Термостат с двухвременной конкурентной динамикой термостатирования

Термостат с двухвременной конкурентной динамикой термостатирования

С целью исследовать методом математического моделирования неравновесное динамическое поведение макромолекул в реалистичных условиях часто используются детерминированные термостаты. В частности, детерминированная (не стохастическая) Nosé-Hoover (NH) динамика. Понимая такой механизм термостатирования...

Повний опис

Збережено в:
Бібліографічні деталі
Видавець:Донецький фізико-технічний інститут ім. О.О. Галкіна НАН України
Дата:2005
Автори: Самолетов, А.А., Chaplain, M.A.J.
Формат: Стаття
Мова:Russian
Опубліковано: Донецький фізико-технічний інститут ім. О.О. Галкіна НАН України 2005
Назва видання:Физика и техника высоких давлений
Онлайн доступ:http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/70139
Теги: Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
Цитувати:Термостат с двухвременной конкурентной динамикой термостатирования / А.А. Самолетов, M.A.J. Chaplain // Физика и техника высоких давлений. — 2005. — Т. 15, № 2. — С. 61-75. — Бібліогр.: 21 назв. — рос.

Репозиторії

Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
id irk-123456789-70139
record_format dspace
spelling irk-123456789-701392014-10-31T03:01:40Z Термостат с двухвременной конкурентной динамикой термостатирования Самолетов, А.А. Chaplain, M.A.J. С целью исследовать методом математического моделирования неравновесное динамическое поведение макромолекул в реалистичных условиях часто используются детерминированные термостаты. В частности, детерминированная (не стохастическая) Nosé-Hoover (NH) динамика. Понимая такой механизм термостатирования как детерминированную имитацию представительной выборочной реализации траектории динамической системы, взаимодействующей с тепловым резервуаром, мы собираем и исследуем детерминированный термостат с двумя конкурирующими шкалами времени. Эти шкалы в тесной аналогии с парадигмой неравновесной статистической физики относятся к релаксационным процессам в импульсном и конфигурационном пространствах. Доказано теоретически и проверено численным симулированием, что дополнительная шкала времени, связанная с изменениями в конфигурационном пространстве, − эффективный контрольный параметр, который помогает сопоставить результат симулирования с известными особенностями неравновесного динамического поведения. Разумно ожидать, что предложенный термостат подходит для моделирования специфических процессов медленной конформационной динамики протеинов и нуклеиновых кислот. Проанализирована возможность гамильтоновой реформулировки термостатирующей динамики. Determinate thermostats are frequently used to investigate the nonequilibrium dynamic behavior of macromolecules in real conditions by using the mathematical modelling method. In particular, the determinate (nonstochastic) Nosé−Hoover (NH) dynamics. Taking such thermostatting mechanism for a determinate imitation of the representative selective realization of trajectory of a dynamic-system interacting with a thermal reservoir, we construct and investigate a determinate thermostat with two competing time scales. The scales, in close analogy with the paradigm of nonequilibrium statistical physics, refer to relaxation processes in pulsed and configurational spaces. It has been proved theoretically and checked by numerical simulation that the additional time scale related with changes in configurational space is an effective control parameter which helps in comparing the simulation result with the known features of nonequilibrium dynamic behavior. It is reasonable to expect that the proposed thermostat is suitable for the modelling of specific processes of slow conformational dynamics of proteins and nucleic acids. A possibility of the Hamiltonian reformulation of thermostatting dynamics has been analysed. 2005 Article Термостат с двухвременной конкурентной динамикой термостатирования / А.А. Самолетов, M.A.J. Chaplain // Физика и техника высоких давлений. — 2005. — Т. 15, № 2. — С. 61-75. — Бібліогр.: 21 назв. — рос. 0868-5924 PACS: 05.70.Ln, 02.70.Ns, 05.20.Jj, 87.14.Gg http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/70139 ru Физика и техника высоких давлений Донецький фізико-технічний інститут ім. О.О. Галкіна НАН України
institution Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
collection DSpace DC
language Russian
description С целью исследовать методом математического моделирования неравновесное динамическое поведение макромолекул в реалистичных условиях часто используются детерминированные термостаты. В частности, детерминированная (не стохастическая) Nosé-Hoover (NH) динамика. Понимая такой механизм термостатирования как детерминированную имитацию представительной выборочной реализации траектории динамической системы, взаимодействующей с тепловым резервуаром, мы собираем и исследуем детерминированный термостат с двумя конкурирующими шкалами времени. Эти шкалы в тесной аналогии с парадигмой неравновесной статистической физики относятся к релаксационным процессам в импульсном и конфигурационном пространствах. Доказано теоретически и проверено численным симулированием, что дополнительная шкала времени, связанная с изменениями в конфигурационном пространстве, − эффективный контрольный параметр, который помогает сопоставить результат симулирования с известными особенностями неравновесного динамического поведения. Разумно ожидать, что предложенный термостат подходит для моделирования специфических процессов медленной конформационной динамики протеинов и нуклеиновых кислот. Проанализирована возможность гамильтоновой реформулировки термостатирующей динамики.
format Article
author Самолетов, А.А.
Chaplain, M.A.J.
spellingShingle Самолетов, А.А.
Chaplain, M.A.J.
Термостат с двухвременной конкурентной динамикой термостатирования
Физика и техника высоких давлений
author_facet Самолетов, А.А.
Chaplain, M.A.J.
author_sort Самолетов, А.А.
title Термостат с двухвременной конкурентной динамикой термостатирования
title_short Термостат с двухвременной конкурентной динамикой термостатирования
title_full Термостат с двухвременной конкурентной динамикой термостатирования
title_fullStr Термостат с двухвременной конкурентной динамикой термостатирования
title_full_unstemmed Термостат с двухвременной конкурентной динамикой термостатирования
title_sort термостат с двухвременной конкурентной динамикой термостатирования
publisher Донецький фізико-технічний інститут ім. О.О. Галкіна НАН України
publishDate 2005
url http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/70139
citation_txt Термостат с двухвременной конкурентной динамикой термостатирования / А.А. Самолетов, M.A.J. Chaplain // Физика и техника высоких давлений. — 2005. — Т. 15, № 2. — С. 61-75. — Бібліогр.: 21 назв. — рос.
series Физика и техника высоких давлений
work_keys_str_mv AT samoletovaa termostatsdvuhvremennojkonkurentnojdinamikojtermostatirovaniâ
AT chaplainmaj termostatsdvuhvremennojkonkurentnojdinamikojtermostatirovaniâ
first_indexed 2023-10-18T18:57:52Z
last_indexed 2023-10-18T18:57:52Z
_version_ 1796145636513415168

Схожі ресурси