Термостат с двухвременной конкурентной динамикой термостатирования

• Дата: 2005
• Автори: Самолетов, А.А., Chaplain, M.A.J.
• Формат: Стаття
• Мова: Russian
• Опубліковано: Донецький фізико-технічний інститут ім. О.О. Галкіна НАН України 2005
• Назва видання: Физика и техника высоких давлений
• Онлайн доступ: http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/70139
• Назва журналу: Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
• Цитувати: Термостат с двухвременной конкурентной динамикой термостатирования / А.А. Самолетов, M.A.J. Chaplain // Физика и техника высоких давлений. — 2005. — Т. 15, № 2. — С. 61-75. — Бібліогр.: 21 назв. — рос.

С целью исследовать методом математического моделирования неравновесное динамическое поведение макромолекул в реалистичных условиях часто используются детерминированные термостаты. В частности, детерминированная (не стохастическая) Nosé-Hoover (NH) динамика. Понимая такой механизм термостатирования как детерминированную имитацию представительной выборочной реализации траектории динамической системы, взаимодействующей с тепловым резервуаром, мы собираем и исследуем детерминированный термостат с двумя конкурирующими шкалами времени. Эти шкалы в тесной аналогии с парадигмой неравновесной статистической физики относятся к релаксационным процессам в импульсном и конфигурационном пространствах. Доказано теоретически и проверено численным симулированием, что дополнительная шкала времени, связанная с изменениями в конфигурационном пространстве, − эффективный контрольный параметр, который помогает сопоставить результат симулирования с известными особенностями неравновесного динамического поведения. Разумно ожидать, что предложенный термостат подходит для моделирования специфических процессов медленной конформационной динамики протеинов и нуклеиновых кислот. Проанализирована возможность гамильтоновой реформулировки термостатирующей динамики.