Компьютерное моделирование иммунореактивной конформации иммунодоминантного эпитопа HIV-RF
С помощью предложенного ранее расчетно-теоретического метода построена модель пространственной структуры иммунодоминантного эпитопа (ИДЭ) HIV-RF, согласующаяся с данными спектроскопии ЯМР. Установлено, что главный иммуногенный участок вируса образует в водном растворе доминирующую структуру, в кото...
Збережено в:
| Видавець: | Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
|---|---|
| Дата: | 2005 |
| Автори: | , |
| Формат: | Стаття |
| Мова: | Russian |
| Опубліковано: |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
2005
|
| Назва видання: | Біополімери і клітина |
| Теми: | |
| Онлайн доступ: | http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/155235 |
| Теги: |
Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
|
| Цитувати: | Компьютерное моделирование иммунореактивной конформации иммунодоминантного эпитопа HIV-RF / А.М. Андрианов, Ю.А. Соколов // Біополімери і клітина. — 2005. — Т. 21, № 2. — С. 165-173. — Бібліогр.: 37 назв. — рос. |
Репозиторії
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| id |
irk-123456789-155235 |
|---|---|
| record_format |
dspace |
| spelling |
irk-123456789-1552352019-07-06T16:17:54Z Компьютерное моделирование иммунореактивной конформации иммунодоминантного эпитопа HIV-RF Андрианов, А.М. Соколов, Ю.А. Біоорганічна хімія С помощью предложенного ранее расчетно-теоретического метода построена модель пространственной структуры иммунодоминантного эпитопа (ИДЭ) HIV-RF, согласующаяся с данными спектроскопии ЯМР. Установлено, что главный иммуногенный участок вируса образует в водном растворе доминирующую структуру, в которой инверсный γ-изгиб на участке Gly-Pro-Gly преобразуется в нестандартный β-поворот IV (Gly-Arg-Val-Ile). Показано, что лучшая по энергии конформация ИДЭ HIV-RF подобна структуре, обнаруженной в кристалле в комплексе пептидного антигена с Fab-фрагментом антитела 58.2. На основе сравнительного анализа трехмерных структур ИДЭ в вирионах HIV-RF, HIV-Thailand и HIV-MN сделан вывод о том, что исследуемый участок белка gp120 формирует в трех субтипах вируса подобные пространственные формы основной цепи, реализующиеся из разных локальных минимумов входящих в его состав аминокислотных остатков. За допомогою запропонованого раніше розрахунково-теоретичного методу побудовано модель просторової структури імунодомінантного епітопа (ІДЕ) HIV-RF, яка узгоджується з даними спектроскопії ЯМР. Виявлено, що головна імуногенна ділянка вірусу утворює у водному розчині домінуючу структуру, в якій інверсний γ-згин на ділянці Gly-Pro-Gly перетворюється в нестандартний β-поворот IV (Gly-Arg-Val-Ile). Показано, що краща за енергією конформація ІДЕ HIV-RF подібна до структури, знайденої в кристалі у комплексі пептидного антигену з Fab-фрагментом антитіла 58.2. На основі порівняльного анализу тривимірних структур ІДЕ у віріонах HIV-RF, HIV-Thailand і HIV-MN зроблено висновок стосовно того, що досліджувана ділянка білка gpl20 формує у трьох субтипах вирусу подібні просторові форми основного ланцюга, які реалізуються з різних локальних мінімумів амінокислотних залишків, що входять до його складу. 3D structure for the HIV-RF immunodominant epitope was computed in terms of NMR spectroscopy data using the theoretical procedure including a probabilistic approach in conjunction with the molecular mechanics algorithms and quantum chemical methods. The immunogenic crown of the virus protein gp120 was shown to form in water solution the prevalent conformation in which the inverse γ-turn at the stretch Gly-Pro-Gly is transformed into the non-standard β-turn IV (Gly-Arg-Val-Ile). The best energy conformation of the HIV-RF immunogenic tip was found to be similar to that revealed in crystal for peptide antigen complex with the Fab fragment of antibody 58.2. The following conclusion was drawn from the comparative analysis of simulated structures with the ones computed previously for the HIV-Thailand and HIV-MN isolates: the immunogenic tip of gp120 gives rise to the similar spatial backbone forms in different HIV-1 strains but has some inherent conformational flexibility of its individual amino acid residues. 2005 Article Компьютерное моделирование иммунореактивной конформации иммунодоминантного эпитопа HIV-RF / А.М. Андрианов, Ю.А. Соколов // Біополімери і клітина. — 2005. — Т. 21, № 2. — С. 165-173. — Бібліогр.: 37 назв. — рос. 0233-7657 DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.0006E8 http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/155235 577.322.5:543.25 ru Біополімери і клітина Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
| institution |
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| collection |
DSpace DC |
| language |
Russian |
| topic |
Біоорганічна хімія Біоорганічна хімія |
| spellingShingle |
Біоорганічна хімія Біоорганічна хімія Андрианов, А.М. Соколов, Ю.А. Компьютерное моделирование иммунореактивной конформации иммунодоминантного эпитопа HIV-RF Біополімери і клітина |
| description |
С помощью предложенного ранее расчетно-теоретического метода построена модель пространственной структуры иммунодоминантного эпитопа (ИДЭ) HIV-RF, согласующаяся с данными спектроскопии ЯМР. Установлено, что главный иммуногенный участок вируса образует в водном растворе доминирующую структуру, в которой инверсный γ-изгиб на участке Gly-Pro-Gly преобразуется в нестандартный β-поворот IV (Gly-Arg-Val-Ile). Показано, что лучшая по энергии конформация ИДЭ HIV-RF подобна структуре, обнаруженной в кристалле в комплексе пептидного антигена с Fab-фрагментом антитела 58.2. На основе сравнительного анализа трехмерных структур ИДЭ в вирионах HIV-RF, HIV-Thailand и HIV-MN сделан вывод о том, что исследуемый участок белка gp120 формирует в трех субтипах вируса подобные пространственные формы основной цепи, реализующиеся из разных локальных минимумов входящих в его состав аминокислотных остатков. |
| format |
Article |
| author |
Андрианов, А.М. Соколов, Ю.А. |
| author_facet |
Андрианов, А.М. Соколов, Ю.А. |
| author_sort |
Андрианов, А.М. |
| title |
Компьютерное моделирование иммунореактивной конформации иммунодоминантного эпитопа HIV-RF |
| title_short |
Компьютерное моделирование иммунореактивной конформации иммунодоминантного эпитопа HIV-RF |
| title_full |
Компьютерное моделирование иммунореактивной конформации иммунодоминантного эпитопа HIV-RF |
| title_fullStr |
Компьютерное моделирование иммунореактивной конформации иммунодоминантного эпитопа HIV-RF |
| title_full_unstemmed |
Компьютерное моделирование иммунореактивной конформации иммунодоминантного эпитопа HIV-RF |
| title_sort |
компьютерное моделирование иммунореактивной конформации иммунодоминантного эпитопа hiv-rf |
| publisher |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
| publishDate |
2005 |
| topic_facet |
Біоорганічна хімія |
| url |
http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/155235 |
| citation_txt |
Компьютерное моделирование иммунореактивной конформации иммунодоминантного эпитопа HIV-RF / А.М. Андрианов, Ю.А. Соколов // Біополімери і клітина. — 2005. — Т. 21, № 2. — С. 165-173. — Бібліогр.: 37 назв. — рос. |
| series |
Біополімери і клітина |
| work_keys_str_mv |
AT andrianovam kompʹûternoemodelirovanieimmunoreaktivnojkonformaciiimmunodominantnogoépitopahivrf AT sokolovûa kompʹûternoemodelirovanieimmunoreaktivnojkonformaciiimmunodominantnogoépitopahivrf |
| first_indexed |
2023-05-20T17:46:24Z |
| last_indexed |
2023-05-20T17:46:24Z |
| _version_ |
1796154058978885632 |