Локальная структура петли V3 белка gp120 HIV-1. Сравнительный анализ конформаций фрагмента в вирусных штаммах HIV-MN и HIV-Thailand

Локальная структура петли V3 белка gp120 HIV-1. Сравнительный анализ конформаций фрагмента в вирусных штаммах HIV-MN и HIV-Thailand

Определены элементы вторичной структуры и конформаций нерегулярных сегментов петли V3 белка gp120 HIV-MN, в состав которой входит иммунодоминантный эпитоп вируса, а также детерминанты, ответственные за процессы клеточного тропизма и слияния клеток. Расчеты, проведенные с использованием литературных...

Повний опис

Збережено в:
Бібліографічні деталі
Дата:2005
Автор: Андрианов, А.М.
Формат: Стаття
Мова:Russian
Опубліковано: Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 2005
Назва видання:Біополімери і клітина
Теми:
Біоорганічна хімія
Онлайн доступ:http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/155879
Теги: Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
Назва журналу:Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
Цитувати:Локальная структура петли V3 белка gp120 HIV-1. Сравнительный анализ конформаций фрагмента в вирусных штаммах HIV-MN и HIV-Thailand / А.М. Андрианов // Біополімери і клітина. — 2005. — Т. 21, № 6. — С. 536-547. — Бібліогр.: 62 назв. — рос.

Репозитарії

Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
id irk-123456789-155879
record_format dspace
spelling irk-123456789-1558792019-07-06T16:18:22Z Локальная структура петли V3 белка gp120 HIV-1. Сравнительный анализ конформаций фрагмента в вирусных штаммах HIV-MN и HIV-Thailand Андрианов, А.М. Біоорганічна хімія Определены элементы вторичной структуры и конформаций нерегулярных сегментов петли V3 белка gp120 HIV-MN, в состав которой входит иммунодоминантный эпитоп вируса, а также детерминанты, ответственные за процессы клеточного тропизма и слияния клеток. Расчеты, проведенные с использованием литературных данных спектроскопии ЯМР в водном растворе, показали, что N-концевой фрагмент петли V3 формирует «вытянутый» участок с 1-го по 14-й аминокислотный остаток (а. о.), разделенный двойным β-изгибом 15–20 а. о. с неупорядоченной С-концевой областью 21–35 а. о. Результаты сравнительного анализа рассчитанной конформаций и установленной ранее локальной структуры петли V3 белка gp120 HIV-Thailand свидетельству­ют о том, что различия между ними статистически значимы. Однако, несмотря на существен­ные структурные отличия, 14 а. о. фрагмента, семь из которых входят в его функционально активные сайты, сохраняют конформационные состояния в вирусных штаммах HIV-MN и HIV-Thailand. Структурно консервативные остатки можно рассматривать как потенциальные мишени для методов белковой инженерии, используемых в работах по созданию противовирусных препаратов. Визначено елементи вторинної структури і конформації нере­гулярних сегментів петлі V3 білка gp120 HIV-MN, до складу якої входять імунодомінантний епітоп вірусу, а також де­термінанти, відповідальні за процеси клітинного тропізму ізлиття клітин Розрахунки, здійснені з використанням літе­ратурних даних щодо спектроскопії ЯМР у водному розчині, показали, що N-кінцевий фрагмент петлі V3 формує «витяг­нуту» ділянку з 1-го по 14-й амінокислотний залишок (а. з.), розділений подвійним β-згином 15–20 а. з. з неупорядкованою С-кінцевою областю 21–35 а. з. Результати порівняльного аналізу розрахованої конформації та встановленої раніше ло­кальної структури петлі V3 білка gp120 HIV-Thailand свід­чать про те, що розбіжності між ними статистично значущі Проте, незважаючи на суттєву різницю в структурі, 14 а з. фрагмента, сім з яких входять до його функцінально актив­них сайтів, зберігають конформаційні стани у вірусних шта­мах HIV-MN і HIV-Thailand. Структурно консервативні за­лишки можна розглядати як потенційні мішені для методів білкової інженерії, що застосовують у работах із створення противірусних препаратів. Secondary structure elements and conformations of irregular stretches for the HIV-MN gp120 V3 loop, comprising the virus immunogenic crown as well as the sites liable for cell tropism and cell fusion, were defined using the theoretical method developed previously. Computations based on the published data of NMR spectroscopy in water point out that the V3 loop N-terminal segment exhibits the extended site 1–14 separated by a double (β-turn 15–20 from its unordered C-terminal region 21–35. Collating the conformation obtained with the one derived earlier for the Thailand HIV-1 gp120 V3 loop indicates that the differences in their local structures are statistically significant. Despite the essential structures divergence, fourteen amino acids of the stretch under consideration, seven of which reside in its functionally active sites, were shown to preserve their conformational states in the MN and Thailand HIV-1 isolates. The residues keeping their conformations can be considered as the potential targets for the protein engineering methods used in the studies on developing the antiviral agents. 2005 Article Локальная структура петли V3 белка gp120 HIV-1. Сравнительный анализ конформаций фрагмента в вирусных штаммах HIV-MN и HIV-Thailand / А.М. Андрианов // Біополімери і клітина. — 2005. — Т. 21, № 6. — С. 536-547. — Бібліогр.: 62 назв. — рос. 0233-7657 DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.000712 http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/155879 577.322.5:543.25 ru Біополімери і клітина Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
institution Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
collection DSpace DC
language Russian
topic Біоорганічна хімія
Біоорганічна хімія
spellingShingle Біоорганічна хімія
Біоорганічна хімія
Андрианов, А.М.
Локальная структура петли V3 белка gp120 HIV-1. Сравнительный анализ конформаций фрагмента в вирусных штаммах HIV-MN и HIV-Thailand
Біополімери і клітина
description Определены элементы вторичной структуры и конформаций нерегулярных сегментов петли V3 белка gp120 HIV-MN, в состав которой входит иммунодоминантный эпитоп вируса, а также детерминанты, ответственные за процессы клеточного тропизма и слияния клеток. Расчеты, проведенные с использованием литературных данных спектроскопии ЯМР в водном растворе, показали, что N-концевой фрагмент петли V3 формирует «вытянутый» участок с 1-го по 14-й аминокислотный остаток (а. о.), разделенный двойным β-изгибом 15–20 а. о. с неупорядоченной С-концевой областью 21–35 а. о. Результаты сравнительного анализа рассчитанной конформаций и установленной ранее локальной структуры петли V3 белка gp120 HIV-Thailand свидетельству­ют о том, что различия между ними статистически значимы. Однако, несмотря на существен­ные структурные отличия, 14 а. о. фрагмента, семь из которых входят в его функционально активные сайты, сохраняют конформационные состояния в вирусных штаммах HIV-MN и HIV-Thailand. Структурно консервативные остатки можно рассматривать как потенциальные мишени для методов белковой инженерии, используемых в работах по созданию противовирусных препаратов.
format Article
author Андрианов, А.М.
author_facet Андрианов, А.М.
author_sort Андрианов, А.М.
title Локальная структура петли V3 белка gp120 HIV-1. Сравнительный анализ конформаций фрагмента в вирусных штаммах HIV-MN и HIV-Thailand
title_short Локальная структура петли V3 белка gp120 HIV-1. Сравнительный анализ конформаций фрагмента в вирусных штаммах HIV-MN и HIV-Thailand
title_full Локальная структура петли V3 белка gp120 HIV-1. Сравнительный анализ конформаций фрагмента в вирусных штаммах HIV-MN и HIV-Thailand
title_fullStr Локальная структура петли V3 белка gp120 HIV-1. Сравнительный анализ конформаций фрагмента в вирусных штаммах HIV-MN и HIV-Thailand
title_full_unstemmed Локальная структура петли V3 белка gp120 HIV-1. Сравнительный анализ конформаций фрагмента в вирусных штаммах HIV-MN и HIV-Thailand
title_sort локальная структура петли v3 белка gp120 hiv-1. сравнительный анализ конформаций фрагмента в вирусных штаммах hiv-mn и hiv-thailand
publisher Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
publishDate 2005
topic_facet Біоорганічна хімія
url http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/155879
citation_txt Локальная структура петли V3 белка gp120 HIV-1. Сравнительный анализ конформаций фрагмента в вирусных штаммах HIV-MN и HIV-Thailand / А.М. Андрианов // Біополімери і клітина. — 2005. — Т. 21, № 6. — С. 536-547. — Бібліогр.: 62 назв. — рос.
series Біополімери і клітина
work_keys_str_mv AT andrianovam lokalʹnaâstrukturapetliv3belkagp120hiv1sravnitelʹnyjanalizkonformacijfragmentavvirusnyhštammahhivmnihivthailand
first_indexed 2023-05-20T17:48:18Z
last_indexed 2023-05-20T17:48:18Z
_version_ 1796154133898592256

Схожі ресурси