Конформаційні зміни в структурі ВІЛ-1 протеази: дослідження методом молекулярної динаміки в піко- та наносекундному часових проміжках

• Дата: 2002
• Автори: Ковальський, Д.Б., Корнелюк, О.І.
• Формат: Стаття
• Мова: Ukrainian
• Опубліковано: Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 2002
• Назва видання: Біополімери і клітина
• Теми: Матеріали конференції
• Онлайн доступ: http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/155819
• Назва журналу: Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
• Цитувати: Конформаційні зміни в структурі ВІЛ-1 протеази: дослідження методом молекулярної динаміки в піко- та наносекундному часових проміжках / Д.Б. Ковальский, О.І. Корнелюк // Вiopolymers and Cell. — 2002. — Т. 18, № 2. — С. 117-123. — Бібліогр.: 42 назв. — укр.

ВІЛ-1 протеаза є однією з найпривабливіших моделей для дизайну лікарських засобів у терапії СНІДу. Для потрапляння субстрату до активного центра протеази необхідно, щоб дві β-шпильки («флепи»), які його покривають, відкрилися на достатню для цього відстань. Саме тому «флепи» відіграють ключову роль у функціонуванні ВІЛ-1 протеази. Незважаючи нгрунтовні знання структури цього ферменту, до теперіш­нього часу немає даних стосовно механізму відкриття «флепів». Саме тому здійснено симуляцію молекулярної динаміки ВІЛ-1 протеази у вакуумі та водному розчині в піко- та наносекундному часових проміжках. Спостерігалося фомування структурного «динамічного» сайта зв'язування як у нс-так і в пс-часових проміжках. «Динамічний» карман утво­рюється, в основному, з гідрофобних амінокислотних залишків, а саме: Val32, Lys45, Ile47, Gly48, Gly49fб Ile50, Gly51, Gly52, Ile54, Val56, Leu76, Gly78, Pro79, Thr80, Pro81. Він залишається добре визначеним впродовж усього періоду симуляїі Пропонується використання цього карману для дизайну лікарських засобів