Взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. Механізм взаємодії монометинового ціанінового барвника Cyan 40 з двоспіральною ДНК: дослідження методами комп'ютерного моделювання

• Дата: 2003
• Автори: Яковенко, О.Я., Голуб, А.Г., Лосицький, М.Ю., Бджола, В.Г., Ярмолюк, С.М.
• Формат: Стаття
• Мова: Ukrainian
• Опубліковано: Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 2003
• Назва видання: Біополімери і клітина
• Теми: Біоорганічна хімія
• Онлайн доступ: http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/156384
• Назва журналу: Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
• Цитувати: Взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. Механізм взаємодії монометинового ціанінового барвника Cyan 40 з двоспіральною ДНК: дослідження методами комп'ютерного моделювання / О.Я. Яковенко, А.Г. Голуб, М.Ю. Лосицький, В.Г. Бджола, С.М. Ярмолюк // Вiopolymers and Cell. — 2003. — Т. 19, № 1. — С. 93-98. — Бібліогр.: 6 назв. — укр.

Механізм взаємодії ціанінового барвника Cyan 40 з молекулами ДНК вивчено методами комп'ю­терного моделювання. Оцінено енергію взаємодії термінальних частин ππ-електронних хмар гетероциклічних кілець нуклеотидних основ ДНК та барвника Cyan 40 методами ab initio. Запропоновано механізм взаємодії Cyan 40 з молекулами ДНК відповідно до моделі повної інтеркаляції. На основі комбінованих розрахунків методами Amber, ММ+, AM J, РМЗ та ab initio доведено енергетичну вигідність зв'язування Cyan 40 з ДНК за механізмом повної інтеркаляції порівняно з механізмом напівінтеркаляції. Знайдено ряд метастанів, що ілюструють гіпотезу послідовної взаємодії Cyan 40 з ДНК в три етапи: асоціація з ДНК у малій борозенці, взаємодія з ДНК за типом напівінтеркаляції бензотіазоловим кільцем та остаточна фіксація Cyan 40 між парами основ ДНК за механізмом повної інтеркаляції.