Изучение белково-нуклеинового узнавания: моделирование комплексов оснований и «модельных» аминокислот в ДМСО методом Монте-Карло

Изучение белково-нуклеинового узнавания: моделирование комплексов оснований и «модельных» аминокислот в ДМСО методом Монте-Карло

Проведено компьютерное моделирование сольватации гуанина (G), цитозина (С), пары оснований G-C, протонированного С (СН+), уксусной кислоты в нейтральной (АсОН) и депротонированной формах (АсО–), комплексов G – АсО– , С – АсОН, СH+ – АсО– в ДМСО методом Монте-Карло. Показано, что образование пары осн...

Повний опис

Збережено в:
Бібліографічні деталі
Видавець:Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
Дата:1997
Автори: Данилов, В.И., Михалева, О.В., Слюсарчук, О.Н., Полтев, В.И., Альдерфер, Д.Л.
Формат: Стаття
Мова:Russian
Опубліковано: Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 1997
Назва видання:Биополимеры и клетка
Теми:
Структура и функции биополимеров
Онлайн доступ:http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/155180
Теги: Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
Цитувати:Изучение белково-нуклеинового узнавания: моделирование комплексов оснований и «модельных» аминокислот в ДМСО методом Монте-Карло / В.И. Данилов, О.В. Михалева, О.Н. Слюсарчук, В.И. Полтев, Д.Л. Альдерфер // Биополимеры и клетка. — 1997. — Т. 13, № 3. — С. 177-184. — Бібліогр.: 21 назв. — рос.

Репозиторії

Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
id irk-123456789-155180
record_format dspace
spelling irk-123456789-1551802019-06-17T01:27:19Z Изучение белково-нуклеинового узнавания: моделирование комплексов оснований и «модельных» аминокислот в ДМСО методом Монте-Карло Данилов, В.И. Михалева, О.В. Слюсарчук, О.Н. Полтев, В.И. Альдерфер, Д.Л. Структура и функции биополимеров Проведено компьютерное моделирование сольватации гуанина (G), цитозина (С), пары оснований G-C, протонированного С (СН+), уксусной кислоты в нейтральной (АсОН) и депротонированной формах (АсО–), комплексов G – АсО– , С – АсОН, СH+ – АсО– в ДМСО методом Монте-Карло. Показано, что образование пары оснований G-C в ДМСО энергетически выгодно. Образование комплекса. G – АсО– сравнимо по энергетической выгодности с образованием пары оснований G-C. В этом случае анион ацетата может замещать С в паре оснований G-C. Образование комплекса С – АсОН намного менее выгодно, чем образование пары G-C. Однако перенос протона с АсОН на С приводит к образованию комгыекса СН+ – АсО– , который намного более выгоден по сравнению со всеми изученными комплексами. Здесь уксусная кислота может замеищть G в паре оснований G-Образование специфических комплексов G –АсО– и СН+ – АсО–, обнаруженных в ДМСО при помощи эксперимента и теории, является конкурирующим процессом относительно образования пар оснований G-C и может служить первым шагом в реальном механизме белково-нуклеинового узнавания. Проведено комп'ютерне моделювання, сольватації гуаніну (G), цитозину (С), пари основ G-C, протонованого С (СН+ ) , оцтової кислоти у нейтральній (АсОН) та депротонованій формах (АсО– ) , комплексів G – АсО– , С – АсОН, СН – АсО– у ДМСО методом Монте-Карло. Показано, шр утворення пари основ G-С у ДМСО енергетично вигідне. Утворення комплексу G – АсО– порівнянне за енергетичною вигідністю з утворенням пари основ G-C. У цьому випадку аніон ацетату може заміщати С у парі основ G-C. Утворення комплексу С – АсОН значно менш вигідно, ніж утворення пари G-C. Однак перенос протона з АсОН на С веде до утворення, комплексу СН+ – АсО– , який, значно вигідніший, ніж усі вивчені комплек­си. Тут оцтова кислота, може заміщати G у парі основ G-C. Утворення специфічних комплексів G – АсО– та СН+ – АсО– , знайдених у ДМСО за допомогою експерименту і теорії, є конкуруючим, процесом щодо утворення пар основ G-C і може слугувати першим, кроком у реальному механізмові білково- нуклеїнового вп ізнавання. A computer simulation of gamine (G), cytosine (C), G–C base pair, protoned C (CH+ ), acetic acid in neutral (AcOH) and dcprotoned (AcO– ) forms, G–AcO– , C–AcOH, CH+ –AcO– complexes salvation in DMSO was carried out by Monte Carlo method. It is shown that G–C base pair formation in DMSO is energetically favorable. G–AcO– complex formation is comparable with the formation of G–C base pair in energetical favorability. In this case acetate union can replace C in G–C base pair. The formation of C–AcOH complex is much less favorable than the formation of G–C pair. However proton transfer from AcOH to C leads to the formation of CH+ -AcOH complex which is much more favorable than all of the complexes studied. Here acetic acid can replace G in G–C base pair. The formation of G-AcO– and CH+–AcO– specific complexes detected in DMSO with the help of experiment and theory is a competitive process in respect to the formation of G-C base pairs and can be considered the primary step in the real mechanism of protein-nucleic acid recognition. 1997 Article Изучение белково-нуклеинового узнавания: моделирование комплексов оснований и «модельных» аминокислот в ДМСО методом Монте-Карло / В.И. Данилов, О.В. Михалева, О.Н. Слюсарчук, В.И. Полтев, Д.Л. Альдерфер // Биополимеры и клетка. — 1997. — Т. 13, № 3. — С. 177-184. — Бібліогр.: 21 назв. — рос. 0233-7657 DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.00047B http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/155180 577.2:577.323.425:577.323.427 ru Биополимеры и клетка Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
institution Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
collection DSpace DC
language Russian
topic Структура и функции биополимеров
Структура и функции биополимеров
spellingShingle Структура и функции биополимеров
Структура и функции биополимеров
Данилов, В.И.
Михалева, О.В.
Слюсарчук, О.Н.
Полтев, В.И.
Альдерфер, Д.Л.
Изучение белково-нуклеинового узнавания: моделирование комплексов оснований и «модельных» аминокислот в ДМСО методом Монте-Карло
Биополимеры и клетка
description Проведено компьютерное моделирование сольватации гуанина (G), цитозина (С), пары оснований G-C, протонированного С (СН+), уксусной кислоты в нейтральной (АсОН) и депротонированной формах (АсО–), комплексов G – АсО– , С – АсОН, СH+ – АсО– в ДМСО методом Монте-Карло. Показано, что образование пары оснований G-C в ДМСО энергетически выгодно. Образование комплекса. G – АсО– сравнимо по энергетической выгодности с образованием пары оснований G-C. В этом случае анион ацетата может замещать С в паре оснований G-C. Образование комплекса С – АсОН намного менее выгодно, чем образование пары G-C. Однако перенос протона с АсОН на С приводит к образованию комгыекса СН+ – АсО– , который намного более выгоден по сравнению со всеми изученными комплексами. Здесь уксусная кислота может замеищть G в паре оснований G-Образование специфических комплексов G –АсО– и СН+ – АсО–, обнаруженных в ДМСО при помощи эксперимента и теории, является конкурирующим процессом относительно образования пар оснований G-C и может служить первым шагом в реальном механизме белково-нуклеинового узнавания.
format Article
author Данилов, В.И.
Михалева, О.В.
Слюсарчук, О.Н.
Полтев, В.И.
Альдерфер, Д.Л.
author_facet Данилов, В.И.
Михалева, О.В.
Слюсарчук, О.Н.
Полтев, В.И.
Альдерфер, Д.Л.
author_sort Данилов, В.И.
title Изучение белково-нуклеинового узнавания: моделирование комплексов оснований и «модельных» аминокислот в ДМСО методом Монте-Карло
title_short Изучение белково-нуклеинового узнавания: моделирование комплексов оснований и «модельных» аминокислот в ДМСО методом Монте-Карло
title_full Изучение белково-нуклеинового узнавания: моделирование комплексов оснований и «модельных» аминокислот в ДМСО методом Монте-Карло
title_fullStr Изучение белково-нуклеинового узнавания: моделирование комплексов оснований и «модельных» аминокислот в ДМСО методом Монте-Карло
title_full_unstemmed Изучение белково-нуклеинового узнавания: моделирование комплексов оснований и «модельных» аминокислот в ДМСО методом Монте-Карло
title_sort изучение белково-нуклеинового узнавания: моделирование комплексов оснований и «модельных» аминокислот в дмсо методом монте-карло
publisher Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
publishDate 1997
topic_facet Структура и функции биополимеров
url http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/155180
citation_txt Изучение белково-нуклеинового узнавания: моделирование комплексов оснований и «модельных» аминокислот в ДМСО методом Монте-Карло / В.И. Данилов, О.В. Михалева, О.Н. Слюсарчук, В.И. Полтев, Д.Л. Альдерфер // Биополимеры и клетка. — 1997. — Т. 13, № 3. — С. 177-184. — Бібліогр.: 21 назв. — рос.
series Биополимеры и клетка
work_keys_str_mv AT danilovvi izučeniebelkovonukleinovogouznavaniâmodelirovaniekompleksovosnovanijimodelʹnyhaminokislotvdmsometodommontekarlo
AT mihalevaov izučeniebelkovonukleinovogouznavaniâmodelirovaniekompleksovosnovanijimodelʹnyhaminokislotvdmsometodommontekarlo
AT slûsarčukon izučeniebelkovonukleinovogouznavaniâmodelirovaniekompleksovosnovanijimodelʹnyhaminokislotvdmsometodommontekarlo
AT poltevvi izučeniebelkovonukleinovogouznavaniâmodelirovaniekompleksovosnovanijimodelʹnyhaminokislotvdmsometodommontekarlo
AT alʹderferdl izučeniebelkovonukleinovogouznavaniâmodelirovaniekompleksovosnovanijimodelʹnyhaminokislotvdmsometodommontekarlo
first_indexed 2023-05-20T17:46:13Z
last_indexed 2023-05-20T17:46:13Z
_version_ 1796154050277801984

Схожі ресурси