Динамічне формування β-тяжової структури в активному центрі тирозил-тРНК синтетази еубактерії Mycobacterium tuberculosis за даними молекулярної динаміки

• Дата: 2012
• Автори: Микуляк, В.В., Корнелюк, О.І.
• Формат: Стаття
• Мова: Ukrainian
• Опубліковано: Видавничий дім "Академперіодика" НАН України 2012
• Назва видання: Доповіді НАН України
• Теми: Біологія
• Онлайн доступ: http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/49797
• Назва журналу: Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
• Цитувати: Динамічне формування β-тяжової структури в активному центрі тирозил-тРНК синтетази еубактерії Mycobacterium tuberculosis за даними молекулярної динаміки / В.В. Микуляк, О.І. Корнелюк // Доп. НАН України. — 2012. — № 5. — С. 158-162. — Бібліогр.: 15 назв. — укр.

Тирозил-тРНК синтетаза еубактерії Mycobacterium tuberculosis (MtTyrRS) є перспективною мішенню для розробки селективних інгібіторів, які можуть стати новими лікарськими препаратами проти туберкульозу. З метою вивчення конформаційної рухливості активного центру MtTyrRS проведено моделювання молекулярної динаміки (МД) димеру ферменту в часовому інтервалі 45 нс. Встановлено, що в процесі динаміки в неструктурованій каталітичній петлі MtTyrRS відбувається динамічне формування двох антипаралельних β-тяжів, перший з яких містить амінокислотні залишки Lys234 і Ser235 універсального каталітичного KMSKS-подібного мотиву АРСаз I класу (KFGKS у MtTyrRS). Стабілізована конформація каталітичної петлі MtTyrRS може відіграти важливу роль у зв'язуванні субстратів з активним центром та наступній стабілізації перехідного стану реакції аміноацилювання тРНК^Tyr. Цей висновок підтверджується наявністю подібної β-шпильки в кристалографічній структурі комплексу гомологічної TyrRS Escherichia coli з аналогом тирозиладенілату — проміжного продукту реакції аміноацилювання тРНК^Tyr.