Исследование взаимодействия бромистого этидия с самокомплементарным дезокситетрануклеотидом 5-d(A)СpGpT) в водном растворе методом ¹Н-ЯМР спектроскопии

Исследование взаимодействия бромистого этидия с самокомплементарным дезокситетрануклеотидом 5-d(A)СpGpT) в водном растворе методом ¹Н-ЯМР спектроскопии

Изучено комплексообразование красителя бромистого этидия (3,8-диамино-6-фенил-5-этил-фенантридин) с самокомплементарным дезокситетрарибонуклсозидтрифосфатом 5'-d(ApCpGpT) в водно-солевом растворе методом одномерной (500 МГц) и двухмерной (600 МГц) ¹Н-ЯМР спектроскопии. Двухмерная гомоядерная ПМ...

Повний опис

Збережено в:
Бібліографічні деталі
Дата:1995
Автори: Веселков, А.Н., Дымант, Л.Н., Болотин, П.А., Барановский, С.Ф., Веселков, Д.А., Шипп, Д., Дэвис, Д.
Формат: Стаття
Мова:Russian
Опубліковано: Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 1995
Назва видання:Биополимеры и клетка
Онлайн доступ:http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/155752
Теги: Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
Назва журналу:Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
Цитувати:Исследование взаимодействия бромистого этидия с самокомплементарным дезокситетрануклеотидом 5-d(A)СpGpT) в водном растворе методом ¹Н-ЯМР спектроскопии / А.Н. Веселков, Л.Н. Дымант, П.А. Болотин, С.Ф. Барановский, Д.А. Веселков, Д. Шипп, Д. Дэвис // Биополимеры и клетка. — 1995. — Т. 11, № 3-4. — С. 42-54. — Бібліогр.: 23 назв. — рос.

Репозитарії

Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
id irk-123456789-155752
record_format dspace
institution Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
collection DSpace DC
language Russian
description Изучено комплексообразование красителя бромистого этидия (3,8-диамино-6-фенил-5-этил-фенантридин) с самокомплементарным дезокситетрарибонуклсозидтрифосфатом 5'-d(ApCpGpT) в водно-солевом растворе методом одномерной (500 МГц) и двухмерной (600 МГц) ¹Н-ЯМР спектроскопии. Двухмерная гомоядерная ПМР спектроскопия (2М-NOESY) использована для качествен, о го анализа характера взаимодействия бромис­того этидия с тетрануклеотидом. Измерены концентрационные зависимости протонных химических сдвигов молекул при фиксированной температуре (Т=298 К). Рассмотрены различные схемы комплексообразования молекул красителя с тетрануклеотидом, учи­тывающие разные молекулярные ассоциаты в растворе. Определены равновесные кон­станты реакций и предельные значения химических сдвигов протонов бромистого эти­дия в составе комплексов. Проанализировано относительное содержание комплексов различного типа в растворе и выявлены особенности динамического равновсия в за­висимости от соотношения концентраций красителя и тетрануклеотида. На основе по­лученных данных сделано заключение о преимущественной интеркаляции бромистого этидия в пиримидин-пуриновый участок тетрануклеотидной последовательности (CG-сайт) в дуплексной форме подобно изученному ранее акридиновому красителю профлавину. Встраивание бромистого этидия происходит со стороны малой канавки дуп­лекса, в отличие от профлавина, интеркалирующсго из большого желобка двойной спи­рали. Построена наиболее вероятная структура 1 : 2 красителя с тетрануклеотидом в растворе по расчетным значениям индуцированного химического сдвига протонов бро­мистого этидия и данным 2M-NOE-cпектpe.
format Article
author Веселков, А.Н.
Дымант, Л.Н.
Болотин, П.А.
Барановский, С.Ф.
Веселков, Д.А.
Шипп, Д.
Дэвис, Д.
spellingShingle Веселков, А.Н.
Дымант, Л.Н.
Болотин, П.А.
Барановский, С.Ф.
Веселков, Д.А.
Шипп, Д.
Дэвис, Д.
Исследование взаимодействия бромистого этидия с самокомплементарным дезокситетрануклеотидом 5-d(A)СpGpT) в водном растворе методом ¹Н-ЯМР спектроскопии
Биополимеры и клетка
author_facet Веселков, А.Н.
Дымант, Л.Н.
Болотин, П.А.
Барановский, С.Ф.
Веселков, Д.А.
Шипп, Д.
Дэвис, Д.
author_sort Веселков, А.Н.
title Исследование взаимодействия бромистого этидия с самокомплементарным дезокситетрануклеотидом 5-d(A)СpGpT) в водном растворе методом ¹Н-ЯМР спектроскопии
title_short Исследование взаимодействия бромистого этидия с самокомплементарным дезокситетрануклеотидом 5-d(A)СpGpT) в водном растворе методом ¹Н-ЯМР спектроскопии
title_full Исследование взаимодействия бромистого этидия с самокомплементарным дезокситетрануклеотидом 5-d(A)СpGpT) в водном растворе методом ¹Н-ЯМР спектроскопии
title_fullStr Исследование взаимодействия бромистого этидия с самокомплементарным дезокситетрануклеотидом 5-d(A)СpGpT) в водном растворе методом ¹Н-ЯМР спектроскопии
title_full_unstemmed Исследование взаимодействия бромистого этидия с самокомплементарным дезокситетрануклеотидом 5-d(A)СpGpT) в водном растворе методом ¹Н-ЯМР спектроскопии
title_sort исследование взаимодействия бромистого этидия с самокомплементарным дезокситетрануклеотидом 5-d(a)сpgpt) в водном растворе методом ¹н-ямр спектроскопии
publisher Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
publishDate 1995
url http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/155752
citation_txt Исследование взаимодействия бромистого этидия с самокомплементарным дезокситетрануклеотидом 5-d(A)СpGpT) в водном растворе методом ¹Н-ЯМР спектроскопии / А.Н. Веселков, Л.Н. Дымант, П.А. Болотин, С.Ф. Барановский, Д.А. Веселков, Д. Шипп, Д. Дэвис // Биополимеры и клетка. — 1995. — Т. 11, № 3-4. — С. 42-54. — Бібліогр.: 23 назв. — рос.
series Биополимеры и клетка
work_keys_str_mv AT veselkovan issledovanievzaimodejstviâbromistogoétidiâssamokomplementarnymdezoksitetranukleotidom5daspgptvvodnomrastvoremetodom1nâmrspektroskopii
AT dymantln issledovanievzaimodejstviâbromistogoétidiâssamokomplementarnymdezoksitetranukleotidom5daspgptvvodnomrastvoremetodom1nâmrspektroskopii
AT bolotinpa issledovanievzaimodejstviâbromistogoétidiâssamokomplementarnymdezoksitetranukleotidom5daspgptvvodnomrastvoremetodom1nâmrspektroskopii
AT baranovskijsf issledovanievzaimodejstviâbromistogoétidiâssamokomplementarnymdezoksitetranukleotidom5daspgptvvodnomrastvoremetodom1nâmrspektroskopii
AT veselkovda issledovanievzaimodejstviâbromistogoétidiâssamokomplementarnymdezoksitetranukleotidom5daspgptvvodnomrastvoremetodom1nâmrspektroskopii
AT šippd issledovanievzaimodejstviâbromistogoétidiâssamokomplementarnymdezoksitetranukleotidom5daspgptvvodnomrastvoremetodom1nâmrspektroskopii
AT dévisd issledovanievzaimodejstviâbromistogoétidiâssamokomplementarnymdezoksitetranukleotidom5daspgptvvodnomrastvoremetodom1nâmrspektroskopii
first_indexed 2023-05-20T17:47:59Z
last_indexed 2023-05-20T17:47:59Z
_version_ 1796154108977086464
spelling irk-123456789-1557522019-06-18T01:28:51Z Исследование взаимодействия бромистого этидия с самокомплементарным дезокситетрануклеотидом 5-d(A)СpGpT) в водном растворе методом ¹Н-ЯМР спектроскопии Веселков, А.Н. Дымант, Л.Н. Болотин, П.А. Барановский, С.Ф. Веселков, Д.А. Шипп, Д. Дэвис, Д. Изучено комплексообразование красителя бромистого этидия (3,8-диамино-6-фенил-5-этил-фенантридин) с самокомплементарным дезокситетрарибонуклсозидтрифосфатом 5'-d(ApCpGpT) в водно-солевом растворе методом одномерной (500 МГц) и двухмерной (600 МГц) ¹Н-ЯМР спектроскопии. Двухмерная гомоядерная ПМР спектроскопия (2М-NOESY) использована для качествен, о го анализа характера взаимодействия бромис­того этидия с тетрануклеотидом. Измерены концентрационные зависимости протонных химических сдвигов молекул при фиксированной температуре (Т=298 К). Рассмотрены различные схемы комплексообразования молекул красителя с тетрануклеотидом, учи­тывающие разные молекулярные ассоциаты в растворе. Определены равновесные кон­станты реакций и предельные значения химических сдвигов протонов бромистого эти­дия в составе комплексов. Проанализировано относительное содержание комплексов различного типа в растворе и выявлены особенности динамического равновсия в за­висимости от соотношения концентраций красителя и тетрануклеотида. На основе по­лученных данных сделано заключение о преимущественной интеркаляции бромистого этидия в пиримидин-пуриновый участок тетрануклеотидной последовательности (CG-сайт) в дуплексной форме подобно изученному ранее акридиновому красителю профлавину. Встраивание бромистого этидия происходит со стороны малой канавки дуп­лекса, в отличие от профлавина, интеркалирующсго из большого желобка двойной спи­рали. Построена наиболее вероятная структура 1 : 2 красителя с тетрануклеотидом в растворе по расчетным значениям индуцированного химического сдвига протонов бро­мистого этидия и данным 2M-NOE-cпектpe. Вивчено комплексоутворення барвника бромистого етидію (3,8-Дтміно-6-феніл-5-етил-фенантридин) з самокомплементарним дезокситетрарибонуклеозидтрифосфатом 5'-d (ApCpGpT) у водно-солевому розчині методом одномірної (500 МГц) і двомірної (600 МГц) *Н-ЯМР спектроскопії. Двомірну гомоядерну ПМР спектроскопію (2M-NOESY) викоріистано для якісного аналізу характера взаємодії бромистого етидію з тетрануклеотидом. Виміряно концентраційні залежності протонних хімічних зсувів молекул при фіксованій температурі (Т = 298 К). Розглянуто різноманітні схеми ком­плексоутворення молекул барвника з тетрануклеотидом, які враховують різні моле­кулярні асоціати у розчині. Визначено рівноважні константи реакцій і граничні зна­ чення хімічних зсувів протонів бромистого етидію у складі комплексів. Проаналізовано відносний вміст комплексі© різного типу у розчині і выявлено особливості динамічної рівноваги в залежності від співвідношення концентрацій барвника і тетрануклеотиду. На основі отриманих даних зроблено висновок щодо переважної інтеркаляції броми­стого етидію у піримідин-пуринову ділянку тетрануклеотидної послідовності (CG-сайт) у дуплексній формі подібно до вивченого раніше акридинового барвника профлавіна. Вбудовування бромистого етидію відбувається з боку малої канавки дуплексу на від­міну від профлавіна, інтеркалюючого з великого жолобка подвійної спіралі. Побу­довано найвірогіднішу структуру 1:2 барвника з тетрануклеотидом у розчині виходячи з розрахованих значень індукованого хімічного зсуву протонів бромистого етидію і даних 2M-NOE-cneKTpiB. Complex formation between dye ethidium bromide (3,8-diamino-6-phenyl-5-etliyl-phenan-thridinium) and self-complementary deoxytetraribonucleoside triphosphate 5'd-(ApCpGpT) in aqueous salt solution has been studied by method of one-dimensional (500 MHz) and two-dimensional ¹H NMR spectroscopy (600 MHz). Two-dimensional homonuctear ¹H NMR spectroscopy was used for qualitative analysis of the nature of interactions of ethidium bromide with tetranucleotide. Concentration dependences of proton chemical shifts of the molecules have been measured at fixed temperature (T=298K). Different schemes of complex formation between dye molecules and tetranucleotide have been examined taking into account various molecular associations in solution. Analysis of the relative content of different types of complexes has been made and special features of dynamic equilibrium have been revealed as a function of both the dye and tetranuclee-tide concentrations. The present analysis leads to the conclusion that ethidium bromide binds preferentially to pyrimidine-purine sequence (CG-site) of the tetranucleotide duplex similar to the observed proflavine-(ApCpGpT) binding studied earlier. Ethidium bromide intercalates from the minor groove of the double helix in contrast to proflavine which binds from the major groove. The most favourable structure of the 1:2 complex of dye with the tetranucleotide has been constructed using calculated values of induced chemical shifts of ethidium bromide protons in conjunction with intermolecular NOEa. 1995 Article Исследование взаимодействия бромистого этидия с самокомплементарным дезокситетрануклеотидом 5-d(A)СpGpT) в водном растворе методом ¹Н-ЯМР спектроскопии / А.Н. Веселков, Л.Н. Дымант, П.А. Болотин, С.Ф. Барановский, Д.А. Веселков, Д. Шипп, Д. Дэвис // Биополимеры и клетка. — 1995. — Т. 11, № 3-4. — С. 42-54. — Бібліогр.: 23 назв. — рос. 0233-7657 DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.0003EC http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/155752 577.113 ru Биополимеры и клетка Інститут молекулярної біології і генетики НАН України

Схожі ресурси