Combination of generalized-ensemble algorithms and one-dimensional reference interaction site model theory
The article reports an attempt to study the protein folding problem by generalized-ensemble Monte Carlo simulations
 with reference interaction site model theory. Generalized-ensemble algorithms greatly enhance the
 configurational space sampling in computer simulations. The referenc...
Gespeichert in:
| Veröffentlicht in: | Condensed Matter Physics |
|---|---|
| Datum: | 2007 |
| Hauptverfasser: | , , , |
| Format: | Artikel |
| Sprache: | Englisch |
| Veröffentlicht: |
Інститут фізики конденсованих систем НАН України
2007
|
| Online Zugang: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/118897 |
| Tags: |
Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
|
| Назва журналу: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Zitieren: | Combination of generalized-ensemble algorithms and one-dimensional reference interaction site model theory / A. Mitsutake, M. Kinoshita, F. Hirata, Y. Okamoto // Condensed Matter Physics. — 2007. — Т. 10, № 4(52). — С. 495-508. — Бібліогр.: 32 назв. — англ. |
Institution
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| _version_ | 1862715406830010368 |
|---|---|
| author | Mitsutake, A. Kinoshita, M. Hirata, F. Okamoto, Y. |
| author_facet | Mitsutake, A. Kinoshita, M. Hirata, F. Okamoto, Y. |
| citation_txt | Combination of generalized-ensemble algorithms and one-dimensional reference interaction site model theory / A. Mitsutake, M. Kinoshita, F. Hirata, Y. Okamoto // Condensed Matter Physics. — 2007. — Т. 10, № 4(52). — С. 495-508. — Бібліогр.: 32 назв. — англ. |
| collection | DSpace DC |
| container_title | Condensed Matter Physics |
| description | The article reports an attempt to study the protein folding problem by generalized-ensemble Monte Carlo simulations
with reference interaction site model theory. Generalized-ensemble algorithms greatly enhance the
configurational space sampling in computer simulations. The reference interaction site model theory treats
solvent effects with solvent molecular shape and estimate solvation free energy around proteins. We have
developed simulation algorithms which combine generalized-ensemble algorithms and one-dimensional reference
interaction site model theory. This treatment can also use a simulation with three-dimensional reference
interaction site model theory. In this review, we describe the methods and present the results of these simulations
for a peptide.
Стаття присвячена вивченню проблеми згортання протеїну в рамках комбiнацiї узагальненого ансамблю Монте-Карло та теорiї базисної моделi силових центрiв. Алгоритми узагальненого ансамблю можуть ефективно вибирати конфiгурацiйний простiр в комп’ютерних моделюваннях. Теорiя базисних взаємодiючих силових центрiв може враховувати ефекти розчинника в залежностi вiд форми молекул, визначаючи енергiю сольватацiї протеїнiв. Ми розробили комп’ютернi алгоритми, що комбiнують алгоритми узагальненого ансамблю i одновимiрну базисну модель взаємодiючих силових центрiв. Цей пiдхiд може бути також поєднаний з тривимiрною моделлю взаємодiючих силових центрiв. В даному оглядi описуються методи i представлено результати для пептиду.
|
| first_indexed | 2025-12-07T17:58:09Z |
| format | Article |
| fulltext | |
| id | nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-118897 |
| institution | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| issn | 1607-324X |
| language | English |
| last_indexed | 2025-12-07T17:58:09Z |
| publishDate | 2007 |
| publisher | Інститут фізики конденсованих систем НАН України |
| record_format | dspace |
| spelling | Mitsutake, A. Kinoshita, M. Hirata, F. Okamoto, Y. 2017-06-01T04:32:31Z 2017-06-01T04:32:31Z 2007 Combination of generalized-ensemble algorithms and one-dimensional reference interaction site model theory / A. Mitsutake, M. Kinoshita, F. Hirata, Y. Okamoto // Condensed Matter Physics. — 2007. — Т. 10, № 4(52). — С. 495-508. — Бібліогр.: 32 назв. — англ. 1607-324X PACS: 31.15.Qg, 61.25.Em, 87.15.Aa DOI:10.5488/CMP.10.4.495 https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/118897 The article reports an attempt to study the protein folding problem by generalized-ensemble Monte Carlo simulations
 with reference interaction site model theory. Generalized-ensemble algorithms greatly enhance the
 configurational space sampling in computer simulations. The reference interaction site model theory treats
 solvent effects with solvent molecular shape and estimate solvation free energy around proteins. We have
 developed simulation algorithms which combine generalized-ensemble algorithms and one-dimensional reference
 interaction site model theory. This treatment can also use a simulation with three-dimensional reference
 interaction site model theory. In this review, we describe the methods and present the results of these simulations
 for a peptide. Стаття присвячена вивченню проблеми згортання протеїну в рамках комбiнацiї узагальненого ансамблю Монте-Карло та теорiї базисної моделi силових центрiв. Алгоритми узагальненого ансамблю можуть ефективно вибирати конфiгурацiйний простiр в комп’ютерних моделюваннях. Теорiя базисних взаємодiючих силових центрiв може враховувати ефекти розчинника в залежностi вiд форми молекул, визначаючи енергiю сольватацiї протеїнiв. Ми розробили комп’ютернi алгоритми, що комбiнують алгоритми узагальненого ансамблю i одновимiрну базисну модель взаємодiючих силових центрiв. Цей пiдхiд може бути також поєднаний з тривимiрною моделлю взаємодiючих силових центрiв. В даному оглядi описуються методи i представлено результати для пептиду. The simulations were performed on the computers at the Research Center for Computational
 Science, Institute for Molecular Science. This work was supported, in part, by the Grants-in-Aid
 for Scientific Research on Priority Areas “Water and Biomolecules”, for Young Scientists (B),
 14740170, and for the Next Generation Super Computing Project, Nanoscience Program from the
 Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology, Japan. en Інститут фізики конденсованих систем НАН України Condensed Matter Physics Combination of generalized-ensemble algorithms and one-dimensional reference interaction site model theory Комбiнацiя алгоритмiв узагальненого ансамблю i одновимiрної базисної моделi взаємодiючих силових центрiв Article published earlier |
| spellingShingle | Combination of generalized-ensemble algorithms and one-dimensional reference interaction site model theory Mitsutake, A. Kinoshita, M. Hirata, F. Okamoto, Y. |
| title | Combination of generalized-ensemble algorithms and one-dimensional reference interaction site model theory |
| title_alt | Комбiнацiя алгоритмiв узагальненого ансамблю i одновимiрної базисної моделi взаємодiючих силових центрiв |
| title_full | Combination of generalized-ensemble algorithms and one-dimensional reference interaction site model theory |
| title_fullStr | Combination of generalized-ensemble algorithms and one-dimensional reference interaction site model theory |
| title_full_unstemmed | Combination of generalized-ensemble algorithms and one-dimensional reference interaction site model theory |
| title_short | Combination of generalized-ensemble algorithms and one-dimensional reference interaction site model theory |
| title_sort | combination of generalized-ensemble algorithms and one-dimensional reference interaction site model theory |
| url | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/118897 |
| work_keys_str_mv | AT mitsutakea combinationofgeneralizedensemblealgorithmsandonedimensionalreferenceinteractionsitemodeltheory AT kinoshitam combinationofgeneralizedensemblealgorithmsandonedimensionalreferenceinteractionsitemodeltheory AT hirataf combinationofgeneralizedensemblealgorithmsandonedimensionalreferenceinteractionsitemodeltheory AT okamotoy combinationofgeneralizedensemblealgorithmsandonedimensionalreferenceinteractionsitemodeltheory AT mitsutakea kombinaciâalgoritmivuzagalʹnenogoansamblûiodnovimirnoíbazisnoímodelivzaêmodiûčihsilovihcentriv AT kinoshitam kombinaciâalgoritmivuzagalʹnenogoansamblûiodnovimirnoíbazisnoímodelivzaêmodiûčihsilovihcentriv AT hirataf kombinaciâalgoritmivuzagalʹnenogoansamblûiodnovimirnoíbazisnoímodelivzaêmodiûčihsilovihcentriv AT okamotoy kombinaciâalgoritmivuzagalʹnenogoansamblûiodnovimirnoíbazisnoímodelivzaêmodiûčihsilovihcentriv |