Поиск генов микроРНК в участках генома, содержащих два очень поздних гена вируса ядерного полиэдроза Вombyx mori

• Дата: 2009
• Автори: Ширина, Т.В., Висловух, А.А., Бобровская, М.Т., Козлов, Э.А.
• Формат: Стаття
• Мова: Russian
• Опубліковано: Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 2009
• Теми: Біоінформатика
• Онлайн доступ: http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/5657
• Назва журналу: Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
• Цитувати: Поиск генов микроРНК в участках генома, содержащих два очень поздних гена вируса ядерного полиэдроза Вombyx mori / Т.В. Ширина, А.А. Висловух, М.Т. Бобровская, Э.А. Козлов // Біополімери і клітина. — 2009. — Т. 25, № 3. — С. 226–233. — Бібліогр.: 21 назв. — рос.

Цель. Вирусы ядерного полиэдроза (ВЯП) B. mori кодируют два очень поздних гена – ph и p10. Интерес к поиску генов miR в этих участках генома обусловлен тем, что полиэдры, образующиеся на очень поздней стадии инфекции, включают в себя нетолько вирионы, но и малую РНК длиной 50–60 нуклеотидов. Цель настоящего сообщения состояла в поиске miRs в альтернативных транскриптах, синтезируемых не толь ко с TAAG-промоторного элемента, но и с ТАТА-промоторных элементов, расположенных в участках генома ВЯП B. mori, включающих гены ph и р10. Методы. Поиск miRs осуществляли с помощью биоинформатических программ предсказания miR: MiPred, miRNA SVM, Micropocessor SVM и RNAfold. Результаты. Предсказано, что участок, содержащий ген ph, может кодировать двe miRs (bmoNPV-miR-1ph, bmoNPV-miR-2ph) и один потенциальный (С) предшесвенник miR – bmoNPV-pre-miR-1Cph, не являющийся субстратом для фермента Dicer. Участок, содержащий ген p10, может кодировать одну предсказанную miR – bmoNPV-miR-3p10. Вы воды. Обсуждается возможность регуляции экспрессии предсказанными miRs генов orf 1629 и p74, расположенных в тех же участках комплементарной цепи.