Изучение белково-нуклеинового узнавания: моделирование комплексов оснований и «модельных» аминокислот в ДМСО методом Монте-Карло

• Видавець: Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
• Дата: 1997
• Автори: Данилов, В.И., Михалева, О.В., Слюсарчук, О.Н., Полтев, В.И., Альдерфер, Д.Л.
• Формат: Стаття
• Мова: Russian
• Опубліковано: Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 1997
• Назва видання: Биополимеры и клетка
• Теми: Структура и функции биополимеров
• Онлайн доступ: http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/155180
• Цитувати: Изучение белково-нуклеинового узнавания: моделирование комплексов оснований и «модельных» аминокислот в ДМСО методом Монте-Карло / В.И. Данилов, О.В. Михалева, О.Н. Слюсарчук, В.И. Полтев, Д.Л. Альдерфер // Биополимеры и клетка. — 1997. — Т. 13, № 3. — С. 177-184. — Бібліогр.: 21 назв. — рос.

Проведено компьютерное моделирование сольватации гуанина (G), цитозина (С), пары оснований G-C, протонированного С (СН+), уксусной кислоты в нейтральной (АсОН) и депротонированной формах (АсО–), комплексов G – АсО– , С – АсОН, СH+ – АсО– в ДМСО методом Монте-Карло. Показано, что образование пары оснований G-C в ДМСО энергетически выгодно. Образование комплекса. G – АсО– сравнимо по энергетической выгодности с образованием пары оснований G-C. В этом случае анион ацетата может замещать С в паре оснований G-C. Образование комплекса С – АсОН намного менее выгодно, чем образование пары G-C. Однако перенос протона с АсОН на С приводит к образованию комгыекса СН+ – АсО– , который намного более выгоден по сравнению со всеми изученными комплексами. Здесь уксусная кислота может замеищть G в паре оснований G-Образование специфических комплексов G –АсО– и СН+ – АсО–, обнаруженных в ДМСО при помощи эксперимента и теории, является конкурирующим процессом относительно образования пар оснований G-C и может служить первым шагом в реальном механизме белково-нуклеинового узнавания.