Конформаційні зміни в структурі ВІЛ-1 протеази: дослідження методом молекулярної динаміки в піко- та наносекундному часових проміжках

Конформаційні зміни в структурі ВІЛ-1 протеази: дослідження методом молекулярної динаміки в піко- та наносекундному часових проміжках

ВІЛ-1 протеаза є однією з найпривабливіших моделей для дизайну лікарських засобів у терапії СНІДу. Для потрапляння субстрату до активного центра протеази необхідно, щоб дві β-шпильки («флепи»), які його покривають, відкрилися на достатню для цього відстань. Саме тому «флепи» відіграють ключову роль...

Повний опис

Збережено в:
Бібліографічні деталі
Дата:2002
Автори: Ковальський, Д.Б., Корнелюк, О.І.
Формат: Стаття
Мова:Ukrainian
Опубліковано: Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 2002
Назва видання:Біополімери і клітина
Теми:
Матеріали конференції
Онлайн доступ:http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/155819
Теги: Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
Назва журналу:Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
Цитувати:Конформаційні зміни в структурі ВІЛ-1 протеази: дослідження методом молекулярної динаміки в піко- та наносекундному часових проміжках / Д.Б. Ковальский, О.І. Корнелюк // Вiopolymers and Cell. — 2002. — Т. 18, № 2. — С. 117-123. — Бібліогр.: 42 назв. — укр.

Репозитарії

Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
id irk-123456789-155819
record_format dspace
spelling irk-123456789-1558192019-06-18T01:28:10Z Конформаційні зміни в структурі ВІЛ-1 протеази: дослідження методом молекулярної динаміки в піко- та наносекундному часових проміжках Ковальський, Д.Б. Корнелюк, О.І. Матеріали конференції ВІЛ-1 протеаза є однією з найпривабливіших моделей для дизайну лікарських засобів у терапії СНІДу. Для потрапляння субстрату до активного центра протеази необхідно, щоб дві β-шпильки («флепи»), які його покривають, відкрилися на достатню для цього відстань. Саме тому «флепи» відіграють ключову роль у функціонуванні ВІЛ-1 протеази. Незважаючи нгрунтовні знання структури цього ферменту, до теперіш­нього часу немає даних стосовно механізму відкриття «флепів». Саме тому здійснено симуляцію молекулярної динаміки ВІЛ-1 протеази у вакуумі та водному розчині в піко- та наносекундному часових проміжках. Спостерігалося фомування структурного «динамічного» сайта зв'язування як у нс-так і в пс-часових проміжках. «Динамічний» карман утво­рюється, в основному, з гідрофобних амінокислотних залишків, а саме: Val32, Lys45, Ile47, Gly48, Gly49fб Ile50, Gly51, Gly52, Ile54, Val56, Leu76, Gly78, Pro79, Thr80, Pro81. Він залишається добре визначеним впродовж усього періоду симуляїі Пропонується використання цього карману для дизайну лікарських засобів Изучена молекулярная динамика (МД) ВИЧ-J протеазы в воде и вакууме в пико- и наносекундном временных интервалах. Получены конформации, обеспечивающие расстояние между двумя анти­параллельными β-стрэндами («флэпами»), необходимое для вхождения субстрата в активный центр. Использование различных параметров для учета дальних электростатических взаимодей­ствий при симуляции МД в воде свидетельствует о значительном их вкладе в стабилизацию пространственной структуры протеазы. Как в пико-, так и в наносекундном временных интервалах наблюдается формирование «динамического» кармана с объемом –0,85 нм3. Карман образован, в основном, гидрофобными остатками аминокислот Val32, Lys45, Ile47, Gly48, Gly49, Ile50, Gly51, Gly52, Ile54, Val56, Leu76, Gly78, Pro79, Thr80 и Pro81. «Динамический» структурный карман может являться мишенью при создании ингибиторов ВИЧ-1 протеазы нового поколения. HIV-1 protease is one of the most important drug design targets in AIDS therapy. A two fi-strands covering active site play central role in its function. To permit substrate entrance into active site they must open. Despite great knowledge of HI V-1 protease structure a flap opening mechanism is still unclear. Here we perform molecular dynamic simulation of HIV-1 protease in vacuum and in solution, in picosecond and nanosecond timescales. Structural «dynamic» binding pocket formation is observed like as in vacuum simulation as in solution. The most pan of residues forming the binding pocket are hydrophobic. These residues are: Val32, Lys45, Ile47, Gly48, Gly49, IleSO, GlySl, Gly52, Ile54, VaL56, Leu.76, Gly78, Pro79, ThrSO, ProSl. In spite of great its flexibility it remains well-defined during the the simulation. We assume that the pocket could be used in drug design. 2002 Article Конформаційні зміни в структурі ВІЛ-1 протеази: дослідження методом молекулярної динаміки в піко- та наносекундному часових проміжках / Д.Б. Ковальский, О.І. Корнелюк // Вiopolymers and Cell. — 2002. — Т. 18, № 2. — С. 117-123. — Бібліогр.: 42 назв. — укр. 0233-7657 DOI:http://dx.doi.org/10.7124/bc.0005F2 http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/155819 577.322 uk Біополімери і клітина Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
institution Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
collection DSpace DC
language Ukrainian
topic Матеріали конференції
Матеріали конференції
spellingShingle Матеріали конференції
Матеріали конференції
Ковальський, Д.Б.
Корнелюк, О.І.
Конформаційні зміни в структурі ВІЛ-1 протеази: дослідження методом молекулярної динаміки в піко- та наносекундному часових проміжках
Біополімери і клітина
description ВІЛ-1 протеаза є однією з найпривабливіших моделей для дизайну лікарських засобів у терапії СНІДу. Для потрапляння субстрату до активного центра протеази необхідно, щоб дві β-шпильки («флепи»), які його покривають, відкрилися на достатню для цього відстань. Саме тому «флепи» відіграють ключову роль у функціонуванні ВІЛ-1 протеази. Незважаючи нгрунтовні знання структури цього ферменту, до теперіш­нього часу немає даних стосовно механізму відкриття «флепів». Саме тому здійснено симуляцію молекулярної динаміки ВІЛ-1 протеази у вакуумі та водному розчині в піко- та наносекундному часових проміжках. Спостерігалося фомування структурного «динамічного» сайта зв'язування як у нс-так і в пс-часових проміжках. «Динамічний» карман утво­рюється, в основному, з гідрофобних амінокислотних залишків, а саме: Val32, Lys45, Ile47, Gly48, Gly49fб Ile50, Gly51, Gly52, Ile54, Val56, Leu76, Gly78, Pro79, Thr80, Pro81. Він залишається добре визначеним впродовж усього періоду симуляїі Пропонується використання цього карману для дизайну лікарських засобів
format Article
author Ковальський, Д.Б.
Корнелюк, О.І.
author_facet Ковальський, Д.Б.
Корнелюк, О.І.
author_sort Ковальський, Д.Б.
title Конформаційні зміни в структурі ВІЛ-1 протеази: дослідження методом молекулярної динаміки в піко- та наносекундному часових проміжках
title_short Конформаційні зміни в структурі ВІЛ-1 протеази: дослідження методом молекулярної динаміки в піко- та наносекундному часових проміжках
title_full Конформаційні зміни в структурі ВІЛ-1 протеази: дослідження методом молекулярної динаміки в піко- та наносекундному часових проміжках
title_fullStr Конформаційні зміни в структурі ВІЛ-1 протеази: дослідження методом молекулярної динаміки в піко- та наносекундному часових проміжках
title_full_unstemmed Конформаційні зміни в структурі ВІЛ-1 протеази: дослідження методом молекулярної динаміки в піко- та наносекундному часових проміжках
title_sort конформаційні зміни в структурі віл-1 протеази: дослідження методом молекулярної динаміки в піко- та наносекундному часових проміжках
publisher Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
publishDate 2002
topic_facet Матеріали конференції
url http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/155819
citation_txt Конформаційні зміни в структурі ВІЛ-1 протеази: дослідження методом молекулярної динаміки в піко- та наносекундному часових проміжках / Д.Б. Ковальский, О.І. Корнелюк // Вiopolymers and Cell. — 2002. — Т. 18, № 2. — С. 117-123. — Бібліогр.: 42 назв. — укр.
series Біополімери і клітина
work_keys_str_mv AT kovalʹsʹkijdb konformacíjnízmínivstrukturívíl1proteazidoslídžennâmetodommolekulârnoídinamíkivpíkotananosekundnomučasovihpromížkah
AT kornelûkoí konformacíjnízmínivstrukturívíl1proteazidoslídžennâmetodommolekulârnoídinamíkivpíkotananosekundnomučasovihpromížkah
first_indexed 2023-05-20T17:48:08Z
last_indexed 2023-05-20T17:48:08Z
_version_ 1796154125248888832

Схожі ресурси