Связывание производного актиноцина с фрагментами ДНК: моделирование методом Монте Карло

• Дата: 2007
• Автор: Шестопалова, A.V.
• Формат: Стаття
• Мова: Russian
• Опубліковано: Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 2007
• Назва видання: Біополімери і клітина
• Теми: Молекулярна біофізика
• Онлайн доступ: http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/156907
• Назва журналу: Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
• Цитувати: Связывание производного актиноцина с фрагментами ДНК: моделирование методом Монте Карло / А.В. Шестопалова // Біополімери і клітина. — 2007. — Т. 23, № 1. — С. 35-44. — Бібліогр.: 22 назв. — рос., англ.

Методом Монте Карло проведено компьютерное моделирование взаимодействия фрагментов ДНК и производного актиноцина (АсШ) с учетом водного окружения. Получены низкоэнергетиче­ские молекулярные структуры, соответствующие наиболее вероятным типам взаимодейст­вия — связыванию АсШ в малом желобке и интеркаляиии Actll в GC-сайт с разной стехиомет­рией комплексов. Показано, что стабильность комплексов обусловлена Ван-дер-Ваальсовыми и электростатическими взаимодействиями, а также взаимодействием с водным окружением, молекулы которого вносят дополнительную стабилизацию за счет образования мостиков между донорско-акцепторными группами фрагментов ДНК и лигандов. Определены возможные размеры мест связывания АсШ в малом желобке ДНК, составляющие 3—4 пары нуклеотидов (п. н.) на молекулу лиганда. При интеркаляции молекул АсШ в GC-сайт размеры мест связывания очевидно больше 4 п. н. на молекулу лиганда. Полученные результаты согласуются с данными эксперимен­тальных исследований.