Исследование взаимодействия бромистого этидия с самокомплементарным дезокситетрануклеотидом 5-d(A)СpGpT) в водном растворе методом ¹Н-ЯМР спектроскопии

• Дата: 1995
• Автори: Веселков, А.Н., Дымант, Л.Н., Болотин, П.А., Барановский, С.Ф., Веселков, Д.А., Шипп, Д., Дэвис, Д.
• Формат: Стаття
• Мова: Russian
• Опубліковано: Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 1995
• Назва видання: Биополимеры и клетка
• Онлайн доступ: http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/155752
• Назва журналу: Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
• Цитувати: Исследование взаимодействия бромистого этидия с самокомплементарным дезокситетрануклеотидом 5-d(A)СpGpT) в водном растворе методом ¹Н-ЯМР спектроскопии / А.Н. Веселков, Л.Н. Дымант, П.А. Болотин, С.Ф. Барановский, Д.А. Веселков, Д. Шипп, Д. Дэвис // Биополимеры и клетка. — 1995. — Т. 11, № 3-4. — С. 42-54. — Бібліогр.: 23 назв. — рос.

Изучено комплексообразование красителя бромистого этидия (3,8-диамино-6-фенил-5-этил-фенантридин) с самокомплементарным дезокситетрарибонуклсозидтрифосфатом 5'-d(ApCpGpT) в водно-солевом растворе методом одномерной (500 МГц) и двухмерной (600 МГц) ¹Н-ЯМР спектроскопии. Двухмерная гомоядерная ПМР спектроскопия (2М-NOESY) использована для качествен, о го анализа характера взаимодействия бромис­того этидия с тетрануклеотидом. Измерены концентрационные зависимости протонных химических сдвигов молекул при фиксированной температуре (Т=298 К). Рассмотрены различные схемы комплексообразования молекул красителя с тетрануклеотидом, учи­тывающие разные молекулярные ассоциаты в растворе. Определены равновесные кон­станты реакций и предельные значения химических сдвигов протонов бромистого эти­дия в составе комплексов. Проанализировано относительное содержание комплексов различного типа в растворе и выявлены особенности динамического равновсия в за­висимости от соотношения концентраций красителя и тетрануклеотида. На основе по­лученных данных сделано заключение о преимущественной интеркаляции бромистого этидия в пиримидин-пуриновый участок тетрануклеотидной последовательности (CG-сайт) в дуплексной форме подобно изученному ранее акридиновому красителю профлавину. Встраивание бромистого этидия происходит со стороны малой канавки дуп­лекса, в отличие от профлавина, интеркалирующсго из большого желобка двойной спи­рали. Построена наиболее вероятная структура 1 : 2 красителя с тетрануклеотидом в растворе по расчетным значениям индуцированного химического сдвига протонов бро­мистого этидия и данным 2M-NOE-cпектpe.