C-methods to study 3D organization of the eukaryotic genome

• Дата: 2012
• Автори: Gavrilov, A.A., Razin, S.V., Iarovaia, O.V.
• Формат: Стаття
• Мова: English
• Опубліковано: Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 2012
• Назва видання: Вiopolymers and Cell
• Теми: Reviews
• Онлайн доступ: http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/156937
• Назва журналу: Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
• Цитувати: C-methods to study 3D organization of the eukaryotic genome / A.A. Gavrilov, S.V. Razin, O.V. Iarovaia // Вiopolymers and Cell. — 2012. — Т. 28, № 4. — С. 245-251. — Бібліогр.: 41 назв. — англ.

В последнее время становится все более очевидным, что пространственная организация эукариотического генома играет важную роль в регуляции экспрессии генов. Трехмерную (3D) организацию генома можно исследовать с помощью различных видов микроскопии, в частности, совмещенных с техникой флуоресцентной in situ гибридизации (FISH). Однако когда речь заходит об анализе пространственных взаимодействий между специфическими участками генома, намного более эффективными оказываются методы фиксации конформации хромосомы (3С). Они основаны на предпочтительном лигировании фрагментов ДНК, сшитых через белковые мостики в живых клетках посредством формальдегидной фиксации. Предполагается, что такие мостики связывают фрагменты ДНК, расположенные в непосредственной близости в ядре. В обзоре описаны существующие на сегодня методы фиксации конформации хромосомы – от 3С и ChIP-loop до Hi-C и ChiA- PET, объединенные под общим названием «С»-методы. Клюевые слова: фиксация конформации хромосомы (3С), пространственная организация генома.