Исследование влияния консервативной мутации Leu10→Ile на внутримолекулярную подвижность ВИЧ-1 протеазы методом молекулярной динамики

• Дата: 2004
• Автори: Ковальский, Д.Б., Дубина, В.М., Корнелюк, А.И.
• Формат: Стаття
• Мова: Russian
• Опубліковано: Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 2004
• Назва видання: Біополімери і клітина
• Теми: Структура та функції біополімерів
• Онлайн доступ: http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/157987
• Назва журналу: Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
• Цитувати: Исследование влияния консервативной мутации Leu10→Ile на внутримолекулярную подвижность ВИЧ-1 протеазы методом молекулярной динамики / Д.Б. Ковальский, В.М. Дубина, А.И. Корнелюк // Біополімери і клітина. — 2004. — Т. 20, № 4. — С. 321-324. — Бібліогр.: 8 назв. — рос.

ВИЧ-протеаза является основной мишенью для создания антиретровирусных препаратов. Однако при использовании ингибиторов появляются резистентные штаммы ВИЧ, содержащие мутации в структуре протеазы. При изучении молекулярных механизмов резистентности ВИЧ-1 протеа­зы к ингибиторам необходимо учитывать вклад отдельных точечных мутаций в суммарный эффект увеличения резистентности. Дистальные мутации (аминокислотные остатки, неспосредственно не контактирующие с ингибитором) мало влияют на конформацию ВИЧ-1 протеазы, но могут изменять молекулярную динамику белка- В данной работе изучено влияние дистальной мутации Leu10→ Ile на конформационную подвижность ВИЧ-1 протеазы. Для этого проведено компьютерное моделирование молекулярной динамики мутанта Leu10→ Ile ВИЧ-1 протеазы в течение 10 не. Результаты расчетов для мутанта Leu10 Не сравнены с данными по динамике нашивной протеазы. Существенная консолидация среднеквадратичного отклонения Сα атомов мутанта Leu10→ Ile Не свидетельствует об увеличении стабильности пространственной структу­ры ВИЧ-1 протеазы в течение изученного временного интервала. Перераспределение среднеквадра­тичных флуктуации атомов относительно их позиций, а также изменение направления медлен­ных движений протеазы указывают на влияние данной мутации на динамику ВИЧ-1 протеазы, вызывающее увеличение конформационной жесткости. Обсуждается возможное влияние изменения молекулярной динамики протеазы на устойчивость протеазы к ингибиторам.