Комп’ютерне моделювання комплексу гліциризину з протеазою SARS-CoV-2 — мішенню для розробки противірусних препаратів

• Дата: 2022
• Автори: Савицький, О.В., Корнелюк, О.І.
• Формат: Стаття
• Мова: Ukrainian
• Опубліковано: Видавничий дім "Академперіодика" НАН України 2022
• Назва видання: Доповіді НАН України
• Теми: Біохімія
• Онлайн доступ: http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/184937
• Назва журналу: Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
• Цитувати: Комп’ютерне моделювання комплексу гліциризину з протеазою SARS-CoV-2 — мішенню для розробки противірусних препаратів / О.В. Савицький, О.І. Корнелюк // Доповіді Національної академії наук України. — 2022. — № 1. — С. 115-123. — Бібліогр.: 12 назв. — укр.

Основна протеїназа вірусу SARS-CoV-2 (3CLpro) контролює активність реплікаційного комплексу вірусу і завдяки цьому є можливою мішенню для розробки специфічних інгібіторів. Під час розробки лікарських препаратів проти SARS-CoV-2 велика увага приділяється відомим раніше ефективним хімічним сполукам. Однією з таких сполук може бути гліциризин — тритерпеноїдний сапонін, виділений із коріння солодки (Glycyrrhizae radix). У роботі наведено результати комп’ютерного моделювання комплексу гліциризину з протеазою вірусу SARS-CoV-2, проведеного з метою вивчення механізму зв’язування гліциризину в активному центрі протеази та можливого інгібування каталітичної активності ключового ферменту. Виконано молекулярний докінг гліциризину зі структурою 3CLpro SARS-CoV-2 з відкритою каталітичною петлею, отриманою з траєкторії молекулярної динаміки на 694 нс часу симуляції. Встановлено, що енергія зв’язування для кращого структурного комплексу гліциризину з 3CLpro SARS-CoV-2 становить —10,723 ккал/моль, причому гліциризин формує дев’ять водневих зв’язків з амінокислотними залишками протеази Thr26, Asn119, Asn142, Glu166, Arg188 та Gln189.