Компьютерное моделирование иммунореактивной конформации иммунодоминантного эпитопа HIV-RF

• Видавець: Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
• Дата: 2005
• Автори: Андрианов, А.М., Соколов, Ю.А.
• Формат: Стаття
• Мова: Russian
• Опубліковано: Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 2005
• Назва видання: Біополімери і клітина
• Теми: Біоорганічна хімія
• Онлайн доступ: http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/155235
• Цитувати: Компьютерное моделирование иммунореактивной конформации иммунодоминантного эпитопа HIV-RF / А.М. Андрианов, Ю.А. Соколов // Біополімери і клітина. — 2005. — Т. 21, № 2. — С. 165-173. — Бібліогр.: 37 назв. — рос.

С помощью предложенного ранее расчетно-теоретического метода построена модель простран­ственной структуры иммунодоминантного эпитопа (ИДЭ) HIV-RF, согласующаяся с данными спектроскопии ЯМР. Установлено, что главный иммуногенный участок вируса образует в водном растворе доминирующую структуру, в которой инверсный γ-изгиб на участке Gly-Pro-Gly преобразуется в нестандартный β-поворот IV (Gly-Arg-Val-Ile). Показано, что лучшая по энергии конформация ИДЭ HIV-RF подобна структуре, обнаруженной в кристалле в комплексе пептидного антигена с Fab-фрагментом антитела 58.2. На основе сравнительного анализа трехмерных структур ИДЭ в вирионах HIV-RF, HIV-Thailand и HIV-MN сделан вывод о том, что исследуемый участок белка gp120 формирует в трех субтипах вируса подобные пространственные формы основной цепи, реализующиеся из разных локальных минимумов входящих в его состав аминокис­лотных остатков.