Аналіз неструктурованих ділянок цитоплазматичної тирозил-тРНК синтетази людини методами біоінформатики
Передбачено неструктуровані ділянки цитоплазматичної тирозил-тРНК синтетази ссавців методами біоінформатики з використанням 15 веб-серверів. Показано високу імовірність неструктурованого стану для рухливої «KMSKS»-петлі каталітичного центра (залишки Рго216–Lys231), яка набуває визначеної конформації...
Збережено в:
| Дата: | 2005 |
|---|---|
| Автори: | , |
| Формат: | Стаття |
| Мова: | Ukrainian |
| Опубліковано: |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
2005
|
| Назва видання: | Біополімери і клітина |
| Теми: | |
| Онлайн доступ: | http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/155852 |
| Теги: |
Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
|
| Назва журналу: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Цитувати: | Аналіз неструктурованих ділянок цитоплазматичної тирозил-тРНК синтетази людини методами біоінформатики / К.О. Одинець, О.І. Корнелюк // Біополімери і клітина. — 2005. — Т. 21, № 5. — С. 446-453. — Бібліогр.: 27 назв. — укр. |
Репозитарії
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| id |
irk-123456789-155852 |
|---|---|
| record_format |
dspace |
| spelling |
irk-123456789-1558522019-06-18T01:30:25Z Аналіз неструктурованих ділянок цитоплазматичної тирозил-тРНК синтетази людини методами біоінформатики Одинець, К.О. Корнелюк, О.І. Біоінформатика Передбачено неструктуровані ділянки цитоплазматичної тирозил-тРНК синтетази ссавців методами біоінформатики з використанням 15 веб-серверів. Показано високу імовірність неструктурованого стану для рухливої «KMSKS»-петлі каталітичного центра (залишки Рго216–Lys231), яка набуває визначеної конформації під час каталітичного акта. Для ділянки межмодульного лінкера (залишки Asp343–Glu359) показано найбільшу імовірність перебування у неструктурованому стані. Порівняння цих даних з величинами В-факторів Cα-атомів кристалографічних структур N- і С-кінцевих модулів виявило чітку кореляцію даних біоінформатики і рентгеноструктурного аналізу. Наявність гнучкого міжмодульного лінкера є характерною ознакою білків, які містять EMAP ІІ-подібний С-кінцевий модуль. Висловлено гіпотезу стосовно того, що конформаційні перебудови у лінкерній ділянці можуть відігравати суттєву роль при форму- ванні комплексів цих білків з тРНК. Проведено предсказание неструктурированных участков тирозил-тРНК синтетазы млекопитающих методами биоинформатики с использованием 15 веб-серверов. Показана высокая вероятность неструктурированного состояния для подвижной «KMSKS»-петли каталитического центра (остатки Pro216–Lys231), приобретающей определенную конформацию во время каталитического акта. Для участка межмодульного линкера (остатки Asp343–Glu359) определена наибольшая возможность его неструктурированного состояния. Сравнение этих данных с величинами В-факторов Сα-атомов кристаллографических структур N- и С-концевых модулей демонстрирует удовлетворительную корреляцию с результатами кристалло- графического анализа. Наличие гибкого межмодульного линкера является характерной особенностью белков, содержащих EMAP II-подобный С-концевой модуль. Предложена гипотеза о том, что конформационные перестройки в линкерной области могут играть существенную роль при формировании комплек- сов этих белков с тРНК. The prediction of unstructured regions of mammalian cytoplasmic tyrosyl-tRNA synthetase is carried out by bioinformatics methods using 15 web-servers. High probability of unfolded state for flexible “KMSKS» loop of catalytic centre (residue Pro216-Lys231), which getting certain conformation during catalytic act is shown. For the region of intermodule linker (residues Asp343-Glu359) the highest probability of its unstructured state is shown. The comparison of these data with B-factor values for Ca-atoms of crystallographic structures of N- and C-terminal modules shows a strong correlation between the bioinformatics and X-ray analyses data. The presence of flexible intermodular linker is a characteristic feature of proteins which contain the EMAP II-like-terminal module. The hypothesis is proposed about a possible conformational rearrangement of this linker region which may be essential upon the complex formation between these proteins and tRNAs. 2005 Article Аналіз неструктурованих ділянок цитоплазматичної тирозил-тРНК синтетази людини методами біоінформатики / К.О. Одинець, О.І. Корнелюк // Біополімери і клітина. — 2005. — Т. 21, № 5. — С. 446-453. — Бібліогр.: 27 назв. — укр. 0233-7657 DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.000709 http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/155852 577.152.6 uk Біополімери і клітина Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
| institution |
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| collection |
DSpace DC |
| language |
Ukrainian |
| topic |
Біоінформатика Біоінформатика |
| spellingShingle |
Біоінформатика Біоінформатика Одинець, К.О. Корнелюк, О.І. Аналіз неструктурованих ділянок цитоплазматичної тирозил-тРНК синтетази людини методами біоінформатики Біополімери і клітина |
| description |
Передбачено неструктуровані ділянки цитоплазматичної тирозил-тРНК синтетази ссавців методами біоінформатики з використанням 15 веб-серверів. Показано високу імовірність неструктурованого стану для рухливої «KMSKS»-петлі каталітичного центра (залишки Рго216–Lys231), яка набуває визначеної конформації під час каталітичного акта. Для ділянки межмодульного лінкера (залишки Asp343–Glu359) показано найбільшу імовірність перебування у неструктурованому стані. Порівняння цих даних з величинами В-факторів Cα-атомів кристалографічних структур N- і С-кінцевих модулів виявило чітку кореляцію даних біоінформатики і рентгеноструктурного аналізу. Наявність гнучкого міжмодульного лінкера є характерною ознакою білків, які містять EMAP ІІ-подібний С-кінцевий модуль. Висловлено гіпотезу стосовно того, що конформаційні перебудови у лінкерній ділянці можуть відігравати суттєву роль при форму- ванні комплексів цих білків з тРНК. |
| format |
Article |
| author |
Одинець, К.О. Корнелюк, О.І. |
| author_facet |
Одинець, К.О. Корнелюк, О.І. |
| author_sort |
Одинець, К.О. |
| title |
Аналіз неструктурованих ділянок цитоплазматичної тирозил-тРНК синтетази людини методами біоінформатики |
| title_short |
Аналіз неструктурованих ділянок цитоплазматичної тирозил-тРНК синтетази людини методами біоінформатики |
| title_full |
Аналіз неструктурованих ділянок цитоплазматичної тирозил-тРНК синтетази людини методами біоінформатики |
| title_fullStr |
Аналіз неструктурованих ділянок цитоплазматичної тирозил-тРНК синтетази людини методами біоінформатики |
| title_full_unstemmed |
Аналіз неструктурованих ділянок цитоплазматичної тирозил-тРНК синтетази людини методами біоінформатики |
| title_sort |
аналіз неструктурованих ділянок цитоплазматичної тирозил-трнк синтетази людини методами біоінформатики |
| publisher |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
| publishDate |
2005 |
| topic_facet |
Біоінформатика |
| url |
http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/155852 |
| citation_txt |
Аналіз неструктурованих ділянок цитоплазматичної тирозил-тРНК синтетази людини методами біоінформатики / К.О. Одинець, О.І. Корнелюк // Біополімери і клітина. — 2005. — Т. 21, № 5. — С. 446-453. — Бібліогр.: 27 назв. — укр. |
| series |
Біополімери і клітина |
| work_keys_str_mv |
AT odinecʹko analíznestrukturovanihdílânokcitoplazmatičnoítiroziltrnksintetazilûdinimetodamibíoínformatiki AT kornelûkoí analíznestrukturovanihdílânokcitoplazmatičnoítiroziltrnksintetazilûdinimetodamibíoínformatiki |
| first_indexed |
2023-05-20T17:48:14Z |
| last_indexed |
2023-05-20T17:48:14Z |
| _version_ |
1796154128344285184 |