Реконструкція моделі мультипротеїнового комплексу, критичного для ліпідизації білка ATG8 під час формування аутофагосоми у рослин

• Date: 2025
• Main Authors: Булгаков, І.В., Раєвський, О.В., Блюм, Я.Б.
• Format: Article
• Language: Ukrainian
• Published: Видавничий дім "Академперіодика" НАН України 2025
• Series: Доповіді НАН України
• Subjects: Біологія
• Online Access: https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/206387
• Journal Title: Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
• Cite this: Реконструкція моделі мультипротеїнового комплексу, критичного для ліпідизації білка ATG8 під час формування аутофагосоми у рослин / І.В. Булгаков, О.В. Раєвський, Я.Б. Блюм // Доповіді Національної академії наук України. — 2025. — № 1. — С. 68-76. — Бібліогр.: 20 назв. — укр.

Дослідження спрямовано на вивчення молекулярної природи взаємодії білків ортологів ATG12-ATG5-ATG16 та ATG8 систем кон’югації рослин і людини з подальшим докінгом in silico для здійснення подальшої інтеграції в мультимерний комплекс з додаванням білка, що взаємодіє з фосфоінозитидом 2 (WIPI2), та їх відтворення за участю тваринних ортологів систем кон’югації біогенезу аутофагосом. Ґрунтовне розуміння теоретичних і практичних аспектів сучасних комп’ютерних технологій має важливе значення для розроблення надійних обчислювальних методів. Впровадження цих методів у поєднанні з глибоким аналізом наукової літератури створює міцну основу для дослідження конформаційних змін білків. Створюючи розрахункові варіації відомої структури білка і забезпечуючи відповідний контент для відтворення та інтерпретації конформаційних змін, можна ідентифікувати функціональні стани, які відповідають специфічним вимогам певної системи. Методи комп’ютерного моделювання дають можливість будувати структурні моделі і відтворювати міжмолекулярні взаємодії. Це дає змогу краще оцінити потенційну взаємодію між майбутніми інгібіторами або лігандами та мішенню. Автори використали моделювання in silico для прогнозування та з’ясування потенційних взаємодій між компонентами мультибілкового комплексу. Вивчено і виявлено особливості молекулярної взаємодії між ортологами ATG12, ATG5 та ATG16 і ATG8 у системах кон’югації рослин і людини. За допомогою методів класичної біоінформатики і молекулярного моделювання створено і повною мірою опрацьовано модель відповідного комплексу з рослинних білків, з можливістю подальшого його перенесення на мембрану та детального розгляду функцій його окремих елементів.