. 0233-7657 DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.00098D http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/154372 577.323:576.08 en Вiopolymers and Cell Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
institution	Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
collection	DSpace DC
language	English
topic	Structure and Function of Biopolymers Structure and Function of Biopolymers
spellingShingle	Structure and Function of Biopolymers Structure and Function of Biopolymers Afanasieva, K.S. Semenova, A.Y. Lukash, L.L. Sivolob, A.V. DNA loop organization in glioblastoma T98G cells at their different functional states Вiopolymers and Cell
description	The loop domain organization of chromatin, which plays an important role in transcription regulation, may depend on the cell functional state. Aim. To investigate DNA loop reorganization upon functional transitions in the glioblastoma T98G cells. Methods. Single cell gel electrophoresis (a comet assay) was used to analyze the kinetics of the DNA loop migration from the nucleoids obtained from the lysed cells. Results. The cells arrested in the G1 phase of the cell cycle were characterized by a relatively low amount of DNA in the comet tails due to a low content of DNA in the loops which may be resolved by the comet assay (up to ~300 kb). After cell reactivation, the contour length of the loops essentially increased in parallel with a decrease in the linear loop density along the genome. Conclusions. An increase in the loop size and a respective decrease in the loop density may be a general feature of activated cells as we earlier observed similar effects upon activation of human lymphocytes.
format	Article
author	Afanasieva, K.S. Semenova, A.Y. Lukash, L.L. Sivolob, A.V.
author_facet	Afanasieva, K.S. Semenova, A.Y. Lukash, L.L. Sivolob, A.V.
author_sort	Afanasieva, K.S.
title	DNA loop organization in glioblastoma T98G cells at their different functional states
title_short	DNA loop organization in glioblastoma T98G cells at their different functional states
title_full	DNA loop organization in glioblastoma T98G cells at their different functional states
title_fullStr	DNA loop organization in glioblastoma T98G cells at their different functional states
title_full_unstemmed	DNA loop organization in glioblastoma T98G cells at their different functional states
title_sort	dna loop organization in glioblastoma t98g cells at their different functional states
publisher	Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
publishDate	2018
topic_facet	Structure and Function of Biopolymers
url	http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/154372
citation_txt	DNA loop organization in glioblastoma T98G cells at their different functional states / K.S. Afanasieva, A.Y. Semenova, L.L. Lukash, A.V. Sivolob // Вiopolymers and Cell. — 2018. — Т. 34, № 6. — С. 426-434. — Бібліогр.: 22 назв. — англ.
series	Вiopolymers and Cell
work_keys_str_mv	AT afanasievaks dnalooporganizationinglioblastomat98gcellsattheirdifferentfunctionalstates AT semenovaay dnalooporganizationinglioblastomat98gcellsattheirdifferentfunctionalstates AT lukashll dnalooporganizationinglioblastomat98gcellsattheirdifferentfunctionalstates AT sivolobav dnalooporganizationinglioblastomat98gcellsattheirdifferentfunctionalstates
first_indexed	2023-05-20T17:44:21Z
last_indexed	2023-05-20T17:44:21Z
_version_	1796153977448955904

DNA loop organization in glioblastoma T98G cells at their different functional states

Репозиторії

Схожі ресурси