Первинний аналіз результатів всегеномного пошуку генів відповіді на дію інтерферону альфа

• Дата: 2010
• Автори: Драгущенко, О.О., Токовенко, Б.Т., Оболенська, М.Ю.
• Формат: Стаття
• Мова: Ukrainian
• Опубліковано: Інститут біохімії ім. О.В. Палладіна НАН України 2010
• Назва видання: Український біохімічний журнал
• Теми: Експериментальні роботи
• Онлайн доступ: http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/19027
• Назва журналу: Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
• Цитувати: Первинний аналіз результатів всегеномного пошуку генів відповіді на дію інтерферону альфа / О.О. Драгущенко, Б.Т. Токовенко, М.Ю. Оболенська // Укр. біохім. журн. — 2010. — Т. 82, № 1. — С. 82-89. — Бібліогр.: 18 назв. — укр.

У роботі проведено первинний аналіз потенційних генів відповіді на дію ІФНα, які було виявлено у процесі пошуку їх в геномі щура за допомогою розробленої в нашій лабораторії програми COTR ASIF. З цією метою застосовано веб-інструменти FatiGO і GOTM, з використанням системи IHOP проведено пошук у літературі, гени класифіковані за концептуальною схемою «Онтології генів» (ОГ, англ. «Gene Ontology») та ранжировані за першочерговістю їх для експериментальної перевірки. Базуючись на результатах проведеного аналізу, серед 162 генів імовірної первинної відповіді на дію ІФНα виокремили групу із 61 гена, для яких існують експериментальні підтвердження відповіді їх на дію ІФНα; для інших генів з нашого переліку (101) таких підтверджень не знайдено, тобто вони «невідомі» як такі, що регульовані інтерфероном. На основі функціонального аналізу «невідомих» генів за схемою «Онтології генів» виявлено, що ця група є збагаченою на гени функціональної категорії «компонент синапсу». Ця категорія представлена трьома генами Rattus norvegicus: PRKCA-binding protein, NMDAR–L, GABAA – receptor subunit alpha-2. Серед 162 генів імовірної первинної відповіді на дію ІФНα виявлено збагачену категорію «імунна відповідь», що містить ген Mbl1, який також належить до групи «невідомих». Ці гени обрано першими на черзі для подальшої експериментальної перевірки регуляції їх інтерфероном.