Combination of generalized-ensemble algorithms and one-dimensional reference interaction site model theory

• Published in: Condensed Matter Physics
• Date: 2007
• Main Authors: Mitsutake, A., Kinoshita, M., Hirata, F., Okamoto, Y.
• Format: Article
• Language: English
• Published: Інститут фізики конденсованих систем НАН України 2007
• Online Access: https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/118897
• Journal Title: Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
• Cite this: Combination of generalized-ensemble algorithms and one-dimensional reference interaction site model theory / A. Mitsutake, M. Kinoshita, F. Hirata, Y. Okamoto // Condensed Matter Physics. — 2007. — Т. 10, № 4(52). — С. 495-508. — Бібліогр.: 32 назв. — англ.

The article reports an attempt to study the protein folding problem by generalized-ensemble Monte Carlo simulations
 with reference interaction site model theory. Generalized-ensemble algorithms greatly enhance the
 configurational space sampling in computer simulations. The reference interaction site model theory treats
 solvent effects with solvent molecular shape and estimate solvation free energy around proteins. We have
 developed simulation algorithms which combine generalized-ensemble algorithms and one-dimensional reference
 interaction site model theory. This treatment can also use a simulation with three-dimensional reference
 interaction site model theory. In this review, we describe the methods and present the results of these simulations
 for a peptide. Стаття присвячена вивченню проблеми згортання протеїну в рамках комбiнацiї узагальненого ансамблю Монте-Карло та теорiї базисної моделi силових центрiв. Алгоритми узагальненого ансамблю можуть ефективно вибирати конфiгурацiйний простiр в комп’ютерних моделюваннях. Теорiя базисних взаємодiючих силових центрiв може враховувати ефекти розчинника в залежностi вiд форми молекул, визначаючи енергiю сольватацiї протеїнiв. Ми розробили комп’ютернi алгоритми, що комбiнують алгоритми узагальненого ансамблю i одновимiрну базисну модель взаємодiючих силових центрiв. Цей пiдхiд може бути також поєднаний з тривимiрною моделлю взаємодiючих силових центрiв. В даному оглядi описуються методи i представлено результати для пептиду.