Взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. Механізм взаємодії монометинового ціанінового барвника Cyan 40 з двоспіральною ДНК: дослідження методами комп'ютерного моделювання

Механізм взаємодії ціанінового барвника Cyan 40 з молекулами ДНК вивчено методами комп'ютерного моделювання. Оцінено енергію взаємодії термінальних частин ππ-електронних хмар гетероциклічних кілець нуклеотидних основ ДНК та барвника Cyan 40 методами ab initio. Запропоновано механізм взаємодії...

Повний опис

Збережено в:

Бібліографічні деталі
Дата:	2003
Автори:	Яковенко, О.Я., Голуб, А.Г., Лосицький, М.Ю., Бджола, В.Г., Ярмолюк, С.М.
Формат:	Стаття
Мова:	Ukrainian
Опубліковано:	Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 2003
Назва видання:	Біополімери і клітина
Теми:	Біоорганічна хімія
Онлайн доступ:	http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/156384
Теги:	Додати тег Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
Назва журналу:	Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
Цитувати:	Взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. Механізм взаємодії монометинового ціанінового барвника Cyan 40 з двоспіральною ДНК: дослідження методами комп'ютерного моделювання / О.Я. Яковенко, А.Г. Голуб, М.Ю. Лосицький, В.Г. Бджола, С.М. Ярмолюк // Вiopolymers and Cell. — 2003. — Т. 19, № 1. — С. 93-98. — Бібліогр.: 6 назв. — укр.

Репозитарії

Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine

id	irk-123456789-156384
record_format	dspace
spelling	irk-123456789-1563842019-06-19T01:28:40Z Взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. Механізм взаємодії монометинового ціанінового барвника Cyan 40 з двоспіральною ДНК: дослідження методами комп'ютерного моделювання Яковенко, О.Я. Голуб, А.Г. Лосицький, М.Ю. Бджола, В.Г. Ярмолюк, С.М. Біоорганічна хімія Механізм взаємодії ціанінового барвника Cyan 40 з молекулами ДНК вивчено методами комп'ютерного моделювання. Оцінено енергію взаємодії термінальних частин ππ-електронних хмар гетероциклічних кілець нуклеотидних основ ДНК та барвника Cyan 40 методами ab initio. Запропоновано механізм взаємодії Cyan 40 з молекулами ДНК відповідно до моделі повної інтеркаляції. На основі комбінованих розрахунків методами Amber, ММ+, AM J, РМЗ та ab initio доведено енергетичну вигідність зв'язування Cyan 40 з ДНК за механізмом повної інтеркаляції порівняно з механізмом напівінтеркаляції. Знайдено ряд метастанів, що ілюструють гіпотезу послідовної взаємодії Cyan 40 з ДНК в три етапи: асоціація з ДНК у малій борозенці, взаємодія з ДНК за типом напівінтеркаляції бензотіазоловим кільцем та остаточна фіксація Cyan 40 між парами основ ДНК за механізмом повної інтеркаляції. Механизм взаимодействия цианинового красителя Cyan 40 с молекулами ДНК изучен методами компьютерного моделирования. Оценена энергия взаимодействия терминальных тетей π-электронных облаков гетероциклических колец нуклеотидных оснований ДИК и красителя Cyan 40 методами ab initio. Предложен механизм взаимодействия Cyan 40 с молекулами ДНК согласно модели полной интеркаляции. На основании комбинированных расчетов методами Amber, ММ+, AMU РМЗ и ab initio доказана энергетическая выгодность связывания Cyan 40 с ДНК по механизму полной интеркаляции по сравнению с механизмом полу интеркаляции. Найден ряд метасостояний, иллюстрирующих гипотезу последовательного взаимодействия Cyan 40 с ДНК в три этапа: ассоциация с ДНК в малой бороздке, взаимодействие с ДНК по типу полуинтеркаляции бензотиазоловым кольцом и окончательная фиксация Cyan 40 между парами оснований ДНК по механизму полной интеркаляции. The mechanism of interaction of cyanine dye Cyan 40 and DNA was studied by molecular modelling methods. The energy of interaction of the terminal parts of π-electrons clouds of aromatic heterocycles of DNA bases with Cyan 40 molecule was calculated by ab initio methods. We supposed that Cyan 40 interacted with dsDNA according to full-intercalation binding mode. Using combination of Amber, MM+, AMI, PM3 and ab initio calculation methods, the full-intercalation interaction of Cyan 40 with DNA was proved to be more favourable energetically than half-intercalation one. The series of the dye-DNA complex metastates were found, illustrating the hypothesis of three consequent stages of Cyan 40 interaction with DNA: (1) association of Cyan 40 with DNA minor groove, (2) interaction by half-intercalation mechanism, and (3) fixation of Cyan 40 between DNA bases pairs by the mechanism of full-intercalation. 2003 Article Взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. Механізм взаємодії монометинового ціанінового барвника Cyan 40 з двоспіральною ДНК: дослідження методами комп'ютерного моделювання / О.Я. Яковенко, А.Г. Голуб, М.Ю. Лосицький, В.Г. Бджола, С.М. Ярмолюк // Вiopolymers and Cell. — 2003. — Т. 19, № 1. — С. 93-98. — Бібліогр.: 6 назв. — укр. 0233-7657 DOI:http://dx.doi.org/10.7124/bc.000641 http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/156384 577.366 + 577.113.7 uk Біополімери і клітина Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
institution	Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
collection	DSpace DC
language	Ukrainian
topic	Біоорганічна хімія Біоорганічна хімія
spellingShingle	Біоорганічна хімія Біоорганічна хімія Яковенко, О.Я. Голуб, А.Г. Лосицький, М.Ю. Бджола, В.Г. Ярмолюк, С.М. Взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. Механізм взаємодії монометинового ціанінового барвника Cyan 40 з двоспіральною ДНК: дослідження методами комп'ютерного моделювання Біополімери і клітина
description	Механізм взаємодії ціанінового барвника Cyan 40 з молекулами ДНК вивчено методами комп'ютерного моделювання. Оцінено енергію взаємодії термінальних частин ππ-електронних хмар гетероциклічних кілець нуклеотидних основ ДНК та барвника Cyan 40 методами ab initio. Запропоновано механізм взаємодії Cyan 40 з молекулами ДНК відповідно до моделі повної інтеркаляції. На основі комбінованих розрахунків методами Amber, ММ+, AM J, РМЗ та ab initio доведено енергетичну вигідність зв'язування Cyan 40 з ДНК за механізмом повної інтеркаляції порівняно з механізмом напівінтеркаляції. Знайдено ряд метастанів, що ілюструють гіпотезу послідовної взаємодії Cyan 40 з ДНК в три етапи: асоціація з ДНК у малій борозенці, взаємодія з ДНК за типом напівінтеркаляції бензотіазоловим кільцем та остаточна фіксація Cyan 40 між парами основ ДНК за механізмом повної інтеркаляції.
format	Article
author	Яковенко, О.Я. Голуб, А.Г. Лосицький, М.Ю. Бджола, В.Г. Ярмолюк, С.М.
author_facet	Яковенко, О.Я. Голуб, А.Г. Лосицький, М.Ю. Бджола, В.Г. Ярмолюк, С.М.
author_sort	Яковенко, О.Я.
title	Взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. Механізм взаємодії монометинового ціанінового барвника Cyan 40 з двоспіральною ДНК: дослідження методами комп'ютерного моделювання
title_short	Взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. Механізм взаємодії монометинового ціанінового барвника Cyan 40 з двоспіральною ДНК: дослідження методами комп'ютерного моделювання
title_full	Взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. Механізм взаємодії монометинового ціанінового барвника Cyan 40 з двоспіральною ДНК: дослідження методами комп'ютерного моделювання
title_fullStr	Взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. Механізм взаємодії монометинового ціанінового барвника Cyan 40 з двоспіральною ДНК: дослідження методами комп'ютерного моделювання
title_full_unstemmed	Взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. Механізм взаємодії монометинового ціанінового барвника Cyan 40 з двоспіральною ДНК: дослідження методами комп'ютерного моделювання
title_sort	взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. механізм взаємодії монометинового ціанінового барвника cyan 40 з двоспіральною днк: дослідження методами комп'ютерного моделювання
publisher	Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
publishDate	2003
topic_facet	Біоорганічна хімія
url	http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/156384
citation_txt	Взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. Механізм взаємодії монометинового ціанінового барвника Cyan 40 з двоспіральною ДНК: дослідження методами комп'ютерного моделювання / О.Я. Яковенко, А.Г. Голуб, М.Ю. Лосицький, В.Г. Бджола, С.М. Ярмолюк // Вiopolymers and Cell. — 2003. — Т. 19, № 1. — С. 93-98. — Бібліогр.: 6 назв. — укр.
series	Біополімери і клітина
work_keys_str_mv	AT âkovenkooâ vzaêmodíâcíanínovihbarvnikívznukleínovimikislotamimehanízmvzaêmodíímonometinovogocíanínovogobarvnikacyan40zdvospíralʹnoûdnkdoslídžennâmetodamikompûternogomodelûvannâ AT golubag vzaêmodíâcíanínovihbarvnikívznukleínovimikislotamimehanízmvzaêmodíímonometinovogocíanínovogobarvnikacyan40zdvospíralʹnoûdnkdoslídžennâmetodamikompûternogomodelûvannâ AT losicʹkijmû vzaêmodíâcíanínovihbarvnikívznukleínovimikislotamimehanízmvzaêmodíímonometinovogocíanínovogobarvnikacyan40zdvospíralʹnoûdnkdoslídžennâmetodamikompûternogomodelûvannâ AT bdžolavg vzaêmodíâcíanínovihbarvnikívznukleínovimikislotamimehanízmvzaêmodíímonometinovogocíanínovogobarvnikacyan40zdvospíralʹnoûdnkdoslídžennâmetodamikompûternogomodelûvannâ AT ârmolûksm vzaêmodíâcíanínovihbarvnikívznukleínovimikislotamimehanízmvzaêmodíímonometinovogocíanínovogobarvnikacyan40zdvospíralʹnoûdnkdoslídžennâmetodamikompûternogomodelûvannâ
first_indexed	2023-05-20T17:49:31Z
last_indexed	2023-05-20T17:49:31Z
_version_	1796154186478387200

Репозитарії

Схожі ресурси