Identification of novel TDRD7 isoforms

Identification of novel TDRD7 isoforms

Aim. The aim of our study was to investigate the tudor domain-containing protein 7 (TDRD7 ) subcellular localization, which could be linked to diverse functions of this protein within the cell. Methods. In this study we employed cell imaging technique for detecting TDRD7 subcellular localization,...

Повний опис

Збережено в:
Бібліографічні деталі
Дата:2011
Автори: Skorokhod, O.M., Gudkova, D.O., Filonenko, V.V.
Формат: Стаття
Мова:English
Опубліковано: Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 2011
Назва видання:Вiopolymers and Cell
Теми:
Structure and Function of Biopolymers
Онлайн доступ:http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/156491
Теги: Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
Назва журналу:Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
Цитувати:Identification of novel TDRD7 isoforms / O.M. Skorokhod, D.O. Gudkova, V.V. Filonenko // Вiopolymers and Cell. — 2011. — Т. 27, № 6. — С. 459-453. — Бібліогр.: 27 назв. — англ.

Репозитарії

Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
id irk-123456789-156491
record_format dspace
institution Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
collection DSpace DC
language English
topic Structure and Function of Biopolymers
Structure and Function of Biopolymers
spellingShingle Structure and Function of Biopolymers
Structure and Function of Biopolymers
Skorokhod, O.M.
Gudkova, D.O.
Filonenko, V.V.
Identification of novel TDRD7 isoforms
Вiopolymers and Cell
description Aim. The aim of our study was to investigate the tudor domain-containing protein 7 (TDRD7 ) subcellular localization, which could be linked to diverse functions of this protein within the cell. Methods. In this study we employed cell imaging technique for detecting TDRD7 subcellular localization, Western blot analysis of HEK293 cell fractions with anti-TDRD7 monoclonal antibodies and bioinformatical search of possible TDRD7 isoforms in Uniprot, Ensemble, UCSC databases. Results. We have observed specific TDRD7-containing structures in cytoplasm as well as in the nucleus in HEK293 cells. The Western blot analysis of subcellular fractions (cytoplasm, mitochondria, nucleus) allowed us to detect three lower immunoreactive bands, with the aproximate molecular weight of 130, 110 and 60 kDa (we termed them as TDRD7b, TDRD7g and TDRD7d) and specific subcellular localization. The bioinformatical analysis of TDRD7 primary structure allowed us to determine two alternative transcripts from TDRD7 gene coding for proteins with calculated molecular weight of 130 and 60 kDa. Conclusion. The presented data demonstrate the existence at protein level of potential TDRD7 isoforms: TDRD7b, TDRD7g and TDRD7d. The expression profile of these splice variants and their role in cells remains to be elucidated. Keywords: TDRD7, S6 kinase, isoform, piRNAs, translation.
format Article
author Skorokhod, O.M.
Gudkova, D.O.
Filonenko, V.V.
author_facet Skorokhod, O.M.
Gudkova, D.O.
Filonenko, V.V.
author_sort Skorokhod, O.M.
title Identification of novel TDRD7 isoforms
title_short Identification of novel TDRD7 isoforms
title_full Identification of novel TDRD7 isoforms
title_fullStr Identification of novel TDRD7 isoforms
title_full_unstemmed Identification of novel TDRD7 isoforms
title_sort identification of novel tdrd7 isoforms
publisher Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
publishDate 2011
topic_facet Structure and Function of Biopolymers
url http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/156491
citation_txt Identification of novel TDRD7 isoforms / O.M. Skorokhod, D.O. Gudkova, V.V. Filonenko // Вiopolymers and Cell. — 2011. — Т. 27, № 6. — С. 459-453. — Бібліогр.: 27 назв. — англ.
series Вiopolymers and Cell
work_keys_str_mv AT skorokhodom identificationofnoveltdrd7isoforms
AT gudkovado identificationofnoveltdrd7isoforms
AT filonenkovv identificationofnoveltdrd7isoforms
first_indexed 2023-05-20T17:49:39Z
last_indexed 2023-05-20T17:49:39Z
_version_ 1796154181379162112
spelling irk-123456789-1564912019-06-19T01:28:45Z Identification of novel TDRD7 isoforms Skorokhod, O.M. Gudkova, D.O. Filonenko, V.V. Structure and Function of Biopolymers Aim. The aim of our study was to investigate the tudor domain-containing protein 7 (TDRD7 ) subcellular localization, which could be linked to diverse functions of this protein within the cell. Methods. In this study we employed cell imaging technique for detecting TDRD7 subcellular localization, Western blot analysis of HEK293 cell fractions with anti-TDRD7 monoclonal antibodies and bioinformatical search of possible TDRD7 isoforms in Uniprot, Ensemble, UCSC databases. Results. We have observed specific TDRD7-containing structures in cytoplasm as well as in the nucleus in HEK293 cells. The Western blot analysis of subcellular fractions (cytoplasm, mitochondria, nucleus) allowed us to detect three lower immunoreactive bands, with the aproximate molecular weight of 130, 110 and 60 kDa (we termed them as TDRD7b, TDRD7g and TDRD7d) and specific subcellular localization. The bioinformatical analysis of TDRD7 primary structure allowed us to determine two alternative transcripts from TDRD7 gene coding for proteins with calculated molecular weight of 130 and 60 kDa. Conclusion. The presented data demonstrate the existence at protein level of potential TDRD7 isoforms: TDRD7b, TDRD7g and TDRD7d. The expression profile of these splice variants and their role in cells remains to be elucidated. Keywords: TDRD7, S6 kinase, isoform, piRNAs, translation. Мета. Мета досліджень полягала у вивченні внутрішньоклітинної локалізації TDRD7, що може бути пов’язано з різними функціями даного білка в клітинах. Методи. Застосовано метод імуноцитохімії для детекції субклітинної локалізації TDRD7, вестерн-блот аналіз клітинних фракцій НЕК293 з використанням анти-TDRD7 моноклональних антитіл та біоінформатичний пошук можливих ізоформ TDRD7 у базах даних Uniprot, Ensemble, UCSC. Результати. Специфічні TDRD7-вмісні структури виявлено в цитоплазмі, а також у ядрах клітин НЕК293. Імуноблотаналізом субклітинних фракцій (цитоплазма, мітохондрії, ядро) детектовано три імунореактивні смуги з молекулярними масами 130, 110 і 60 кДа (ми назвали їх TDRD7b, TDRD7g і TDRD7d), які до сьогодні не були охарактеризовані. Біоінформатичним аналізом первинної структури TDRD7 визначено два альтернативних транскрипти TDRD7-гена, продукти трансляції яких відповідають двом гіпотетичним ізоформам, ідентифікованим в імуноблоті (TDRD7b (130 кДа) та TDRD7d (60 кДа)). Висновки. Отримані дані вказують на можливість існування потенційних ізоформ TDRD7: TDRD7b, TDRD7g і TDRD7d у клітинах НЕК293 на білковому рівні. З’ясування особливостей експресії та ролі нових форм TDRD7 у клітинах потребує подальших досліджень. Ключові слова: TDRD7, S6 кіназа, ізоформа, піРНК, трансляція. Цель. Цель исследования состояла в изучении внутриклеточной локализации TDRD7, что может быть связано с различными функциями данного белка в клетках. Методы. Применен метод иммуноцитохимии для детекции субклеточной локализации TDRD7, вестерн-блот анализ клеточных фракций НЕК293 с использовавнием анти-TDRD7 моноклональных антител и биоин - форматический поиск возможных изоформ TDRD7 в базах данных Uniprot, Ensemble, UCSC. Результаты. Специфические TDRD7-содержащие структуры выявлены в цитоплазме, а также в ядрах клеток НЕК293. Иммуноблот-анализом субклеточных фракций (цитоплазма, митохондрии, ядро) определены три иммунореактивные полосы с молекулярными массами 130, 110 и 60 кДа (мы назвали их TDRD7b, TDRD7g и TDRD7d), которые до настоящего времени не были охарактеризованы. Биоинформатическим анализом первичной структуры TDRD7 детектированы два альтернативных транскрипта TDRD7-гена, продукты трансляции которых соответствуют двум гипотетическим изоформам, идентифицированным в иммуноблоте (TDRD7b (130 кДа) и TDRD7d (60 кДа)). Выводы. Полученные данные указывают на возможность существования потенциальных изоформ TDRD7: TDRD7b, TDRD7g и TDRD7d в клетках НЕК293 на белковом уровне. Выяснение особенностей экспрессии и роли новых форм TDRD7 в клетках требует дальнейших исследований. Ключевые слова: TDRD7, S6 киназа, изоформа, пиРНК, трансляция. 2011 Article Identification of novel TDRD7 isoforms / O.M. Skorokhod, D.O. Gudkova, V.V. Filonenko // Вiopolymers and Cell. — 2011. — Т. 27, № 6. — С. 459-453. — Бібліогр.: 27 назв. — англ. 0233-7657 DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.000118 http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/156491 577.217 en Вiopolymers and Cell Інститут молекулярної біології і генетики НАН України

Схожі ресурси