Поиск in silico у актиномицетов паттернов, гомологичных LndJ-белку Streptomyces globisporus 1912

Поиск in silico у актиномицетов паттернов, гомологичных LndJ-белку Streptomyces globisporus 1912

The aim – to identify distribution of LndJ-like proteins among microorganisms and homology of their patterns. Method. Available Internet databases of information about primary structure of microbial DNAs and proteins on server NCBI were used. In silico analysis of Internet bases was done using avail...

Повний опис

Збережено в:
Бібліографічні деталі
Видавець:Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
Дата:2013
Автори: Полищук, Л.В., Лукьянчук, В.В.
Формат: Стаття
Мова:Russian
Опубліковано: Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 2013
Назва видання:Фактори експериментальної еволюції організмів
Теми:
Аналіз та оцінка генетичних ресурсів
Онлайн доступ:http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/177712
Теги: Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
Цитувати:Поиск in silico у актиномицетов паттернов, гомологичных LndJ-белку Streptomyces globisporus 1912 / Л.В. Полищук, В.В. Лукьянчук // Фактори експериментальної еволюції організмів: Зб. наук. пр. — 2013. — Т. 13. — С. 88-92. — Бібліогр.: 2 назв. — рос.

Репозиторії

Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
id irk-123456789-177712
record_format dspace
spelling irk-123456789-1777122021-02-17T01:28:04Z Поиск in silico у актиномицетов паттернов, гомологичных LndJ-белку Streptomyces globisporus 1912 Полищук, Л.В. Лукьянчук, В.В. Аналіз та оцінка генетичних ресурсів The aim – to identify distribution of LndJ-like proteins among microorganisms and homology of their patterns. Method. Available Internet databases of information about primary structure of microbial DNAs and proteins on server NCBI were used. In silico analysis of Internet bases was done using available technical possibilities of program BLAST. The criterion for patterns selection was amino acid sequence of LndJ-protein of Streptomyces globisporus 1912. Results. Wide spreading of LndJ-homologous patterns among microorganisms of different taxonomic groups was detected, but the majority (97,6 %) is representatives of type Actinobacteria. The presence of LndJ-pattern orthologs with varying degree of homology (42 % to 95 %) was shown in 11 anguacyclines producing strains. Two of them each had two patterns for LndJ-paralogs (S. fradiae 2717 and Micromonospora sp. Tu6368). Strains S. antibioticus Tu6040 and S. globisporus 1912 each had (from 2 antiporters) only one ortholog of LndJ pattern. Conclusion. Antiporters with varying degrees of similarity to LndJ-protein are widespread among microorganisms as defense against their own antibiotics well as in ones that do not produce any biocides. Key words: pattern, amino acid structure, homology, antiporter, resistance. 2013 Article Поиск in silico у актиномицетов паттернов, гомологичных LndJ-белку Streptomyces globisporus 1912 / Л.В. Полищук, В.В. Лукьянчук // Фактори експериментальної еволюції організмів: Зб. наук. пр. — 2013. — Т. 13. — С. 88-92. — Бібліогр.: 2 назв. — рос. 2219-3782 http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/177712 ru Фактори експериментальної еволюції організмів Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
institution Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
collection DSpace DC
language Russian
topic Аналіз та оцінка генетичних ресурсів
Аналіз та оцінка генетичних ресурсів
spellingShingle Аналіз та оцінка генетичних ресурсів
Аналіз та оцінка генетичних ресурсів
Полищук, Л.В.
Лукьянчук, В.В.
Поиск in silico у актиномицетов паттернов, гомологичных LndJ-белку Streptomyces globisporus 1912
Фактори експериментальної еволюції організмів
description The aim – to identify distribution of LndJ-like proteins among microorganisms and homology of their patterns. Method. Available Internet databases of information about primary structure of microbial DNAs and proteins on server NCBI were used. In silico analysis of Internet bases was done using available technical possibilities of program BLAST. The criterion for patterns selection was amino acid sequence of LndJ-protein of Streptomyces globisporus 1912. Results. Wide spreading of LndJ-homologous patterns among microorganisms of different taxonomic groups was detected, but the majority (97,6 %) is representatives of type Actinobacteria. The presence of LndJ-pattern orthologs with varying degree of homology (42 % to 95 %) was shown in 11 anguacyclines producing strains. Two of them each had two patterns for LndJ-paralogs (S. fradiae 2717 and Micromonospora sp. Tu6368). Strains S. antibioticus Tu6040 and S. globisporus 1912 each had (from 2 antiporters) only one ortholog of LndJ pattern. Conclusion. Antiporters with varying degrees of similarity to LndJ-protein are widespread among microorganisms as defense against their own antibiotics well as in ones that do not produce any biocides. Key words: pattern, amino acid structure, homology, antiporter, resistance.
format Article
author Полищук, Л.В.
Лукьянчук, В.В.
author_facet Полищук, Л.В.
Лукьянчук, В.В.
author_sort Полищук, Л.В.
title Поиск in silico у актиномицетов паттернов, гомологичных LndJ-белку Streptomyces globisporus 1912
title_short Поиск in silico у актиномицетов паттернов, гомологичных LndJ-белку Streptomyces globisporus 1912
title_full Поиск in silico у актиномицетов паттернов, гомологичных LndJ-белку Streptomyces globisporus 1912
title_fullStr Поиск in silico у актиномицетов паттернов, гомологичных LndJ-белку Streptomyces globisporus 1912
title_full_unstemmed Поиск in silico у актиномицетов паттернов, гомологичных LndJ-белку Streptomyces globisporus 1912
title_sort поиск in silico у актиномицетов паттернов, гомологичных lndj-белку streptomyces globisporus 1912
publisher Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
publishDate 2013
topic_facet Аналіз та оцінка генетичних ресурсів
url http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/177712
citation_txt Поиск in silico у актиномицетов паттернов, гомологичных LndJ-белку Streptomyces globisporus 1912 / Л.В. Полищук, В.В. Лукьянчук // Фактори експериментальної еволюції організмів: Зб. наук. пр. — 2013. — Т. 13. — С. 88-92. — Бібліогр.: 2 назв. — рос.
series Фактори експериментальної еволюції організмів
work_keys_str_mv AT poliŝuklv poiskinsilicouaktinomicetovpatternovgomologičnyhlndjbelkustreptomycesglobisporus1912
AT lukʹânčukvv poiskinsilicouaktinomicetovpatternovgomologičnyhlndjbelkustreptomycesglobisporus1912
first_indexed 2023-10-18T22:44:16Z
last_indexed 2023-10-18T22:44:16Z
_version_ 1796156302501609472

Схожі ресурси