Поиск генов микроРНК в участках генома, содержащих два очень поздних гена вируса ядерного полиэдроза Вombyx mori

Поиск генов микроРНК в участках генома, содержащих два очень поздних гена вируса ядерного полиэдроза Вombyx mori

Цель. Вирусы ядерного полиэдроза (ВЯП) B. mori кодируют два очень поздних гена – ph и p10. Интерес к поиску генов miR в этих участках генома обусловлен тем, что полиэдры, образующиеся на очень поздней стадии инфекции, включают в себя нетолько вирионы, но и малую РНК длиной 50–60 нуклеотидов. Цель на...

Повний опис

Збережено в:
Бібліографічні деталі
Видавець:Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
Дата:2009
Автори: Ширина, Т.В., Висловух, А.А., Бобровская, М.Т., Козлов, Э.А.
Формат: Стаття
Мова:Russian
Опубліковано: Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 2009
Теми:
Біоінформатика
Онлайн доступ:http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/5657
Теги: Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
Цитувати:Поиск генов микроРНК в участках генома, содержащих два очень поздних гена вируса ядерного полиэдроза Вombyx mori / Т.В. Ширина, А.А. Висловух, М.Т. Бобровская, Э.А. Козлов // Біополімери і клітина. — 2009. — Т. 25, № 3. — С. 226–233. — Бібліогр.: 21 назв. — рос.

Репозиторії

Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
id irk-123456789-5657
record_format dspace
spelling irk-123456789-56572010-02-02T12:01:27Z Поиск генов микроРНК в участках генома, содержащих два очень поздних гена вируса ядерного полиэдроза Вombyx mori Ширина, Т.В. Висловух, А.А. Бобровская, М.Т. Козлов, Э.А. Біоінформатика Цель. Вирусы ядерного полиэдроза (ВЯП) B. mori кодируют два очень поздних гена – ph и p10. Интерес к поиску генов miR в этих участках генома обусловлен тем, что полиэдры, образующиеся на очень поздней стадии инфекции, включают в себя нетолько вирионы, но и малую РНК длиной 50–60 нуклеотидов. Цель настоящего сообщения состояла в поиске miRs в альтернативных транскриптах, синтезируемых не толь ко с TAAG-промоторного элемента, но и с ТАТА-промоторных элементов, расположенных в участках генома ВЯП B. mori, включающих гены ph и р10. Методы. Поиск miRs осуществляли с помощью биоинформатических программ предсказания miR: MiPred, miRNA SVM, Micropocessor SVM и RNAfold. Результаты. Предсказано, что участок, содержащий ген ph, может кодировать двe miRs (bmoNPV-miR-1ph, bmoNPV-miR-2ph) и один потенциальный (С) предшесвенник miR – bmoNPV-pre-miR-1Cph, не являющийся субстратом для фермента Dicer. Участок, содержащий ген p10, может кодировать одну предсказанную miR – bmoNPV-miR-3p10. Вы воды. Обсуждается возможность регуляции экспрессии предсказанными miRs генов orf 1629 и p74, расположенных в тех же участках комплементарной цепи. Aim. B. mori nuclear polyhedrosis virus (NPV) codes two very late genes – polyhedrin (ph) and p10. Search for miRs genes in these regions is of interest because the polyhedra, formed at the very late stage of the virus development, include small RNA of 50–60 nt. The present work was aimed at search for potential precursors of miR transcribed from the late promoter element RTAAG and the TATA promoter elements located in the ph and p10 genes regions. Methods. The search was performed using the bioinformatic programs for miR prediction: MiPred, miRNA SVM, Micropocessor SVM, and RNAfold. Results. It has been predicted that the region of ph gene encodes two predicted miRs (bmoNPV-miR-1ph, bmoNPV-miR-2ph) and one predicted potential (C) precursor bmoNPV- pre-miR-1Cph, which is not a Dicer substrate. The region containing p10 gene encodes one predicted miR – bmoNPV-miR- 3p10. Conclusions. A possibility of regulation of the genes orf 1629 and p74 expression by the predicted miRs, located in the same regions of a complementary chain, is assumed. 2009 Article Поиск генов микроРНК в участках генома, содержащих два очень поздних гена вируса ядерного полиэдроза Вombyx mori / Т.В. Ширина, А.А. Висловух, М.Т. Бобровская, Э.А. Козлов // Біополімери і клітина. — 2009. — Т. 25, № 3. — С. 226–233. — Бібліогр.: 21 назв. — рос. 0233-7657 http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/5657 577.214:578.841 ru Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
institution Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
collection DSpace DC
language Russian
topic Біоінформатика
Біоінформатика
spellingShingle Біоінформатика
Біоінформатика
Ширина, Т.В.
Висловух, А.А.
Бобровская, М.Т.
Козлов, Э.А.
Поиск генов микроРНК в участках генома, содержащих два очень поздних гена вируса ядерного полиэдроза Вombyx mori
description Цель. Вирусы ядерного полиэдроза (ВЯП) B. mori кодируют два очень поздних гена – ph и p10. Интерес к поиску генов miR в этих участках генома обусловлен тем, что полиэдры, образующиеся на очень поздней стадии инфекции, включают в себя нетолько вирионы, но и малую РНК длиной 50–60 нуклеотидов. Цель настоящего сообщения состояла в поиске miRs в альтернативных транскриптах, синтезируемых не толь ко с TAAG-промоторного элемента, но и с ТАТА-промоторных элементов, расположенных в участках генома ВЯП B. mori, включающих гены ph и р10. Методы. Поиск miRs осуществляли с помощью биоинформатических программ предсказания miR: MiPred, miRNA SVM, Micropocessor SVM и RNAfold. Результаты. Предсказано, что участок, содержащий ген ph, может кодировать двe miRs (bmoNPV-miR-1ph, bmoNPV-miR-2ph) и один потенциальный (С) предшесвенник miR – bmoNPV-pre-miR-1Cph, не являющийся субстратом для фермента Dicer. Участок, содержащий ген p10, может кодировать одну предсказанную miR – bmoNPV-miR-3p10. Вы воды. Обсуждается возможность регуляции экспрессии предсказанными miRs генов orf 1629 и p74, расположенных в тех же участках комплементарной цепи.
format Article
author Ширина, Т.В.
Висловух, А.А.
Бобровская, М.Т.
Козлов, Э.А.
author_facet Ширина, Т.В.
Висловух, А.А.
Бобровская, М.Т.
Козлов, Э.А.
author_sort Ширина, Т.В.
title Поиск генов микроРНК в участках генома, содержащих два очень поздних гена вируса ядерного полиэдроза Вombyx mori
title_short Поиск генов микроРНК в участках генома, содержащих два очень поздних гена вируса ядерного полиэдроза Вombyx mori
title_full Поиск генов микроРНК в участках генома, содержащих два очень поздних гена вируса ядерного полиэдроза Вombyx mori
title_fullStr Поиск генов микроРНК в участках генома, содержащих два очень поздних гена вируса ядерного полиэдроза Вombyx mori
title_full_unstemmed Поиск генов микроРНК в участках генома, содержащих два очень поздних гена вируса ядерного полиэдроза Вombyx mori
title_sort поиск генов микрорнк в участках генома, содержащих два очень поздних гена вируса ядерного полиэдроза вombyx mori
publisher Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
publishDate 2009
topic_facet Біоінформатика
url http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/5657
citation_txt Поиск генов микроРНК в участках генома, содержащих два очень поздних гена вируса ядерного полиэдроза Вombyx mori / Т.В. Ширина, А.А. Висловух, М.Т. Бобровская, Э.А. Козлов // Біополімери і клітина. — 2009. — Т. 25, № 3. — С. 226–233. — Бібліогр.: 21 назв. — рос.
work_keys_str_mv AT širinatv poiskgenovmikrornkvučastkahgenomasoderžaŝihdvaočenʹpozdnihgenavirusaâdernogopoliédrozavombyxmori
AT vislovuhaa poiskgenovmikrornkvučastkahgenomasoderžaŝihdvaočenʹpozdnihgenavirusaâdernogopoliédrozavombyxmori
AT bobrovskaâmt poiskgenovmikrornkvučastkahgenomasoderžaŝihdvaočenʹpozdnihgenavirusaâdernogopoliédrozavombyxmori
AT kozlovéa poiskgenovmikrornkvučastkahgenomasoderžaŝihdvaočenʹpozdnihgenavirusaâdernogopoliédrozavombyxmori
first_indexed 2023-03-24T08:34:03Z
last_indexed 2023-03-24T08:34:03Z
_version_ 1796139295150440448

Схожі ресурси