Построение трехмерных моделей FtsZ-белков Arabidopsis thaliana на основе кристаллической структуры архебактериального комплекса FtsZ-GDP

• Дата: 2006
• Автори: Демчук, О.Н., Ныпорко, А.Ю., Блюм, Я.Б.
• Формат: Стаття
• Мова: Russian
• Опубліковано: Інститут клітинної біології та генетичної інженерії НАН України 2006
• Назва видання: Цитология и генетика
• Теми: Оригинальные работы
• Онлайн доступ: http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/82001
• Назва журналу: Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
• Цитувати: Построение трехмерных моделей FtsZ-белков Arabidopsis thaliana на основе кристаллической структуры архебактериального комплекса FtsZ-GDP / О.Н. Демчук, А.Ю. Ныпорко, Я.Б. Блюм // Цитология и генетика. — 2006. — Т. 40, № 1. — С. 10-20. — Бібліогр.: 16 назв. — рос.

Построены трехмерные модели комплексов растительных FtsZ-белков, локализирующихся в цитозоле и хлоропластах, с молекулами ГДФ. В качестве матрицы использовали кристаллическую структуру комплекса FtsZ-GDP из архебактерии Methanococcus jannaschii (PDB-код 1FsZ). Показано, что вторичные структуры смоделированных белков содержат по десять цепей, однако у модели FtsZ-белка внутрихлоропластной локализации имеются десять α- и четыре 310-спирали, у цитозольного FtsZ-белка наблюдаются девять и три соответствующие структуры и отсутствуют а0 α-спираль перед нуклеотид-связывающим доменом и С-концевая 310-спираль во вторичном домене. Петля Т2 нуклеотид-связывающего кармана хлоропластной формы белка в позиции 49 содержит незаряженный аланин вместо заряженных остатков, характерных в аналогичной позиции для цитозольного и бактериального белков. При незначительной гомологии последовательностей FtsZ-белков (частичная гомология на уровне 47 %) построенные модели демонстрируют высокий уровень совпадения структуры с матрицей как в области нуклеотид-связывающего кармана, так по всей молекуле в целом и пригодны для дальнейших исследований по выявлению возможных сайтов связывания с динитроанилиновыми гербицидами.