Взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. 23. Комп'ютерне моделювання «напівінтеркаляцшної» взаємодії монометинових ціанінових барвників з GCTA.TAGC-фрагментом ДНК

• Дата: 2001
• Автори: Лукашов, С.С., Качковський, Г.О., Ярмолюк, С.М., Мацука, Г.Х.
• Формат: Стаття
• Мова: Ukrainian
• Опубліковано: Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 2001
• Назва видання: Біополімери і клітина
• Теми: Біоорганічна хімія
• Онлайн доступ: http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/155715
• Назва журналу: Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
• Цитувати: Взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. 23. Комп'ютерне моделювання «напівінтеркаляцшної» взаємодії монометинових ціанінових барвників з GCTA.TAGC-фрагментом ДНК / С.С. Лукашов, Г.О. Качковський, С.М. Ярмолюк, Г.Х. Мацука // Біополімери і клітина. — 2001. — Т. 17, № 4. — С. 331-336. — Бібліогр.: 8 назв. — укр.

Для шести пирилиевых и пиридиновых монометиновых циани­новых красителей осуществлено компьютерное моделирование ДНК-комплексов с использованием методов ММ+, AMBER, РМЗ и CNDO/2 пакета программ Hyperchem 5.0. Оптимизи­рована геометрия комплексов, для красителей в свободном состоянии и в комплексах рассчитано распределение заряда для основного (S0) и возбужденного (St) состояний, а также потенциальные энергии вращения гетероостатков вокруг свя­зей метановой группы. Полученная величина энергии образова­ния комплексов коррелирует со значениями интенсивностей флюоресценции красителей в присутствии ДНК Рассчитан­ные изменения распределения электронной плотности в моле­кулах красителей при образовании комплексов с ДНК расхо­дятся с наблюдаемыми изменениями стоксовых сдвигов. Зна­чения потенциальных энергий вращения указывают на то, что при образовании ДНК-комплекса жесткость фиксации молеку­лы красителя значительно возрастает.