Взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. 23. Комп'ютерне моделювання «напівінтеркаляцшної» взаємодії монометинових ціанінових барвників з GCTA.TAGC-фрагментом ДНК

Взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. 23. Комп'ютерне моделювання «напівінтеркаляцшної» взаємодії монометинових ціанінових барвників з GCTA.TAGC-фрагментом ДНК

Для шести пирилиевых и пиридиновых монометиновых циани­новых красителей осуществлено компьютерное моделирование ДНК-комплексов с использованием методов ММ+, AMBER, РМЗ и CNDO/2 пакета программ Hyperchem 5.0. Оптимизи­рована геометрия комплексов, для красителей в свободном состоянии и в комплексах ра...

Повний опис

Збережено в:
Бібліографічні деталі
Дата:2001
Автори: Лукашов, С.С., Качковський, Г.О., Ярмолюк, С.М., Мацука, Г.Х.
Формат: Стаття
Мова:Ukrainian
Опубліковано: Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 2001
Назва видання:Біополімери і клітина
Теми:
Біоорганічна хімія
Онлайн доступ:http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/155715
Теги: Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
Назва журналу:Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
Цитувати:Взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. 23. Комп'ютерне моделювання «напівінтеркаляцшної» взаємодії монометинових ціанінових барвників з GCTA.TAGC-фрагментом ДНК / С.С. Лукашов, Г.О. Качковський, С.М. Ярмолюк, Г.Х. Мацука // Біополімери і клітина. — 2001. — Т. 17, № 4. — С. 331-336. — Бібліогр.: 8 назв. — укр.

Репозитарії

Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
id irk-123456789-155715
record_format dspace
spelling irk-123456789-1557152019-06-18T01:25:55Z Взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. 23. Комп'ютерне моделювання «напівінтеркаляцшної» взаємодії монометинових ціанінових барвників з GCTA.TAGC-фрагментом ДНК Лукашов, С.С. Качковський, Г.О. Ярмолюк, С.М. Мацука, Г.Х. Біоорганічна хімія Для шести пирилиевых и пиридиновых монометиновых циани­новых красителей осуществлено компьютерное моделирование ДНК-комплексов с использованием методов ММ+, AMBER, РМЗ и CNDO/2 пакета программ Hyperchem 5.0. Оптимизи­рована геометрия комплексов, для красителей в свободном состоянии и в комплексах рассчитано распределение заряда для основного (S0) и возбужденного (St) состояний, а также потенциальные энергии вращения гетероостатков вокруг свя­зей метановой группы. Полученная величина энергии образова­ния комплексов коррелирует со значениями интенсивностей флюоресценции красителей в присутствии ДНК Рассчитан­ные изменения распределения электронной плотности в моле­кулах красителей при образовании комплексов с ДНК расхо­дятся с наблюдаемыми изменениями стоксовых сдвигов. Зна­чения потенциальных энергий вращения указывают на то, что при образовании ДНК-комплекса жесткость фиксации молеку­лы красителя значительно возрастает. Проведено комп'ютерне моделювання ДНК-комплексів шести пірилієвих і піридинових мономети­ нових ціанінових барвників з використанням методів ММ+, AMBER, РМЗ і CNDO/2 з пакету програм Hyperchem 5.0. Комплекси у відповідності з раніше отриманими нами експериментальни­ми даними побудовано згідно з моделлю «напівінтеркаляції» так, що інтеркалювало лише бензотіазолове ядро. Після оптимізації геометрії така структура комплексів зберігається. Для барвників у вільному стані і в комплексах розраховано розподіл заряду для основного (So) і збудженого (Si) станів та визначено потенціальні енергії повертання гетерозалишклів навколо зв'язків метинової групи. Величина енергії комплексів корелює із значеннями інтенсивностей флюоресценції барвників у присутності ДНК. Електронна густина на інтеркалюючому ядрі при утворенні комплексів зростає для всіх барвників, окрім Cyan 40. Це протирічить її реальному перерозподілу, який проявляється, зокрема, в змінах стоксових зсувів. Значення потенціальних енергій обертання вказують на те, що при утворенні ДНК-комплексів жорсткість фіксації планарної конформації молекули барвника значно збільшується. Computer simulation of interaction with DNA of six monomethyne cyanine dyes was carried out using MM+, AMBER, PM3 and CNDO/2 methods from Hyperchem 5.0 program packet. Geometry optimization of complexes was carried out, charge density for ground S0 and exited 5] states and potential energies of heterocyeles' rotation around the bonds of methyne group for unbound dyes and dyes in complexes with DNA were calculated. Obtained energies of complexes are in agreement with observed fluorescent intensities of dyes in presence of DNA, Calculated electron density distribution changes in dyes' molecules upon DNA binding diverge with observed Stocks' shift values changes. Rotation potential energy values show that rigidity of fixation of dye's molecule planar conformation increases strongly upon binding to DNA. 2001 Article Взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. 23. Комп'ютерне моделювання «напівінтеркаляцшної» взаємодії монометинових ціанінових барвників з GCTA.TAGC-фрагментом ДНК / С.С. Лукашов, Г.О. Качковський, С.М. Ярмолюк, Г.Х. Мацука // Біополімери і клітина. — 2001. — Т. 17, № 4. — С. 331-336. — Бібліогр.: 8 назв. — укр. 0233-7657 DOI:http://dx.doi.org/10.7124/bc.0005C1 http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/155715 535.372 uk Біополімери і клітина Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
institution Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
collection DSpace DC
language Ukrainian
topic Біоорганічна хімія
Біоорганічна хімія
spellingShingle Біоорганічна хімія
Біоорганічна хімія
Лукашов, С.С.
Качковський, Г.О.
Ярмолюк, С.М.
Мацука, Г.Х.
Взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. 23. Комп'ютерне моделювання «напівінтеркаляцшної» взаємодії монометинових ціанінових барвників з GCTA.TAGC-фрагментом ДНК
Біополімери і клітина
description Для шести пирилиевых и пиридиновых монометиновых циани­новых красителей осуществлено компьютерное моделирование ДНК-комплексов с использованием методов ММ+, AMBER, РМЗ и CNDO/2 пакета программ Hyperchem 5.0. Оптимизи­рована геометрия комплексов, для красителей в свободном состоянии и в комплексах рассчитано распределение заряда для основного (S0) и возбужденного (St) состояний, а также потенциальные энергии вращения гетероостатков вокруг свя­зей метановой группы. Полученная величина энергии образова­ния комплексов коррелирует со значениями интенсивностей флюоресценции красителей в присутствии ДНК Рассчитан­ные изменения распределения электронной плотности в моле­кулах красителей при образовании комплексов с ДНК расхо­дятся с наблюдаемыми изменениями стоксовых сдвигов. Зна­чения потенциальных энергий вращения указывают на то, что при образовании ДНК-комплекса жесткость фиксации молеку­лы красителя значительно возрастает.
format Article
author Лукашов, С.С.
Качковський, Г.О.
Ярмолюк, С.М.
Мацука, Г.Х.
author_facet Лукашов, С.С.
Качковський, Г.О.
Ярмолюк, С.М.
Мацука, Г.Х.
author_sort Лукашов, С.С.
title Взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. 23. Комп'ютерне моделювання «напівінтеркаляцшної» взаємодії монометинових ціанінових барвників з GCTA.TAGC-фрагментом ДНК
title_short Взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. 23. Комп'ютерне моделювання «напівінтеркаляцшної» взаємодії монометинових ціанінових барвників з GCTA.TAGC-фрагментом ДНК
title_full Взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. 23. Комп'ютерне моделювання «напівінтеркаляцшної» взаємодії монометинових ціанінових барвників з GCTA.TAGC-фрагментом ДНК
title_fullStr Взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. 23. Комп'ютерне моделювання «напівінтеркаляцшної» взаємодії монометинових ціанінових барвників з GCTA.TAGC-фрагментом ДНК
title_full_unstemmed Взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. 23. Комп'ютерне моделювання «напівінтеркаляцшної» взаємодії монометинових ціанінових барвників з GCTA.TAGC-фрагментом ДНК
title_sort взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. 23. комп'ютерне моделювання «напівінтеркаляцшної» взаємодії монометинових ціанінових барвників з gcta.tagc-фрагментом днк
publisher Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
publishDate 2001
topic_facet Біоорганічна хімія
url http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/155715
citation_txt Взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. 23. Комп'ютерне моделювання «напівінтеркаляцшної» взаємодії монометинових ціанінових барвників з GCTA.TAGC-фрагментом ДНК / С.С. Лукашов, Г.О. Качковський, С.М. Ярмолюк, Г.Х. Мацука // Біополімери і клітина. — 2001. — Т. 17, № 4. — С. 331-336. — Бібліогр.: 8 назв. — укр.
series Біополімери і клітина
work_keys_str_mv AT lukašovss vzaêmodíâcíanínovihbarvnikívznukleínovimikislotami23kompûternemodelûvannânapívínterkalâcšnoívzaêmodíímonometinovihcíanínovihbarvnikívzgctatagcfragmentomdnk
AT kačkovsʹkijgo vzaêmodíâcíanínovihbarvnikívznukleínovimikislotami23kompûternemodelûvannânapívínterkalâcšnoívzaêmodíímonometinovihcíanínovihbarvnikívzgctatagcfragmentomdnk
AT ârmolûksm vzaêmodíâcíanínovihbarvnikívznukleínovimikislotami23kompûternemodelûvannânapívínterkalâcšnoívzaêmodíímonometinovihcíanínovihbarvnikívzgctatagcfragmentomdnk
AT macukagh vzaêmodíâcíanínovihbarvnikívznukleínovimikislotami23kompûternemodelûvannânapívínterkalâcšnoívzaêmodíímonometinovihcíanínovihbarvnikívzgctatagcfragmentomdnk
first_indexed 2023-05-20T17:47:58Z
last_indexed 2023-05-20T17:47:58Z
_version_ 1796154108231548928

Схожі ресурси